PDB-8ofh: Streptococcus pneumoniae CdaA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ofh

タイトル

Streptococcus pneumoniae CdaA

要素

Diadenylate cyclase

キーワード

TRANSFERASE / diadenylate cyclase

機能・相同性

機能・相同性情報

diadenylate cyclase / diadenylate cyclase activity / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Garbers, T.B. / Neumann, P. / Ficner, R.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2024
タイトル: Crystallographic fragment screen of the c-di-AMP-synthesizing enzyme CdaA from Bacillus subtilis.
著者: Garbers, T. / Neumann, P. / Wollenhaupt, J. / Dickmanns, A. / Weiss, M.S. / Ficner, R.

履歴

登録	2023年3月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.2	2025年5月14日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ofh.cif.gz	454.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ofh.ent.gz	310.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ofh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8ofh_validation.pdf.gz	463.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ofh_full_validation.pdf.gz	469.2 KB	表示
XML形式データ	8ofh_validation.xml.gz	38 KB	表示
CIF形式データ	8ofh_validation.cif.gz	54.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/8ofh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/8ofh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8ofoC 8ogmC 8ognC 8ogoC 8ogpC 8ogqC 8ogrC 8ogsC 8ogtC 8oguC 8ogvC 8ogwC 8ogyC 8ogzC 8oh0C 8oh1C 8ohbC 8ohcC 8oheC 8ohfC 8ohgC 8ohhC 8ohjC 8ohkC 8ohlC 8ohoC 9g0gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Diadenylate cyclase

B: Diadenylate cyclase

C: Diadenylate cyclase

D: Diadenylate cyclase

E: Diadenylate cyclase

F: Diadenylate cyclase

121 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Diadenylate cyclase

B: Diadenylate cyclase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
40.2 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Diadenylate cyclase

F: Diadenylate cyclase

登録者が定義した集合体
40.2 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Diadenylate cyclase

E: Diadenylate cyclase

登録者が定義した集合体
40.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	62.730, 102.400, 89.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.330, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Diadenylate cyclase 分子量: 20121.164 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌) 遺伝子: dacA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DP14
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 611 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 15% (v/v) PEG3350 0.2 M KSCN, 0.1M Bis-Tris propane pH 7.5 PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97626 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97626 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.64→50 Å / Num. obs: 130851 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 28.72 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_rim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 15.74

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.64-1.7	1.85	9553	0.396	2.074	1
1.7-1.75	1.427	9594	0.509	1.584	1
1.75-1.86	1.09	18189	0.736	1.184	1
1.86-8	0.051	92297	0.999	0.055	1
8-14	0.019	984	1	0.021	1
14-17	0.021	110	1	0.022	1
17-50	0.024	124	0.999	0.026	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.64→48.28 Å / SU ML: 0.2424 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.4775
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2232	6538	5 %
R_work	0.1915	124239	-
obs	0.193	130777	95.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→48.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7035	0	0	611	7646

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0092	7143
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9018	9670
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0704	1171
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1224
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.4069	973

