PDB-8ofr: Human adenovirus type 25 fiber-knob protein complexed with sialic acid

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB / ID: 8ofr
• タイトル: Human adenovirus type 25 fiber-knob protein complexed with sialic acid
• 要素: Fiber
• キーワード: VIRAL PROTEIN / Adenovirus / Fiber knob / Ad25

機能・相同性

分子機能:

adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell

ドメイン・相同性:

Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain

構成要素:

N-acetyl-beta-neuraminic acid / Fiber

• 生物種: Human adenovirus 25 (ヒトアデノウイルス)
• 手法: X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
• データ登録者: Rizkallah, P.J. / Parker, A.L. / Mundy, R.M. / Baker, A.T.

資金援助

英国, 2件

組織	認可番号	国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	MR/N0137941/1	英国
Wellcome Trust	517732	英国

• 引用: ジャーナル: Npj Viruses / 年: 2023; タイトル: Broad sialic acid usage amongst species D human adenovirus.; 著者: Mundy, R.M. / Baker, A.T. / Bates, E.A. / Cunliffe, T.G. / Teijeira-Crespo, A. / Moses, E. / Rizkallah, P.J. / Parker, A.L.

履歴

登録	2023年3月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.title
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

集合体

登録構造単位

A: Fiber

B: Fiber

C: Fiber

D: Fiber

E: Fiber

F: Fiber

G: Fiber

H: Fiber

I: Fiber

J: Fiber

K: Fiber

L: Fiber

M: Fiber

N: Fiber

O: Fiber

P: Fiber

Q: Fiber

R: Fiber

S: Fiber

T: Fiber

U: Fiber

V: Fiber

W: Fiber

X: Fiber

ヘテロ分子

概要:

• 515 kDa, 24 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	515,402	48
ポリマ－	507,980	24
非ポリマー	7,422	24
水	8,017	445

1

A: Fiber

B: Fiber

C: Fiber

ヘテロ分子

概要:

• 登録者が定義した集合体
• 根拠: homology
• 64.4 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	64,425	6
ポリマ－	63,497	3
非ポリマー	928	3
水	54	3

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	7400 Å2
ΔGint	-24 kcal/mol
Surface area	21570 Å2

2

D: Fiber

E: Fiber

F: Fiber

ヘテロ分子

概要:

• 登録者が定義した集合体
• 64.4 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	64,425	6
ポリマ－	63,497	3
非ポリマー	928	3
水	54	3

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	7220 Å2
ΔGint	-24 kcal/mol
Surface area	21440 Å2

3

G: Fiber

H: Fiber

I: Fiber

ヘテロ分子

概要:

• 登録者が定義した集合体
• 64.4 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	64,425	6
ポリマ－	63,497	3
非ポリマー	928	3
水	54	3

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	7330 Å2
ΔGint	-24 kcal/mol
Surface area	21660 Å2

4

J: Fiber

K: Fiber

L: Fiber

ヘテロ分子

概要:

• 登録者が定義した集合体
• 64.4 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	64,425	6
ポリマ－	63,497	3
非ポリマー	928	3
水	54	3

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	7470 Å2
ΔGint	-26 kcal/mol
Surface area	21090 Å2

5

M: Fiber

N: Fiber

O: Fiber

ヘテロ分子

概要:

• 登録者が定義した集合体
• 64.4 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	64,425	6
ポリマ－	63,497	3
非ポリマー	928	3
水	54	3

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	7260 Å2
ΔGint	-25 kcal/mol
Surface area	21560 Å2

6

P: Fiber

Q: Fiber

R: Fiber

ヘテロ分子

概要:

• 登録者が定義した集合体
• 64.4 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	64,425	6
ポリマ－	63,497	3
非ポリマー	928	3
水	54	3

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	7460 Å2
ΔGint	-24 kcal/mol
Surface area	21770 Å2

7

S: Fiber

T: Fiber

U: Fiber

ヘテロ分子

概要:

• 登録者が定義した集合体
• 64.4 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	64,425	6
ポリマ－	63,497	3
非ポリマー	928	3
水	54	3

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	7240 Å2
ΔGint	-25 kcal/mol
Surface area	21550 Å2

8

V: Fiber

W: Fiber

X: Fiber

ヘテロ分子

概要:

• 登録者が定義した集合体
• 64.4 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	64,425	6
ポリマ－	63,497	3
非ポリマー	928	3
水	54	3

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	7490 Å2
ΔGint	-23 kcal/mol
Surface area	21540 Å2

