PDB-8ofu: Human adenovirus type 53 fiber-knob protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ofu

タイトル

Human adenovirus type 53 fiber-knob protein

要素

Fiber protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Adenovirus / Fiber knob / Ad25

機能・相同性

機能・相同性情報

viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell
類似検索 - 分子機能

生物種

Human adenovirus 53 (ヒトアデノウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.61 Å

データ登録者

Rizkallah, P.J. / Parker, A.L. / Mundy, R.M. / Baker, A.T.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Npj Viruses / 年: 2023
タイトル: Broad sialic acid usage amongst species D human adenovirus.
著者: Mundy, R.M. / Baker, A.T. / Bates, E.A. / Cunliffe, T.G. / Teijeira-Crespo, A. / Moses, E. / Rizkallah, P.J. / Parker, A.L.

履歴

登録	2023年3月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.title
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ofu.cif.gz	466.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ofu.ent.gz	385.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ofu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ofu_validation.pdf.gz	515.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ofu_full_validation.pdf.gz	532.1 KB	表示
XML形式データ	8ofu_validation.xml.gz	55.4 KB	表示
CIF形式データ	8ofu_validation.cif.gz	77.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/8ofu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/8ofu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ofpC 8ofqC 8ofrC 8ofsC 8oftC 8ofvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Fiber protein

B: Fiber protein

C: Fiber protein

D: Fiber protein

E: Fiber protein

F: Fiber protein

ヘテロ分子

130 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fiber protein

B: Fiber protein

C: Fiber protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: homology
65 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Fiber protein

E: Fiber protein

F: Fiber protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
64.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	206.314, 60.526, 93.837
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.80, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	2
3	3
4	4
5	5
6	6
7	7
8	8
9	9
10	10
11	11
12	12
13	13
14	14
15	15

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Fiber protein 分子量: 21211.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human adenovirus 53 (ヒトアデノウイルス) 遺伝子: L5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E5RWD1
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 982 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.54 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M potassium thiocyanate, 20 % w/v PEG 3350, pH unadjusted

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91188 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91188 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.606→70.489 Å / Num. obs: 150644 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 20.6 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.099 / R_pim(I) all: 0.059 / R_rim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 1.606→1.633 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 1.569 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 7529 / CC_1/2: 0.334 / R_pim(I) all: 0.972 / R_rim(I) all: 1.853 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
xia2		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.61→68.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 5.476 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21275	7463	5 %	RANDOM
R_work	0.19125	-	-	-
obs	0.19231	142637	99.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.206 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.52 Å²	-0 Å²	0.21 Å²
2-	-	-1.28 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.61→68.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8832	0	158	982	9972

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	9238
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	8753
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.562	1.658	12499
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.368	1.579	20190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.779	5	1124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.753	24.049	410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.504	15	1579
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.265	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	11114
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2120
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.789	1.037	4487
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.789	1.037	4486
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.41	1.55	5614
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.41	1.551	5615
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.877	1.176	4751
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.877	1.177	4752
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.279	1.687	6886
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.911	14.432	10968
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.867	13.394	10656
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	5993	0.11
1	2	B	5993	0.11
2	1	A	6104	0.1
2	2	C	6104	0.1
3	1	A	6213	0.09
3	2	D	6213	0.09
4	1	A	5950	0.11
4	2	E	5950	0.11
5	1	A	6092	0.11
5	2	F	6092	0.11
6	1	B	6007	0.1
6	2	C	6007	0.1
7	1	B	6003	0.1
7	2	D	6003	0.1
8	1	B	6293	0.09
8	2	E	6293	0.09
9	1	B	5915	0.12
9	2	F	5915	0.12
10	1	C	6070	0.09
10	2	D	6070	0.09
11	1	C	5903	0.11
11	2	E	5903	0.11
12	1	C	6051	0.1
12	2	F	6051	0.1
13	1	D	5925	0.11
13	2	E	5925	0.11
14	1	D	6031	0.11
14	2	F	6031	0.11
15	1	E	5966	0.12
15	2	F	5966	0.12

LS精密化シェル

解像度: 1.61→1.647 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.351	531	-
R_work	0.349	10175	-
obs	-	-	96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.191	-0.0199	-0.4931	1.2849	0.4037	1.8489	-0.0088	0.1151	0.1189	-0.0648	0.0585	-0.0656	-0.0979	0.0625	-0.0497	0.0979	-0.0232	0.0052	0.1342	0.0232	0.0172	-15.352	-11.176	30.628
2	1.4711	-0.1467	-0.2756	1.3935	0.0427	1.1327	-0.0351	-0.0629	-0.082	0.0553	0.019	-0.0268	0.1969	-0.0205	0.0161	0.1488	-0.0097	0.0075	0.1173	0.0144	0.0071	-25.176	-31.658	45.794
3	1.2521	0.3687	0.3567	2.7906	-0.6527	1.895	-0.0526	0.2599	0.078	-0.2115	0.0947	0.2588	0.1073	-0.1806	-0.0421	0.131	-0.0554	-0.0274	0.2685	0.0383	0.0321	-37.429	-24.976	22.516
4	1.0141	-0.4735	-0.4719	1.4616	0.811	2.4483	-0.0543	-0.2286	-0.097	0.2149	0.0612	-0.1315	0.1398	0.1504	-0.007	0.1578	0.0251	0.0014	0.1787	0.0414	0.0397	-22.274	-20.408	80.769
5	1.1835	0.0853	0.2229	1.1985	-0.0639	1.0186	-0.0019	0.0266	0.1105	-0.0227	0.01	-0.0211	-0.1674	-0.0249	-0.0081	0.1291	0.0265	0.0241	0.1247	0.0118	0.0156	-27.145	0.235	63.614
6	1.4728	-0.2151	-0.3645	3.1723	-0.6995	1.6243	-0.0301	-0.2112	0.0101	0.1842	0.0446	0.2056	-0.0172	-0.2632	-0.0144	0.1201	0.0442	0.0403	0.2445	0.0134	0.0633	-45.246	-5.992	82.835

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	183 - 366
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	180 - 366
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	183 - 366
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	183 - 366
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	180 - 366
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	183 - 366

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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