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- PDB-8ofp: Human adenovirus type 24 fiber-knob protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ofp
タイトルHuman adenovirus type 24 fiber-knob protein
要素Fiber
キーワードVIRAL PROTEIN / Adenovirus / Fiber knob / Ad24
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell
類似検索 - 分子機能
Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human adenovirus 24 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Parker, A.L. / Mundy, R.M. / Baker, A.T.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N013941/1 英国
Wellcome Trust517732 英国
引用ジャーナル: Npj Viruses / 年: 2023
タイトル: Broad sialic acid usage amongst species D human adenovirus.
著者: Mundy, R.M. / Baker, A.T. / Bates, E.A. / Cunliffe, T.G. / Teijeira-Crespo, A. / Moses, E. / Rizkallah, P.J. / Parker, A.L.
履歴
登録2023年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.title
改定 1.22024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fiber
B: Fiber
C: Fiber
D: Fiber
E: Fiber
F: Fiber


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,7496
ポリマ－132,7496
非ポリマー00
水00
1
A: Fiber
B: Fiber
C: Fiber


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3743
ポリマ－66,3743
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6440 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area23480 Å2
2
D: Fiber
E: Fiber
F: Fiber


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3743
ポリマ－66,3743
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6430 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area24380 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)51.259, 99.619, 113.549
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Fiber


分子量: 22124.816 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus 24 (ヒトアデノウイルス)
遺伝子: L5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M0QUI2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.76 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M MMT Buffer, 25% PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→55.96 Å / Num. obs: 25128 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.973 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.089 / Rrim(I) all: 0.175 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 4.4 / Num. measured all: 96302
反射 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 1.117 / Num. measured all: 7260 / Num. unique obs: 1852 / CC1/2: 0.652 / Rpim(I) all: 0.649 / Rrim(I) all: 1.296 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I) obs: 1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Aimlessデータスケーリング
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→55.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 115.018 / SU ML: 0.849 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.719 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33672 1004 4.9 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.23903 19502 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 93.976 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.54 Å20 Å20.46 Å2
2--0.9 Å20 Å2
3----3.39 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.1→55.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8946 0 0 0 8946
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0139137
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178345
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3711.65512418
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0531.57919542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.09551117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.24525.277415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.964151602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8431518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.21285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.029979
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021743
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2723.1234498
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2723.1234497
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1924.6815605
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1924.6815606
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9083.1774639
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.9073.1774637
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.6324.7476813
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.64436.38410150
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.64436.38510151
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.437 75 -
Rwork0.393 1445 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5807-0.53290.16586.5769-1.21512.9980.0990.19660.2587-2.41190.0483-0.90220.12970.3316-0.14732.1513-0.12550.03270.0986-0.06190.295419.334219.33145.1352
23.00520.10252.01816.30910.79045.55840.2529-0.1697-0.4606-1.5080.3225-0.64950.5190.2508-0.57541.4494-0.0892-0.30450.0591-0.03350.431816.0353-4.833217.4733
33.10820.446-0.39679.1954-1.81224.41040.0773-0.4538-0.0429-0.48090.2653-0.0698-0.0873-0.0227-0.34260.6146-0.0851-0.23320.2008-0.08710.259613.749219.406930.4843
44.49380.3660.21866.51920.5094.8536-0.2328-0.09430.40480.2411-0.03230.8098-0.9116-0.2880.26511.1180.0094-0.36340.1957-0.17120.41982.030969.177647.2389
52.3659-0.25830.23655.60081.55177.8962-0.3024-0.42490.00410.25880.00580.47920.3097-0.17750.29660.6812-0.071-0.15440.17-0.00620.33533.367843.125740.6372
64.73810.2868-1.87597.41572.40955.1641-0.0840.22910.0929-1.6216-0.43931.0651-1.0554-0.78970.52331.5180.0281-0.65060.23730.03090.3526-2.470761.617521.8171
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|187-375}A187 - 375
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|187-375}B187 - 375
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|187-375}C187 - 375
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|187-375}D187 - 375
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|187-375}E187 - 375
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|187-375}F187 - 375

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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