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.562, 179.321, 207.897
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P212121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	2
3	3
4	4
5	5
6	6
7	7
8	8
9	9
10	10
11	11
12	12
13	13
14	14
15	15
16	16
17	17
18	18
19	19
20	20
21	21
22	22
23	23
24	24
25	25
26	26
27	27
28	28
29	29
30	30
31	31
32	32
33	33
34	34
35	35
36	36
37	37
38	38
39	39
40	40
41	41
42	42
43	43
44	44
45	45
46	46
47	47
48	48
49	49
50	50
51	51
52	52
53	53
54	54
55	55
56	56
57	57
58	58
59	59
60	60
61	61
62	62
63	63
64	64
65	65
66	66
67	67
68	68
69	69
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71	71
72	72
73	73
74	74
75	75
76	76
77	77
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90	90
91	91
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100	100
101	101
102	102
103	103
104	104
105	105
106	106
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108	108
109	109
110	110
111	111
112	112
113	113
114	114
115	115
116	116
117	117
118	118
119	119
120	120
121	121
122	122
123	123
124	124
125	125
126	126
127	127
128	128
129	129
130	130
131	131
132	132
133	133
134	134
135	135
136	136
137	137
138	138
139	139
140	140
141	141
142	142
143	143
144	144
145	145
146	146
147	147
148	148
149	149
150	150
151	151
152	152
153	153
154	154
155	155
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160	160
161	161
162	162
163	163
164	164
165	165
166	166
167	167
168	168
169	169
170	170
171	171
172	172
173	173
174	174
175	175
176	176
177	177
178	178
179	179
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183	183
184	184
185	185
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187	187
188	188
189	189
190	190
191	191
192	192
193	193
194	194
195	195
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198	198
199	199
200	200
201	201
202	202
203	203
204	204
205	205
206	206
207	207
208	208
209	209
210	210
211	211
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213	213
214	214
215	215
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217	217
218	218
219	219
220	220
221	221
222	222
223	223
224	224
225	225
226	226
227	227
228	228
229	229
230	230
231	231
232	232
233	233
234	234
235	235
236	236
237	237
238	238
239	239
240	240
241	241
242	242
243	243
244	244
245	245
246	246
247	247
248	248
249	249
250	250
251	251
252	252
253	253
254	254
255	255
256	256
257	257
258	258
259	259
260	260
261	261
262	262
263	263
264	264
265	265
266	266
267	267
268	268
269	269
270	270
271	271
272	272
273	273
274	274
275	275
276	276

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
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150
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152
153
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155
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159
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164
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170
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178
179
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272
273
274
275
276

要素

#1: タンパク質

A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S ...
Fiber

詳細:

分子量: 21165.824 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus 25 (ヒトアデノウイルス)
株: 25 / 遺伝子: L5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M0QUM1

#2: 糖

A-401 B-401 C-401 D-401 E-401 F-401 G-401 H-401 I-401 J-401 K-401 L-401 M-401 N-401 O-401 P-401 Q-401 R-401 S-401 T-401 ...
ChemComp-SLB / N-acetyl-beta-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / O-sialic acid / 5-N-ACETYL-BETA-D-NEURAMINIC ACID / BETA-SIALIC ACID / N-アセチル-β-ノイラミン酸

詳細:

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₉NO₉ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子:

識別子	タイプ	プログラム
DNeup5Acb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-neuraminic acid	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-Neup5Ac	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Neu5Ac	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

詳細:

分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

• 研究の焦点であるリガンドがあるか: Y

実験情報

実験

• 実験: 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

試料調製

• 結晶: マシュー密度: 2.42 ų/Da / 溶媒含有率: 49.14 %
• 結晶化: 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M SPG buffer, 25 % w/v PEG 1500

データ収集

• 回折: 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
• 放射光源: 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.88561 Å
• 検出器: タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月15日
• 放射: プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
• 放射波長: 波長: 0.88561 Å / 相対比: 1
• 反射: 解像度: 2.51→64.64 Å / Num. obs: 162833 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.7 % / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.218 / R_pim(I) all: 0.084 / R_rim(I) all: 0.234 / Χ²: 0.95 / Net I/σ(I): 6
• 反射 シェル: 解像度: 2.51→2.58 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.8 % / R_merge(I) obs: 2.268 / Num. measured all: 93395 / Num. unique obs: 11926 / CC_1/2: 0.451 / R_pim(I) all: 0.86 / R_rim(I) all: 2.427 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I) obs: 0.9

位相決定

• 位相決定: 手法: 分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.51 Å	63.78 Å
Translation	2.51 Å	63.78 Å

