PDB-8ofw: Crystal structure of the full-length dihydroorotate dehydrogenase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ofw

タイトル

Crystal structure of the full-length dihydroorotate dehydrogenase from Mycobacterium tuberculosis

要素

Dihydroorotate dehydrogenase (quinone)

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dihydroorotate dehydrogenase / Flavoenzyme / Pyrimidine biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.8 Å

データ登録者

Alberti, M. / Ferraris, D.M. / Miggiano, R.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2023
タイトル: Biochemical characterization of Mycobacterium tuberculosis dihydroorotate dehydrogenase and identification of a selective inhibitor.
著者: Alberti, M. / Sainas, S. / Ronchi, E. / Lolli, M.L. / Boschi, D. / Rizzi, M. / Ferraris, D.M. / Miggiano, R.

履歴

登録	2023年3月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ofw.cif.gz	149.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ofw.ent.gz	111.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ofw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ofw_validation.pdf.gz	943.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ofw_full_validation.pdf.gz	956.5 KB	表示
XML形式データ	8ofw_validation.xml.gz	27.2 KB	表示
CIF形式データ	8ofw_validation.cif.gz	35.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/8ofw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/8ofw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone)

B: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone)

ヘテロ分子

81.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
40.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.050, 85.215, 181.005
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999321541726, -0.0309324818799, 0.0199909431206), (0.0284020368173, -0.992796540085, -0.116397398167), (0.0234473995728, -0.115750643887, 0.993001514547)ベクター: ...

#1: タンパク質	Dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / DHOdehase / DHOD / DHODase / Dihydroorotate oxidase 分子量: 40219.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: pyrD, Rv2139, MTCY270.29c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P9WHL1, dihydroorotate dehydrogenase (quinone)
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.24 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0,2 M Sodium Chloride, 0,1 M Tris-HCl pH 8,5 and 25 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873128 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873128 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.8→41.508 Å / Num. obs: 39498 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 116.1 Å² / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.253 / R_rim(I) all: 0.279 / Net I/σ(I): 5
反射シェル	解像度: 3.8→4 Å / R_merge(I) obs: 1.229 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1012 / CC_1/2: 0.688 / R_rim(I) all: 1.358

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.8→41.508 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.913 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.856 / WR_factor R_free: 0.307 / WR_factor R_work: 0.235 / SU B: 92.873 / SU ML: 1.209 / Average fsc free: 0.9077 / Average fsc work: 0.9303 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 1.126 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3278	354	4.921 %
R_work	0.2551	6840	-
all	0.259	-	-
obs	-	7194	95.869 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 125.462 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.45 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	16.102 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-14.653 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.8→41.508 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5192	0	62	0	5254

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	5361
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	5258
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.974	1.648	7305
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.343	1.569	12019
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.356	5	687
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	2.976	5	68
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.637	10	821
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	11.238	10	216
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.049	0.2	840
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.013	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	6476
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1252
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	1397
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.212	0.2	5624
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	2758
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	2954
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	162
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.073	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.244	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.26	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.271	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	9.83	12.169	2763
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	9.83	12.17	2763
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	16.315	21.875	3445
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	16.314	21.874	3446
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.232	13.084	2598
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	9.23	13.088	2595
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	15.707	23.664	3860
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	15.705	23.662	3861
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	27.768	153.509	22225
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	27.768	153.506	22226

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.8-3.898	0.466	29	0.39	476	0.394	536	0.806	0.815	94.2164	0.37
3.898-4.004	0.466	23	0.341	478	0.348	512	0.878	0.886	97.8516	0.325
4.004-4.119	0.393	30	0.34	466	0.344	508	0.867	0.884	97.6378	0.317
4.119-4.244	0.405	20	0.296	478	0.3	511	0.896	0.918	97.456	0.275
4.244-4.382	0.326	25	0.301	423	0.303	462	0.94	0.919	96.9697	0.277
4.382-4.534	0.236	17	0.277	433	0.276	471	0.938	0.918	95.5414	0.248
4.534-4.703	0.409	25	0.232	406	0.241	446	0.886	0.95	96.6368	0.207
4.703-4.892	0.347	19	0.219	403	0.225	439	0.879	0.962	96.1276	0.199
4.892-5.107	0.238	19	0.237	407	0.237	435	0.955	0.95	97.931	0.213
5.107-5.352	0.311	22	0.219	364	0.223	397	0.925	0.962	97.2292	0.197
5.352-5.636	0.292	22	0.262	353	0.264	386	0.952	0.956	97.1503	0.245
5.636-5.971	0.339	15	0.243	335	0.247	362	0.916	0.952	96.6851	0.224
5.971-6.374	0.362	22	0.275	307	0.281	340	0.921	0.945	96.7647	0.244
6.374-6.871	0.424	16	0.228	298	0.239	329	0.924	0.964	95.4407	0.211
6.871-7.506	0.302	11	0.224	286	0.228	308	0.907	0.964	96.4286	0.208
7.506-8.358	0.283	11	0.227	242	0.23	273	0.941	0.964	92.674	0.224
8.358-9.587	0.172	7	0.171	235	0.171	261	0.98	0.98	92.7203	0.184
9.587-11.588	0.113	11	0.18	194	0.177	218	0.994	0.982	94.0367	0.2
11.588-15.784	0.265	6	0.218	159	0.219	181	0.963	0.969	91.1602	0.241
15.784-41.508	0.703	4	0.397	97	0.405	122	0.852	0.893	82.7869	0.415

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