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- PDB-8og1: Exostosin-like 3 apo enzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8og1
タイトルExostosin-like 3 apo enzyme
要素Exostosin-like 3
キーワードTRANSFERASE / Glycosyltransferase / heparan sulfate
機能・相同性
機能・相同性情報


glucuronosyl-galactosyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase / glucuronyl-galactosyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase activity / positive regulation of detection of glucose / protein-hormone receptor activity / positive regulation of keratinocyte proliferation / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / negative regulation of keratinocyte differentiation / negative regulation of inflammatory response to wounding / XBP1(S) activates chaperone genes / protein glycosylation ...glucuronosyl-galactosyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase / glucuronyl-galactosyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase activity / positive regulation of detection of glucose / protein-hormone receptor activity / positive regulation of keratinocyte proliferation / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / negative regulation of keratinocyte differentiation / negative regulation of inflammatory response to wounding / XBP1(S) activates chaperone genes / protein glycosylation / glycosyltransferase activity / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of cell growth / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endoplasmic reticulum membrane / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Exostosin-like / Exostosin, GT47 domain / Exostosin GT47 domain / Glycosyl transferase 64 domain / Glycosyl transferase family 64 domain / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Sammon, D. / Hohenester, E.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号
Wellcome Trust101748/Z/13/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T01279X/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2023
タイトル: Molecular mechanism of decision-making in glycosaminoglycan biosynthesis.
著者: Sammon, D. / Krueger, A. / Busse-Wicher, M. / Morgan, R.M. / Haslam, S.M. / Schumann, B. / Briggs, D.C. / Hohenester, E.
履歴
登録2023年3月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exostosin-like 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,3143
ポリマ-101,6131
非ポリマー1,7012
5,891327
1
A: Exostosin-like 3
ヘテロ分子

A: Exostosin-like 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,6276
ポリマ-203,2262
非ポリマー3,4014
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area15280 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area53490 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)120.900, 120.900, 127.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Exostosin-like 3 / EXT-related protein 1 / Glucuronyl-galactosyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase ...EXT-related protein 1 / Glucuronyl-galactosyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase / Hereditary multiple exostoses gene isolog / Multiple exostosis-like protein 3 / Putative tumor suppressor protein EXTL3


分子量: 101613.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXTL3, EXTL1L, EXTR1, KIAA0519 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: O43909, glucuronosyl-galactosyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1114.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.52 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 12.5% (w/v) PEG3350, 0.1 M sodium malonate, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.6199 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6199 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→34.9 Å / Num. obs: 146847 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 26.12 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.58→1.62 Å / Rmerge(I) obs: 1.889 / Num. unique obs: 10580 / CC1/2: 0.323

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18rc1_3769精密化
PHENIX1.18rc1_3769精密化
xia23.dev.661-g1a4ae04e6データ削減
xia23.dev.661-g1a4ae04e6データスケーリング
PHENIX1.18rc1_3769位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.58→34.76 Å / SU ML: 0.1949 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.1168
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2111 7422 5.06 %
Rwork0.184 139347 -
obs0.1853 146769 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→34.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5722 0 114 327 6163
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01036034
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10438228
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0605929
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00831049
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.50292247
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.58-1.60.35322520.34984498X-RAY DIFFRACTION97.48
1.6-1.620.39752320.33754574X-RAY DIFFRACTION99.03
1.62-1.640.32792470.31454604X-RAY DIFFRACTION99.98
1.64-1.660.32272580.29084620X-RAY DIFFRACTION99.98
1.66-1.680.31472830.28724570X-RAY DIFFRACTION100
1.68-1.70.29482280.27954620X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.730.32732640.26874613X-RAY DIFFRACTION100
1.73-1.750.27292330.25274622X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.780.25732400.23934614X-RAY DIFFRACTION99.98
1.78-1.810.27832200.23484637X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.840.23522500.22144601X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.870.23482470.20924612X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.910.22722080.20764675X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.950.21532400.20474630X-RAY DIFFRACTION100
1.95-1.990.23012910.20364599X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.040.22852450.19924618X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.090.24742410.19944668X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.140.20322430.19444611X-RAY DIFFRACTION99.98
2.14-2.210.22792340.19224655X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.280.21142710.18654636X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.360.22812270.18664652X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.450.20522640.1834613X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.570.19872050.17464725X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.70.22132530.18884656X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.870.19642510.18534682X-RAY DIFFRACTION100
2.87-3.090.21992460.19114684X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.40.2222600.18284683X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.890.2062340.15894755X-RAY DIFFRACTION100
3.9-4.90.17232720.13854728X-RAY DIFFRACTION99.98
4.91-34.760.17512830.16874892X-RAY DIFFRACTION99.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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