解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.51→64.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 32.332 / SU ML: 0.307 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.029 / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	Rfactor	反射数	%反射	Selection details
Rfree	0.23921	7943	4.9 %	RANDOM
Rwork	0.22084	-	-	-
obs	0.22175	154712	99.9 %	-

• 溶媒の処理: イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.947 Ų

	Baniso -1	Baniso -2	Baniso -3
1-	0.7 Å2	0 Å2	-0 Å2
2-	-	-1.24 Å2	0 Å2
3-	-	-	0.53 Å2

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.51→64.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	34683	0	504	445	35632

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	36372
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.015	33894
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.303	1.654	49633
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.13	1.584	78143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.606	5	4355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.792	24.385	1788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.203	15	6085
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.351	15	97
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	4994
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	44759
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	8551
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.567	1.969	17408
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.567	1.969	17407
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.824	2.942	21767
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.824	2.942	21768
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.115	2.118	18964
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.115	2.118	18965
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.983	3.141	27867
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.314	23.177	38545
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.31	23.146	38507
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	5982	0.07
1	2	B	5982	0.07
2	1	A	5860	0.07
2	2	C	5860	0.07
3	1	A	6036	0.06
3	2	D	6036	0.06
4	1	A	5947	0.08
4	2	E	5947	0.08
5	1	A	5846	0.08
5	2	F	5846	0.08
6	1	A	5871	0.08
6	2	G	5871	0.08
7	1	A	5971	0.09
7	2	H	5971	0.09
8	1	A	5933	0.08
8	2	I	5933	0.08
9	1	A	5803	0.08
9	2	J	5803	0.08
10	1	A	5855	0.07
10	2	K	5855	0.07
11	1	A	5824	0.08
11	2	L	5824	0.08
12	1	A	5874	0.05
12	2	M	5874	0.05
13	1	A	5942	0.08
13	2	N	5942	0.08
14	1	A	5833	0.08
14	2	O	5833	0.08
15	1	A	5858	0.07
15	2	P	5858	0.07
16	1	A	5962	0.07
16	2	Q	5962	0.07
17	1	A	5869	0.09
17	2	R	5869	0.09
18	1	A	5966	0.09
18	2	S	5966	0.09
19	1	A	5824	0.07
19	2	T	5824	0.07
20	1	A	5903	0.07
20	2	U	5903	0.07
21	1	A	6015	0.08
21	2	V	6015	0.08
22	1	A	5917	0.08
22	2	W	5917	0.08
23	1	A	5953	0.08
23	2	X	5953	0.08
24	1	B	5829	0.08
24	2	C	5829	0.08
25	1	B	5945	0.08
25	2	D	5945	0.08
26	1	B	5904	0.08
26	2	E	5904	0.08
27	1	B	5790	0.08
27	2	F	5790	0.08
