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- PDB-8og4: Exostosin-like 3 UDP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8og4
タイトルExostosin-like 3 UDP complex
要素Exostosin-like 3
キーワードTRANSFERASE / Glycosyltransferase / heparan sulfate
機能・相同性
機能・相同性情報


glucuronosyl-galactosyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase / glucuronyl-galactosyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase activity / positive regulation of detection of glucose / protein-hormone receptor activity / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / negative regulation of keratinocyte differentiation / negative regulation of inflammatory response to wounding / XBP1(S) activates chaperone genes / glycosyltransferase activity / protein glycosylation ...glucuronosyl-galactosyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase / glucuronyl-galactosyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase activity / positive regulation of detection of glucose / protein-hormone receptor activity / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / negative regulation of keratinocyte differentiation / negative regulation of inflammatory response to wounding / XBP1(S) activates chaperone genes / glycosyltransferase activity / protein glycosylation / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of cell growth / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Exostosin-like / Exostosin, GT47 domain / Exostosin family / Glycosyl transferase 64 domain / Glycosyl transferase family 64 domain / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
: / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Exostosin-like 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Sammon, D. / Hohenester, E.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust101748/Z/13/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T01279X/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Molecular mechanism of decision-making in glycosaminoglycan biosynthesis.
著者: Sammon, D. / Krueger, A. / Busse-Wicher, M. / Morgan, R.M. / Haslam, S.M. / Schumann, B. / Briggs, D.C. / Hohenester, E.
履歴
登録2023年3月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exostosin-like 3
B: Exostosin-like 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,81510
ポリマ－203,2262
非ポリマー3,5898
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: Dimer seen in cryoEM structure (PDB 7au2)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15960 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area53010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.617, 121.617, 259.537
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Exostosin-like 3 / EXT-related protein 1 / Glucuronyl-galactosyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase ...EXT-related protein 1 / Glucuronyl-galactosyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase / Hereditary multiple exostoses gene isolog / Multiple exostosis-like protein 3 / Putative tumor suppressor protein EXTL3


分子量: 101613.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXTL3, EXTL1L, EXTR1, KIAA0519 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: O43909, glucuronosyl-galactosyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase

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糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 78分子

#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.89 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12.5% (w/v) PEG3350, 0.1 M malic acid, pH 7.0. Soaked overnight in 15% PEG 3350, 0.1 M malic acid, pH 7.0, 5 mM UDP and 5 mM MnCl2.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9212 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9212 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→55.16 Å / Num. obs: 129790 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 54.46 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / Num. unique obs: 6395 / CC1/2: 0.255 / Rpim(I) all: 0.986

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18rc1_3769精密化
PHENIX1.18rc1_3769精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→20.52 Å / SU ML: 0.3258 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.7477
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2308 6094 5.04 %
Rwork0.1921 114827 -
obs0.1941 120921 93.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 65.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11371 0 230 74 11675
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013312002
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.285716377
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06161839
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00922085
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.82844431
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.130.35091460.32442968X-RAY DIFFRACTION73.39
2.13-2.150.36511550.32113053X-RAY DIFFRACTION75.04
2.15-2.180.33841530.31773090X-RAY DIFFRACTION75.38
2.18-2.20.35861840.31553019X-RAY DIFFRACTION74.94
2.2-2.230.34391760.30093072X-RAY DIFFRACTION76.73
2.23-2.260.36481700.29893135X-RAY DIFFRACTION77.29
2.26-2.30.32461790.3033236X-RAY DIFFRACTION78.42
2.3-2.330.32661810.30153304X-RAY DIFFRACTION82.68
2.33-2.370.37751580.29393701X-RAY DIFFRACTION89.6
2.37-2.410.32912170.28543789X-RAY DIFFRACTION93.86
2.41-2.450.34712080.28434048X-RAY DIFFRACTION99.09
2.45-2.490.3212000.28364105X-RAY DIFFRACTION99.98
2.49-2.540.31012020.27394090X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.590.30162310.25614066X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.650.30392350.24854051X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.710.27841950.24944119X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.780.29571960.24554098X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.850.27872230.23884072X-RAY DIFFRACTION100
2.85-2.930.27452420.22684062X-RAY DIFFRACTION99.98
2.93-3.030.24482220.22644109X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.140.27731840.2314117X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.260.24631980.22274116X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.410.26512030.22054159X-RAY DIFFRACTION100
3.41-3.590.25422160.19874126X-RAY DIFFRACTION100
3.59-3.810.20432420.17484106X-RAY DIFFRACTION100
3.81-4.10.22062180.15734135X-RAY DIFFRACTION100
4.1-4.510.17082680.14014126X-RAY DIFFRACTION100
4.51-5.160.16592360.13054162X-RAY DIFFRACTION99.98
5.16-6.460.19272180.15034241X-RAY DIFFRACTION100
6.46-20.520.19412380.15254352X-RAY DIFFRACTION99.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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