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- PDB-8ofs: Human adenovirus type 30 fiber-knob protein complexed with sialic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ofs
タイトルHuman adenovirus type 30 fiber-knob protein complexed with sialic acid
要素Fiber
キーワードVIRAL PROTEIN / Adenovirus / Fiber knob / Ad25
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-beta-neuraminic acid / Fiber
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus 30 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Parker, A.L. / Mundy, R.M. / Baker, A.T.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N0137941/1 英国
Wellcome Trust517732 英国
引用ジャーナル: Npj Viruses / 年: 2023
タイトル: Broad sialic acid usage amongst species D human adenovirus.
著者: Mundy, R.M. / Baker, A.T. / Bates, E.A. / Cunliffe, T.G. / Teijeira-Crespo, A. / Moses, E. / Rizkallah, P.J. / Parker, A.L.
履歴
登録2023年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.title
改定 1.22024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fiber
B: Fiber
C: Fiber
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8006
ポリマ－66,8723
非ポリマー9283
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8640 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area24510 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)62.130, 62.490, 71.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Fiber


分子量: 22290.828 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus 30 (ヒトアデノウイルス)
株: 30 / 遺伝子: L5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M0QTV3
#2: 糖 ChemComp-SLB / N-acetyl-beta-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / O-sialic acid / 5-N-ACETYL-BETA-D-NEURAMINIC ACID / BETA-SIALIC ACID / N-アセチル-β-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19NO9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DNeup5AcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.67 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M MMT [Malic acid, MES, Tris], 25% w/v PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→62.49 Å / Num. obs: 17735 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 74.3 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.066 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.56→2.63 Å / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.972 / Num. measured all: 5020 / Num. unique obs: 1327 / CC1/2: 0.824 / Rpim(I) all: 0.57 / Rrim(I) all: 1.131 / Χ2: 0.87 / Net I/σ(I) obs: 1.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.74 Å48.52 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.56→48.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 107.9 / SU ML: 0.768 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.405 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29189 933 5.3 %RANDOM
Rwork0.2286 ---
obs0.2319 16730 98.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 130.013 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.09 Å2-0 Å27.46 Å2
2---2.61 Å2-0 Å2
3---9.6 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.56→48.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4638 0 63 0 4701
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0134806
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164447
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2221.6526545
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.061.58810342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.455598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.33226.567201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.67115799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0410.2661
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025425
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021003
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0746.7412401
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0746.742400
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it510.1062996
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.99910.1062997
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5776.8422405
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5776.8422406
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.41110.1863550
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.34977.6115080
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.34877.615081
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A5783
12B5783
21A5746
22C5746
31B5783
32C5783
LS精密化 シェル解像度: 2.56→2.627 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.532 83 -
Rwork0.512 1199 -
obs--95.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.3041-0.0488-1.54487.3979-2.38596.2044-0.00941.6601-0.1527-0.93540.1118-0.02360.7206-0.4918-0.10240.5475-0.02310.28150.5395-0.13540.601722.983-19.2437.353
28.3017-0.3878-0.98034.7776-1.44825.30870.2526-0.12671.42710.26980.18310.4161-0.5158-0.5111-0.43570.42180.03850.34640.0626-0.0520.902920.3941.93623.919
36.3067-0.66081.77774.1231-0.17197.4716-0.06030.5929-0.2931-0.26050.02820.86550.6575-1.3540.03210.2903-0.17970.3210.4176-0.07931.04821.671-17.56823.861
458.4853-58.3596-39.985458.236239.898627.33781.00471.7998-1.2128-0.9903-1.83461.2075-0.692-1.21350.82990.578-0.16470.42420.76210.09760.83328.616-20.51926.108
5204.3586339.9775.1548652.074971.388360.91051.9972-4.29398.99097.7293-13.05512.7769-2.00142.0511.05791.10420.29640.53371.21340.61296.3223.169-15.18334.433
66.598818.733914.6953108.7794-6.744975.0535-0.44960.580.5439-1.59562.30384.936-0.48730.7048-1.85420.8113-0.2845-0.16480.662-0.00951.063719.434-24.78730.002
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A183 - 382
2X-RAY DIFFRACTION2B183 - 383
3X-RAY DIFFRACTION3C183 - 382
4X-RAY DIFFRACTION4B401
5X-RAY DIFFRACTION5C401
6X-RAY DIFFRACTION6A401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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