28	1	B	5814	0.08
28	2	G	5814	0.08
29	1	B	5965	0.08
29	2	H	5965	0.08
30	1	B	5866	0.08
30	2	I	5866	0.08
31	1	B	5777	0.09
31	2	J	5777	0.09
32	1	B	5833	0.07
32	2	K	5833	0.07
33	1	B	5775	0.09
33	2	L	5775	0.09
34	1	B	5769	0.07
34	2	M	5769	0.07
35	1	B	5906	0.08
35	2	N	5906	0.08
36	1	B	5787	0.08
36	2	O	5787	0.08
37	1	B	5808	0.07
37	2	P	5808	0.07
38	1	B	5932	0.07
38	2	Q	5932	0.07
39	1	B	5827	0.09
39	2	R	5827	0.09
40	1	B	6052	0.09
40	2	S	6052	0.09
41	1	B	5777	0.06
41	2	T	5777	0.06
42	1	B	5881	0.07
42	2	U	5881	0.07
43	1	B	6057	0.1
43	2	V	6057	0.1
44	1	B	5857	0.07
44	2	W	5857	0.07
45	1	B	5931	0.09
45	2	X	5931	0.09
46	1	C	5873	0.07
46	2	D	5873	0.07
47	1	C	5814	0.09
47	2	E	5814	0.09
48	1	C	5809	0.08
48	2	F	5809	0.08
49	1	C	5758	0.08
49	2	G	5758	0.08
50	1	C	5818	0.08
50	2	H	5818	0.08
51	1	C	5801	0.08
51	2	I	5801	0.08
52	1	C	5757	0.09
52	2	J	5757	0.09
53	1	C	5836	0.08
53	2	K	5836	0.08
54	1	C	5788	0.08
54	2	L	5788	0.08
55	1	C	5799	0.07
55	2	M	5799	0.07
56	1	C	5865	0.07
56	2	N	5865	0.07
57	1	C	5824	0.07
57	2	O	5824	0.07
58	1	C	5769	0.08
58	2	P	5769	0.08
59	1	C	5853	0.07
59	2	Q	5853	0.07
60	1	C	5800	0.09
60	2	R	5800	0.09
61	1	C	5817	0.08
61	2	S	5817	0.08
62	1	C	5788	0.07
62	2	T	5788	0.07
63	1	C	5890	0.07
63	2	U	5890	0.07
64	1	C	5808	0.08
64	2	V	5808	0.08
65	1	C	5757	0.08
65	2	W	5757	0.08
66	1	C	5870	0.07
66	2	X	5870	0.07
67	1	D	5944	0.08
67	2	E	5944	0.08
68	1	D	5808	0.08
68	2	F	5808	0.08
69	1	D	5843	0.07
69	2	G	5843	0.07
70	1	D	5917	0.09
70	2	H	5917	0.09
71	1	D	5900	0.08
71	2	I	5900	0.08
72	1	D	5771	0.08
72	2	J	5771	0.08
73	1	D	5835	0.08
73	2	K	5835	0.08
74	1	D	5815	0.09
74	2	L	5815	0.09
75	1	D	5830	0.06
75	2	M	5830	0.06
76	1	D	5924	0.08
76	2	N	5924	0.08
77	1	D	5801	0.08
77	2	O	5801	0.08
78	1	D	5816	0.07
78	2	P	5816	0.07
79	1	D	5934	0.07
79	2	Q	5934	0.07
80	1	D	5848	0.09
80	2	R	5848	0.09
81	1	D	5948	0.08
81	2	S	5948	0.08
82	1	D	5793	0.07
82	2	T	5793	0.07
83	1	D	5880	0.08
83	2	U	5880	0.08
84	1	D	5977	0.07
84	2	V	5977	0.07
85	1	D	5849	0.09
85	2	W	5849	0.09
86	1	D	5916	0.08
86	2	X	5916	0.08
87	1	E	5780	0.09
87	2	F	5780	0.09
88	1	E	5798	0.08
88	2	G	5798	0.08
89	1	E	5894	0.08
89	2	H	5894	0.08
90	1	E	5922	0.07
90	2	I	5922	0.07
91	1	E	5825	0.08
91	2	J	5825	0.08
92	1	E	5804	0.07
92	2	K	5804	0.07
93	1	E	5832	0.08
93	2	L	5832	0.08
94	1	E	5776	0.08
94	2	M	5776	0.08
95	1	E	5897	0.08
95	2	N	5897	0.08
96	1	E	5776	0.08
96	2	O	5776	0.08
97	1	E	5794	0.08
97	2	P	5794	0.08
98	1	E	5917	0.08
98	2	Q	5917	0.08
99	1	E	5836	0.09
99	2	R	5836	0.09
100	1	E	5894	0.09
100	2	S	5894	0.09
101	1	E	5807	0.07
101	2	T	5807	0.07
102	1	E	5839	0.09
102	2	U	5839	0.09
103	1	E	5896	0.08
103	2	V	5896	0.08
104	1	E	5897	0.08
104	2	W	5897	0.08
105	1	E	5876	0.08
105	2	X	5876	0.08
106	1	F	5673	0.1
106	2	G	5673	0.1
107	1	F	5760	0.08
107	2	H	5760	0.08
108	1	F	5715	0.09
108	2	I	5715	0.09
109	1	F	5680	0.1
109	2	J	5680	0.1
110	1	F	5739	0.09
110	2	K	5739	0.09
111	1	F	5713	0.08
111	2	L	5713	0.08
112	1	F	5740	0.08
112	2	M	5740	0.08
113	1	F	5789	0.07
113	2	N	5789	0.07