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.64-1.66	0.4169	162	0.4156	3050	X-RAY DIFFRACTION	70.47
1.66-1.68	0.4406	166	0.4137	3166	X-RAY DIFFRACTION	73.33
1.68-1.7	0.4103	182	0.3967	3441	X-RAY DIFFRACTION	78.9
1.7-1.72	0.3913	187	0.37	3571	X-RAY DIFFRACTION	82.79
1.72-1.74	0.3548	199	0.3407	3793	X-RAY DIFFRACTION	87.14
1.74-1.77	0.3524	205	0.3354	3893	X-RAY DIFFRACTION	90.72
1.77-1.79	0.3339	217	0.3234	4132	X-RAY DIFFRACTION	94.83
1.79-1.82	0.3398	224	0.3032	4259	X-RAY DIFFRACTION	99.09
1.82-1.85	0.3054	226	0.2839	4297	X-RAY DIFFRACTION	98.95
1.85-1.88	0.3272	227	0.2612	4293	X-RAY DIFFRACTION	99.47
1.88-1.91	0.2913	227	0.2553	4327	X-RAY DIFFRACTION	99.17
1.91-1.94	0.2819	225	0.2458	4266	X-RAY DIFFRACTION	99.4
1.94-1.98	0.2513	226	0.2339	4289	X-RAY DIFFRACTION	99.08
1.98-2.02	0.244	227	0.2144	4314	X-RAY DIFFRACTION	99.21
2.02-2.07	0.2412	225	0.2104	4264	X-RAY DIFFRACTION	99.05
2.07-2.11	0.2322	226	0.2046	4298	X-RAY DIFFRACTION	99.32
2.11-2.17	0.2834	229	0.1962	4347	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.17-2.23	0.2168	225	0.1869	4304	X-RAY DIFFRACTION	99.3
2.23-2.29	0.225	226	0.1834	4289	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.29-2.37	0.2228	226	0.183	4317	X-RAY DIFFRACTION	99.37
2.37-2.45	0.2222	227	0.1944	4313	X-RAY DIFFRACTION	99.3
2.45-2.55	0.2707	228	0.2096	4324	X-RAY DIFFRACTION	99.45
2.55-2.66	0.2392	226	0.1978	4292	X-RAY DIFFRACTION	99.12
2.66-2.8	0.217	227	0.188	4307	X-RAY DIFFRACTION	99.06
2.8-2.98	0.2288	228	0.2007	4329	X-RAY DIFFRACTION	99.02
2.98-3.21	0.2466	226	0.2025	4300	X-RAY DIFFRACTION	99.47
3.21-3.53	0.2155	229	0.186	4348	X-RAY DIFFRACTION	99.13
3.53-4.04	0.2159	228	0.1608	4333	X-RAY DIFFRACTION	99.5
4.04-5.09	0.1593	229	0.1348	4374	X-RAY DIFFRACTION	99.55
5.09-48.28	0.1658	233	0.1648	4409	X-RAY DIFFRACTION	99.04

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.15659740545	-1.27847513372	-0.558980790561	6.93279400122	-0.267959111169	8.16733063189	0.166609538807	0.587578392752	0.341423774146	-0.564464652774	-0.0773323679115	-0.189140218088	-0.407240012052	0.17316324671	-0.074730441741	0.183601282466	-0.00767695273375	0.00524026786624	0.297386971409	-0.0147901153303	0.220816063887	-10.3577578366	24.7430008499	-30.1341026045
2	9.66372554891	-4.07380988047	2.73362069275	8.44409781251	-4.11461945763	8.49350802539	0.000454909788433	-1.01213027481	0.827331785562	0.209749295205	0.054076167842	0.489975914722	-0.246600405753	-0.555141103917	-0.0275104791676	0.288173787592	-0.0169945245331	0.0248987943422	0.339136659412	-0.114293354273	0.385713142943	-16.3052633002	33.3318217138	-13.123490771
3	5.76410191506	-0.902240050174	-0.408186570127	3.33914453616	0.694224170519	5.76969034595	0.0213555510315	0.0538446512109	0.0893695963144	-0.133565470503	-0.025096815657	-0.242337384426	-0.164411641837	0.26415239413	0.0433987012392	0.186041022285	-0.000267824283646	0.00756651283877	0.20711649578	-0.00600993923125	0.299628045508	-3.1510984014	27.3784730435	-22.6958123713
4	8.17295985391	-2.65435412046	0.483558730215	5.92994677333	1.46996743987	5.30007030004	-0.173896244254	-0.418483564146	-1.28611708147	0.55193648783	-0.174350650515	0.203325011563	0.797980131578	-0.0421923555976	0.1233810284	0.271774852217	-0.006664234147	0.0118771034684	0.270153267613	0.0302585138367	0.426828357955	-3.5610052948	17.5226485397	-17.3828156525
5	5.94520903057	3.20880049895	-2.90979967953	7.99282065313	-2.20347570259	8.83177488038	-0.0357421638078	-0.109938045472	0.451153153617	0.138842144561	0.161974269259	0.946210536333	-0.0408138341094	-0.765528388061	-0.229594583621	0.168363795046	0.0395478343294	0.00397830125136	0.270400123675	-0.027626276809	0.292088131181	-13.5921733358	27.7171774947	-15.8220176518
6	8.71832147487	6.60281989913	-5.61191436206	2.00076733486	-5.05966431074	8.53398462328	-0.492371540807	-0.175685250798	-2.15903489503	0.648157436461	-0.50063232279	2.40640667629	3.46893938521	-1.48457219422	1.0132764013	1.2216609243	-0.214110248685	-0.0423660582927	0.640680845412	-0.0455189437001	1.47235942868	-24.7252352401	10.5699859698	-18.2181133024
7	2.08410045938	-4.4148594828	-2.70010321636	2.06803124901	4.16975725268	7.16331581267	-0.283065543702	-0.618760779435	-0.415054504792	0.65728506385	-0.00257707817008	0.77546151513	0.588104501187	-0.200389406113	0.263474574385	0.276780487771	0.000856726412145	0.0816073437724	0.319616604904	0.0411000114332	0.432291960522	-21.2912667882	20.7473203524	-15.5062054328
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31	2.6721738043	-0.576068048983	4.32871227613	8.84282962256	0.543095545828	7.30754648991	-0.574421795291	-0.383891071627	2.02245778274	0.340189141763	-0.202481851998	1.63047866591	-1.01026437455	-0.93948391006	0.711411186392	0.602074601445	0.164619057439	0.179339775002	0.673031188592	0.119957436614	1.36013810465	-21.9233804588	41.2157611351	-61.1454706834
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34	7.76773865042	2.77429692431	-1.75687165427	2.11172277342	0.308107752421	8.27084288986	-0.0818602145356	1.55334798785	0.37282754589	-0.929073102055	0.194800517337	-0.373057338678	0.105430774891	0.139564012775	-0.137648361929	0.369064788328	0.0269763929192	0.0369021199238	0.495833191187	0.109619322449	0.380095753812	-13.0579194472	25.7941862194	-76.7203615111
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38	8.34869074893	0.0989408978073	-4.13784109244	7.73837810079	-3.02914676757	8.60252354123	-0.50158123552	0.441220007903	-0.799835959085	-0.983064096203	0.230022160782	0.842884034437	1.02555179659	-1.11388006219	0.311849710479	0.472768898152	-0.161216199068	-0.0165398151035	0.452636962626	-0.0389392556028	0.322161814993	11.6916461673	52.752314686	-52.2558531068
39	2.68727864718	-0.707867776873	-0.695135136223	5.39681994739	0.236561018521	4.42227774906	0.141911213817	0.164486000663	-0.330560257694	-0.260647335614	-0.131395315096	-0.127989612642	0.418170816939	0.0547474167765	-0.00742314316022	0.238792221231	0.00104238400081	0.00415110131354	0.185104259835	-0.0411223725052	0.226403526092	-13.6380404184	54.7162844624	-1.66519254031
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41	3.19585600176	2.37669870921	0.0928217703086	8.71367467874	1.13487517507	4.83226095732	0.136763129719	-0.29977642846	-0.442948387721	0.715180795272	-0.066420799157	0.0161490500567	0.606481586739	0.0186906621457	-0.0564445555697	0.33032579218	-0.0349612379657	0.00630417463425	0.216370427588	0.0162134286388	0.232184687635	-15.5673677968	50.5544657148	10.5647331617

