[English] 日本語
Yorodumi- PDB-8ofv: Human adenovirus type 53 fiber-knob protein complexed with sialic acid -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ofv | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Human adenovirus type 53 fiber-knob protein complexed with sialic acid | |||||||||
Components | Fiber protein | |||||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / Adenovirus / Fiber knob / Ad25 | |||||||||
Function / homology | Function and homology information viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Human adenovirus 53 | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.77 Å | |||||||||
Authors | Rizkallah, P.J. / Parker, A.L. / Mundy, R.M. / Baker, A.T. | |||||||||
Funding support | United Kingdom, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: Npj Viruses / Year: 2023 Title: Broad sialic acid usage amongst species D human adenovirus. Authors: Mundy, R.M. / Baker, A.T. / Bates, E.A. / Cunliffe, T.G. / Teijeira-Crespo, A. / Moses, E. / Rizkallah, P.J. / Parker, A.L. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8ofv.cif.gz | 919.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8ofv.ent.gz | 767.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8ofv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/8ofv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/8ofv | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 8ofpC 8ofqC 8ofrC 8ofsC 8oftC 8ofuC C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS ensembles :
|
-Components
-Protein , 1 types, 12 molecules ABCDEFGHIJKL
#1: Protein | Mass: 21325.182 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human adenovirus 53 / Gene: L5 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: E5RWD1 |
---|
-Sugars , 2 types, 2 molecules
#5: Sugar | ChemComp-SLB / |
---|---|
#6: Sugar | ChemComp-SIA / |
-Non-polymers , 4 types, 1582 molecules
#2: Chemical | ChemComp-PEG / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-P4G / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Details
Has ligand of interest | Y |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.6 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4 / Details: 0.1 M PCTP buffer, 25 % w/v PEG 1500 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.91188 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 14, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91188 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.77→92.17 Å / Num. obs: 258349 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / CC1/2: 0.685 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rpim(I) all: 0.097 / Rrim(I) all: 0.195 / Net I/σ(I): 6 |
Reflection shell | Resolution: 1.77→1.8 Å / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 1.707 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 12686 / CC1/2: 0.327 / Rpim(I) all: 0.966 / Rrim(I) all: 1.967 / % possible all: 97.7 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.77→92.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 9.269 / SU ML: 0.134 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.117 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.311 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.77→92.17 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|