114	1	F	5749	0.08
114	2	O	5749	0.08
115	1	F	5694	0.09
115	2	P	5694	0.09
116	1	F	5749	0.08
116	2	Q	5749	0.08
117	1	F	5747	0.09
117	2	R	5747	0.09
118	1	F	5754	0.09
118	2	S	5754	0.09
119	1	F	5725	0.08
119	2	T	5725	0.08
120	1	F	5765	0.08
120	2	U	5765	0.08
121	1	F	5734	0.1
121	2	V	5734	0.1
122	1	F	5695	0.09
122	2	W	5695	0.09
123	1	F	5776	0.07
123	2	X	5776	0.07
124	1	G	5843	0.07
124	2	H	5843	0.07
125	1	G	5792	0.09
125	2	I	5792	0.09
126	1	G	5787	0.08
126	2	J	5787	0.08
127	1	G	5779	0.08
127	2	K	5779	0.08
128	1	G	5763	0.08
128	2	L	5763	0.08
129	1	G	5814	0.07
129	2	M	5814	0.07
130	1	G	5863	0.08
130	2	N	5863	0.08
131	1	G	5764	0.08
131	2	O	5764	0.08
132	1	G	5898	0.07
132	2	P	5898	0.07
133	1	G	5850	0.07
133	2	Q	5850	0.07
134	1	G	5781	0.1
134	2	R	5781	0.1
135	1	G	5825	0.08
135	2	S	5825	0.08
136	1	G	5729	0.09
136	2	T	5729	0.09
137	1	G	5775	0.09
137	2	U	5775	0.09
138	1	G	5881	0.08
138	2	V	5881	0.08
139	1	G	5841	0.08
139	2	W	5841	0.08
140	1	G	5805	0.08
140	2	X	5805	0.08
141	1	H	5859	0.08
141	2	I	5859	0.08
142	1	H	5755	0.08
142	2	J	5755	0.08
143	1	H	5816	0.07
143	2	K	5816	0.07
144	1	H	5783	0.08
144	2	L	5783	0.08
145	1	H	5781	0.07
145	2	M	5781	0.07
146	1	H	5903	0.07
146	2	N	5903	0.07
147	1	H	5780	0.08
147	2	O	5780	0.08
148	1	H	5802	0.07
148	2	P	5802	0.07
149	1	H	5918	0.07
149	2	Q	5918	0.07
150	1	H	5812	0.09
150	2	R	5812	0.09
151	1	H	5892	0.1
151	2	S	5892	0.1
152	1	H	5769	0.07
152	2	T	5769	0.07
153	1	H	5868	0.07
153	2	U	5868	0.07
154	1	H	5908	0.1
154	2	V	5908	0.1
155	1	H	5862	0.08
155	2	W	5862	0.08
156	1	H	5913	0.08
156	2	X	5913	0.08
157	1	I	5745	0.09
157	2	J	5745	0.09
158	1	I	5778	0.08
158	2	K	5778	0.08
159	1	I	5829	0.08
159	2	L	5829	0.08
160	1	I	5753	0.07
160	2	M	5753	0.07
161	1	I	5886	0.08
161	2	N	5886	0.08
162	1	I	5770	0.07
162	2	O	5770	0.07
163	1	I	5763	0.08
163	2	P	5763	0.08
164	1	I	5889	0.08
164	2	Q	5889	0.08
165	1	I	5828	0.08
165	2	R	5828	0.08
166	1	I	5852	0.09
166	2	S	5852	0.09
167	1	I	5801	0.07
167	2	T	5801	0.07
168	1	I	5841	0.08
168	2	U	5841	0.08
169	1	I	5880	0.09
169	2	V	5880	0.09
170	1	I	5861	0.08
170	2	W	5861	0.08
171	1	I	5869	0.07
171	2	X	5869	0.07
172	1	J	5808	0.08
172	2	K	5808	0.08
173	1	J	5787	0.09
173	2	L	5787	0.09
174	1	J	5766	0.08
174	2	M	5766	0.08
175	1	J	5791	0.1
175	2	N	5791	0.1
176	1	J	5751	0.09
176	2	O	5751	0.09
177	1	J	5795	0.08
177	2	P	5795	0.08
178	1	J	5785	0.08
178	2	Q	5785	0.08
179	1	J	5743	0.1
179	2	R	5743	0.1
180	1	J	5796	0.09
180	2	S	5796	0.09
181	1	J	5774	0.08
181	2	T	5774	0.08
182	1	J	5754	0.09
182	2	U	5754	0.09
183	1	J	5813	0.09
183	2	V	5813	0.09
184	1	J	5783	0.09
184	2	W	5783	0.09
185	1	J	5815	0.09
185	2	X	5815	0.09
186	1	K	5747	0.09
186	2	L	5747	0.09
187	1	K	5782	0.07
187	2	M	5782	0.07
188	1	K	5833	0.08
188	2	N	5833	0.08
189	1	K	5776	0.08
189	2	O	5776	0.08
190	1	K	5769	0.08
190	2	P	5769	0.08
191	1	K	5837	0.07
191	2	Q	5837	0.07
192	1	K	5773	0.09
192	2	R	5773	0.09
193	1	K	5771	0.09
193	2	S	5771	0.09
194	1	K	5773	0.07
194	2	T	5773	0.07
195	1	K	5836	0.08
195	2	U	5836	0.08
