PDB-8og5: Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8og5

タイトル

Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex with compound 1

要素

DDB1- and CUL4-associated factor 1

キーワード

TRANSFERASE / DCAF1 / E3 ligase / compound

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H2AT120 kinase activity / cell competition in a multicellular organism / V(D)J recombination / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / B cell differentiation / post-translational protein modification / nuclear estrogen receptor binding / fibrillar center / positive regulation of protein catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Schroeder, M. / Vulpetti, A. / Renatus, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2023
タイトル: Discovery of New Binders for DCAF1, an Emerging Ligase Target in the Targeted Protein Degradation Field.
著者: Vulpetti, A. / Holzer, P. / Schmiedeberg, N. / Imbach-Weese, P. / Pissot-Soldermann, C. / Hollingworth, G.J. / Radimerski, T. / Thoma, C.R. / Stachyra, T.M. / Wojtynek, M. / Maschlej, M. / ...

履歴

登録	2023年3月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8og5.cif.gz	234.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8og5.ent.gz	184.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8og5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8og5_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8og5_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8og5_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	8og5_validation.cif.gz	24.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/8og5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/8og5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8og6C 8og7C 8og8C 8og9C 8ogaC 8ogbC 8ogcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DDB1- and CUL4-associated factor 1

ヘテロ分子

42.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.924, 81.924, 236.778
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1502- ACT
2	1	A-1502- ACT
3	1	A-1505- LQH
4	1	A-1650- HOH
5	1	A-1725- HOH

#1: タンパク質	DDB1- and CUL4-associated factor 1 / HIV-1 Vpr-binding protein / VprBP / Serine/threonine-protein kinase VPRBP / Vpr-interacting protein 分子量: 41764.824 Da / 分子数: 1 / 変異: Q1250L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCAF1, KIAA0800, RIP, VPRBP 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9Y4B6, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-LQH / 5-(2-fluorophenyl)-2,3-dihydroimidazo[2,1-a]isoquinoline 分子量: 264.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₃FN₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.21 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES pH6.5, 2.13M Lithium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→52.819 Å / Num. obs: 24830 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 23.3
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / Num. unique obs: 2126 / CC_1/2: 0.932

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→52.819 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 10.301 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.176 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2354	1170	4.712 %
R_work	0.1968	23660	-
all	0.199	-	-
obs	-	24830	99.98 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.263 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.287 Å²	0.144 Å²	0 Å²
2-	-	0.287 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.932 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→52.819 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2348	0	68	207	2623

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	2515
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.015	2216
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.962	1.675	3421
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.377	1.578	5094
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.689	5	303
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.85	22.889	135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.773	15	395
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.827	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	323
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2912
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	592
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	404
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	2019
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	1082
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	143
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.066	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.348	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.116	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.529	3.524	1204
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.531	3.519	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.922	5.269	1506
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.922	5.269	1506
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.049	4.117	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.92	3.909	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.848	6.022	1914
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.662	5.706	1816
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.286	42.539	2621
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.192	41.263	2509

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.257	0.279	93	0.282	1697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.257-2.319	0.281	90	0.258	1642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.319-2.386	0.304	71	0.251	1631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.386-2.46	0.285	88	0.252	1566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.54	0.352	62	0.261	1533	X-RAY DIFFRACTION	99.9373
2.54-2.63	0.27	77	0.23	1497	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.729	0.262	68	0.213	1439	X-RAY DIFFRACTION	100
2.729-2.84	0.227	69	0.205	1373	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.966	0.212	66	0.199	1327	X-RAY DIFFRACTION	100
2.966-3.111	0.194	56	0.191	1270	X-RAY DIFFRACTION	100
3.111-3.279	0.233	64	0.189	1234	X-RAY DIFFRACTION	100
3.279-3.478	0.247	67	0.185	1146	X-RAY DIFFRACTION	100
3.478-3.718	0.246	53	0.188	1101	X-RAY DIFFRACTION	100
3.718-4.016	0.256	49	0.163	1022	X-RAY DIFFRACTION	99.9067
4.016-4.4	0.168	40	0.153	958	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4-4.919	0.142	42	0.144	874	X-RAY DIFFRACTION	100
4.919-5.679	0.291	28	0.17	794	X-RAY DIFFRACTION	100
5.679-6.955	0.24	43	0.219	670	X-RAY DIFFRACTION	100
6.955-9.831	0.207	30	0.215	540	X-RAY DIFFRACTION	100
9.831-52.819	0.339	14	0.301	346	X-RAY DIFFRACTION	99.1736

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -15.2569 Å / Origin y: -32.1651 Å / Origin z: 11.6362 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.126 Å²	0.0117 Å²	0.024 Å²	-	0.0058 Å²	-0.0042 Å²	-	-	0.025 Å²
L	3.518 °²	-0.727 °²	-0.1739 °²	-	1.5533 °²	0.5124 °²	-	-	1.0595 °²
S	-0.0492 Å °	0.0754 Å °	-0.2748 Å °	-0.1126 Å °	0.0312 Å °	0.0261 Å °	0.1293 Å °	0.0274 Å °	0.0181 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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