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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8og1 | |||||||||
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タイトル | Exostosin-like 3 apo enzyme | |||||||||
![]() | Exostosin-like 3 | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / Glycosyltransferase / heparan sulfate | |||||||||
機能・相同性 | ![]() glucuronosyl-galactosyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase / glucuronyl-galactosyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase activity / positive regulation of detection of glucose / protein-hormone receptor activity / positive regulation of keratinocyte proliferation / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / negative regulation of keratinocyte differentiation / negative regulation of inflammatory response to wounding / XBP1(S) activates chaperone genes / protein glycosylation ...glucuronosyl-galactosyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase / glucuronyl-galactosyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase activity / positive regulation of detection of glucose / protein-hormone receptor activity / positive regulation of keratinocyte proliferation / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / negative regulation of keratinocyte differentiation / negative regulation of inflammatory response to wounding / XBP1(S) activates chaperone genes / protein glycosylation / glycosyltransferase activity / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of cell growth / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endoplasmic reticulum membrane / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / nucleus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Sammon, D. / Hohenester, E. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular mechanism of decision-making in glycosaminoglycan biosynthesis. 著者: Sammon, D. / Krueger, A. / Busse-Wicher, M. / Morgan, R.M. / Haslam, S.M. / Schumann, B. / Briggs, D.C. / Hohenester, E. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 365.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 238.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8og4C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 101613.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: O43909, glucuronosyl-galactosyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase |
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#2: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.52 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 12.5% (w/v) PEG3350, 0.1 M sodium malonate, pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.6199 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→34.9 Å / Num. obs: 146847 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 26.12 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 14.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.62 Å / Rmerge(I) obs: 1.889 / Num. unique obs: 10580 / CC1/2: 0.323 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.17 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→34.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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