196	1	K	5786	0.09
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197	1	K	5746	0.08
197	2	W	5746	0.08
198	1	K	5825	0.08
198	2	X	5825	0.08
199	1	L	5781	0.07
199	2	M	5781	0.07
200	1	L	5818	0.08
200	2	N	5818	0.08
201	1	L	5830	0.07
201	2	O	5830	0.07
202	1	L	5743	0.09
202	2	P	5743	0.09
203	1	L	5790	0.08
203	2	Q	5790	0.08
204	1	L	5844	0.08
204	2	R	5844	0.08
205	1	L	5795	0.09
205	2	S	5795	0.09
206	1	L	5773	0.08
206	2	T	5773	0.08
207	1	L	5799	0.08
207	2	U	5799	0.08
208	1	L	5800	0.09
208	2	V	5800	0.09
209	1	L	5800	0.08
209	2	W	5800	0.08
210	1	L	5837	0.08
210	2	X	5837	0.08
211	1	M	5814	0.08
211	2	N	5814	0.08
212	1	M	5802	0.08
212	2	O	5802	0.08
213	1	M	5813	0.06
213	2	P	5813	0.06
214	1	M	5783	0.08
214	2	Q	5783	0.08
215	1	M	5793	0.08
215	2	R	5793	0.08
216	1	M	5776	0.08
216	2	S	5776	0.08
217	1	M	5766	0.07
217	2	T	5766	0.07
218	1	M	5797	0.07
218	2	U	5797	0.07
219	1	M	5796	0.08
219	2	V	5796	0.08
220	1	M	5792	0.07
220	2	W	5792	0.07
221	1	M	5807	0.07
221	2	X	5807	0.07
222	1	N	5786	0.07
222	2	O	5786	0.07
223	1	N	5756	0.09
223	2	P	5756	0.09
224	1	N	5879	0.08
224	2	Q	5879	0.08
225	1	N	5822	0.08
225	2	R	5822	0.08
226	1	N	5846	0.08
226	2	S	5846	0.08
227	1	N	5771	0.08
227	2	T	5771	0.08
228	1	N	5852	0.08
228	2	U	5852	0.08
229	1	N	5850	0.08
229	2	V	5850	0.08
230	1	N	5818	0.08
230	2	W	5818	0.08
231	1	N	5878	0.07
231	2	X	5878	0.07
232	1	O	5722	0.08
232	2	P	5722	0.08
233	1	O	5745	0.08
233	2	Q	5745	0.08
234	1	O	5796	0.08
234	2	R	5796	0.08
235	1	O	5764	0.09
235	2	S	5764	0.09
236	1	O	5700	0.08
236	2	T	5700	0.08
237	1	O	5739	0.09
237	2	U	5739	0.09
238	1	O	5751	0.08
238	2	V	5751	0.08
239	1	O	5760	0.08
239	2	W	5760	0.08
240	1	O	5793	0.08
240	2	X	5793	0.08
241	1	P	5809	0.08
241	2	Q	5809	0.08
242	1	P	5779	0.09
242	2	R	5779	0.09
243	1	P	5792	0.09
243	2	S	5792	0.09
244	1	P	5719	0.08
244	2	T	5719	0.08
245	1	P	5773	0.08
245	2	U	5773	0.08
246	1	P	5833	0.08
246	2	V	5833	0.08
247	1	P	5824	0.08
247	2	W	5824	0.08
248	1	P	5796	0.08
248	2	X	5796	0.08
249	1	Q	5828	0.08
249	2	R	5828	0.08
250	1	Q	5875	0.08
250	2	S	5875	0.08
251	1	Q	5772	0.07
251	2	T	5772	0.07
252	1	Q	5869	0.08
252	2	U	5869	0.08
253	1	Q	5897	0.08
253	2	V	5897	0.08
254	1	Q	5876	0.07
254	2	W	5876	0.07
255	1	Q	5893	0.07
255	2	X	5893	0.07
256	1	R	5828	0.09
256	2	S	5828	0.09
257	1	R	5762	0.08
257	2	T	5762	0.08
258	1	R	5827	0.08
258	2	U	5827	0.08
259	1	R	5834	0.09
259	2	V	5834	0.09
260	1	R	5787	0.09
260	2	W	5787	0.09
261	1	R	5873	0.08
261	2	X	5873	0.08
262	1	S	5750	0.09
262	2	T	5750	0.09
263	1	S	5814	0.09
263	2	U	5814	0.09
264	1	S	6167	0.07
264	2	V	6167	0.07
265	1	S	5829	0.09
265	2	W	5829	0.09
266	1	S	5916	0.09
266	2	X	5916	0.09
267	1	T	5772	0.07
267	2	U	5772	0.07
268	1	T	5759	0.09
268	2	V	5759	0.09
269	1	T	5756	0.08
269	2	W	5756	0.08
270	1	T	5794	0.07
270	2	X	5794	0.07
271	1	U	5820	0.09
271	2	V	5820	0.09
272	1	U	5790	0.08
272	2	W	5790	0.08
273	1	U	5890	0.07
273	2	X	5890	0.07
274	1	V	5806	0.09
274	2	W	5806	0.09
275	1	V	5895	0.09
275	2	X	5895	0.09
276	1	W	5833	0.08
276	2	X	5833	0.08

