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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ofw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the full-length dihydroorotate dehydrogenase from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
![]() | Dihydroorotate dehydrogenase (quinone) | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / dihydroorotate dehydrogenase / Flavoenzyme / Pyrimidine biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | ![]() pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Alberti, M. / Ferraris, D.M. / Miggiano, R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Biochemical characterization of Mycobacterium tuberculosis dihydroorotate dehydrogenase and identification of a selective inhibitor. 著者: Alberti, M. / Sainas, S. / Ronchi, E. / Lolli, M.L. / Boschi, D. / Rizzi, M. / Ferraris, D.M. / Miggiano, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 149.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 111.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 943.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 956.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999321541726, -0.0309324818799, 0.0199909431206), (0.0284020368173, -0.992796540085, -0.116397398167), (0.0234473995728, -0.115750643887, 0.993001514547)ベクター: ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.999321541726, -0.0309324818799, 0.0199909431206), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40219.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: pyrD, Rv2139, MTCY270.29c / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P9WHL1, dihydroorotate dehydrogenase (quinone) #2: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.24 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0,2 M Sodium Chloride, 0,1 M Tris-HCl pH 8,5 and 25 % (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.873128 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.8→41.508 Å / Num. obs: 39498 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 116.1 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.253 / Rrim(I) all: 0.279 / Net I/σ(I): 5 |
反射 シェル | 解像度: 3.8→4 Å / Rmerge(I) obs: 1.229 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1012 / CC1/2: 0.688 / Rrim(I) all: 1.358 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 125.462 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.8→41.508 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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