LS精密化 シェル

解像度: 2.51→2.575 Å / Total num. of bins used: 20

	Rfactor	反射数	%反射
Rfree	0.372	553	-
Rwork	0.368	11318	-
obs	-	-	99.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°2)	L12 (°2)	L13 (°2)	L22 (°2)	L23 (°2)	L33 (°2)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å2)	T12 (Å2)	T13 (Å2)	T22 (Å2)	T23 (Å2)	T33 (Å2)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5503	2.3741	-0.6871	5.5923	-0.7634	2.3371	-0.0328	0.3991	0.0285	-0.3916	0.1009	-0.0984	-0.3107	0.0168	-0.0681	0.4211	0.0517	0.0052	0.2688	0.0129	0.0074	17.1351	-59.5503	-43.6691
2	2.5274	-0.7315	0.8159	2.3822	-2.0623	6.056	0.0036	0.0178	0.2223	0.0589	0.0703	0.1641	-0.4698	-0.3803	-0.0739	0.3979	0.0949	0.0226	0.2691	0.0397	0.1225	2.4309	-47.797	-23.5029
3	3.2205	-1.9619	0.3631	6.1098	-0.1246	1.2586	-0.0469	-0.1242	0.4287	0.076	0.1234	-0.3001	-0.289	0.259	-0.0765	0.4323	-0.08	-0.0306	0.2876	0.0068	0.1019	29.6069	-47.3769	-22.5955
4	3.5866	-2.7415	-0.8065	5.8138	0.9944	2.6164	-0.1733	-0.5641	0.1131	0.4566	0.2075	-0.0074	-0.4573	-0.0135	-0.0342	0.7972	0.0092	0.0216	0.3924	-0.0583	0.0131	46.1418	-58.6383	-75.6787
5	2.342	0.1864	-0.0635	2.2601	1.7435	5.7837	-0.0118	-0.0834	0.4014	0.1006	0.0384	-0.2961	-0.6245	0.5874	-0.0267	0.9052	-0.1621	-0.0086	0.3202	-0.0371	0.2491	60.2162	-46.8562	-96.1186
6	2.89	1.9933	0.2896	5.8132	-0.1266	1.64	-0.126	0.0666	0.5593	-0.1211	0.1437	0.2924	-0.595	-0.2839	-0.0177	0.9275	0.1726	0.0129	0.3558	-0.0361	0.136	32.9131	-47.2025	-96.782
7	2.4772	0.2824	-0.1886	2.0034	-0.8484	5.9235	0.1166	-0.0278	-0.3806	0.0001	0.0107	0.2282	0.6357	-0.4989	-0.1274	0.7766	-0.0911	-0.0653	0.2331	0.0142	0.16	-31.7236	-38.532	-73.367
8	3.1257	2.3034	-0.6317	5.9831	-0.9458	1.8508	-0.0026	-0.0033	-0.5511	-0.1076	0.0687	-0.4633	0.6001	0.3513	-0.066	0.8003	0.2357	-0.0408	0.3481	-0.0378	0.142	-4.2484	-39.8973	-73.4283
9	3.0654	-2.569	1.4301	4.5388	-1.1243	3.3243	-0.0939	-0.3018	0.0081	0.2297	0.0877	-0.1979	0.4707	0.0652	0.0062	0.5695	0.0168	-0.0203	0.2292	0.0093	0.0157	-17.3265	-23.7461	-55.5222
10	2.272	-0.4678	-0.3132	1.8928	0.7066	6.4347	0.0298	0.1752	-0.3276	-0.3048	-0.0357	-0.1856	0.6437	0.5486	0.0059	0.6097	0.0797	0.075	0.3128	-0.0105	0.2079	-33.9779	-38.1909	-15.1823
11	3.3001	-2.2091	-0.6574	5.4947	0.9713	2.6575	-0.1771	0.0613	-0.6426	-0.1428	0.2688	0.4295	0.7386	-0.4216	-0.0917	0.6878	-0.2322	-0.0224	0.3823	0.0489	0.1588	-61.0587	-38.121	-14.4433
12	3.5233	2.4391	1.3227	4.9024	0.7805	3.3934	-0.0526	0.4818	0.0746	-0.4522	0.0812	0.2186	0.4328	-0.1527	-0.0286	0.6192	-0.0543	0.0181	0.3942	0.0056	0.0159	-47.7886	-22.9939	-32.8334
13	1.938	-0.1799	1.4152	3.0669	0.2743	6.0678	-0.1725	-0.1778	-0.2747	0.0865	0.12	-0.4432	0.5364	0.4719	0.0525	0.4372	0.2344	0.0038	0.576	-0.0519	0.2774	22.9178	-13.1398	-75.4719
14	5.6739	-1.9682	0.8389	3.0366	-0.8955	1.8319	0.1051	0.0576	0.2957	-0.1514	-0.0796	-0.6395	-0.1328	0.7217	-0.0255	0.4022	-0.0511	0.0203	0.6674	-0.1073	0.25	24.0231	13.9159	-78.556
15	5.5914	2.8474	0.8342	3.2594	0.782	2.7632	0.0814	-0.5158	0.1691	0.472	-0.0003	-0.0407	-0.0239	0.4895	-0.0811	0.4132	0.1507	-0.0335	0.5748	-0.0836	0.0683	9.9185	2.9725	-57.9953
16	2.0829	0.5796	1.8098	2.5713	0.2371	5.993	-0.073	0.1207	-0.1356	-0.2258	0.0672	0.3029	0.2123	-0.4278	0.0058	0.3827	-0.0208	-0.0362	0.5028	0.0957	0.2583	40.0336	-10.937	-12.5721
17	6.4793	1.6148	0.656	2.7771	0.7534	1.7453	0.1084	-0.0918	0.3167	0.0208	-0.1189	0.593	-0.2874	-0.4235	0.0105	0.5632	0.2004	0.0081	0.5214	0.0693	0.271	39.8851	16.214	-9.4653
18	5.2164	-2.2844	0.4556	3.3072	-0.616	2.359	-0.0743	0.4492	0.176	-0.4514	0.0702	0.12	-0.2599	-0.3762	0.0041	0.556	-0.0385	-0.034	0.5554	0.0986	0.0565	53.2183	4.7883	-30.4468
19	4.3358	2.0392	-0.9405	2.5509	-1.0603	3.0062	0.0306	-0.2732	-0.0403	0.4472	-0.0292	0.0506	0.1714	-0.3729	-0.0014	0.41	0.0103	-0.0057	0.3086	-0.0078	0.0286	-44.2637	3.6268	-57.6455
20	2.6489	-0.616	-1.5427	2.4135	1.0618	6.386	-0.0734	-0.0061	0.2742	-0.0009	0.0667	0.3108	-0.4914	-0.4373	0.0067	0.3519	0.0718	-0.047	0.3967	0.0637	0.2276	-56.8744	15.7909	-78.4628
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24	5.8711	1.644	-0.1258	3.6007	-0.4526	1.7089	0.1137	0.076	-0.3965	-0.0506	-0.1048	-0.6627	0.1646	0.5254	-0.0089	0.462	0.041	0.0845	0.5526	0.0189	0.1481	-6.152	-12.0271	-12.7346

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A|186-371 }	A	186 - 371
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B|186-371 }	B	186 - 371
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C|186-371 }	C	186 - 371
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D|186-371 }	D	186 - 371
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E|186-371 }	E	186 - 371
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F|186-371 }	F	186 - 371
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G|186-371 }	G	186 - 371
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H|186-371 }	H	186 - 371
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ I|186-371 }	I	186 - 371
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ J|186-371 }	J	186 - 371
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ K|186-371 }	K	186 - 371
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ L|186-371 }	L	186 - 371
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ M|186-371 }	M	186 - 371
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{ N|186-371 }	N	186 - 371
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{ O|186-371 }	O	186 - 371
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{ P|186-371 }	P	186 - 371
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{ Q|186-371 }	Q	186 - 371
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{ R|186-371 }	R	186 - 371
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{ S|186-371 }	S	186 - 371
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{ T|186-371 }	T	186 - 371
21	X-RAY DIFFRACTION	21	{ U|186-371 }	U	186 - 371
22	X-RAY DIFFRACTION	22	{ V|186-371 }	V	186 - 371
23	X-RAY DIFFRACTION	23	{ W|186-371 }	W	186 - 371
24	X-RAY DIFFRACTION	24	{ X|186-371 }	X	186 - 371