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 86 through 114 )	A	A	86 - 114	1 - 29
2	2	chain 'A' and (resid 115 through 126 )	A	A	115 - 126	30 - 41
3	3	chain 'A' and (resid 127 through 143 )	A	A	127 - 143	42 - 58
4	4	chain 'A' and (resid 144 through 153 )	A	A	144 - 153	59 - 68
5	5	chain 'A' and (resid 154 through 173 )	A	A	154 - 173	69 - 88
6	6	chain 'A' and (resid 174 through 181 )	A	A	174 - 181	89 - 96
7	7	chain 'A' and (resid 182 through 193 )	A	A	182 - 193	97 - 108
8	8	chain 'A' and (resid 194 through 212 )	A	A	194 - 212	109 - 127
9	9	chain 'A' and (resid 213 through 234 )	A	A	213 - 234	128 - 149
10	10	chain 'B' and (resid 85 through 114 )	B	B	85 - 114	1 - 30
11	11	chain 'B' and (resid 115 through 126 )	B	B	115 - 126	31 - 42
12	12	chain 'B' and (resid 127 through 153 )	B	B	127 - 153	43 - 69
13	13	chain 'B' and (resid 154 through 173 )	B	B	154 - 173	70 - 89
14	14	chain 'B' and (resid 174 through 191 )	B	B	174 - 191	90 - 107
15	15	chain 'B' and (resid 192 through 212 )	B	B	192 - 212	108 - 128
16	16	chain 'B' and (resid 213 through 221 )	B	B	213 - 221	129 - 137
17	17	chain 'B' and (resid 222 through 236 )	B	B	222 - 236	138 - 152
18	18	chain 'C' and (resid 86 through 106 )	C	C	86 - 106	1 - 21
19	19	chain 'C' and (resid 107 through 126 )	C	C	107 - 126	22 - 41
20	20	chain 'C' and (resid 127 through 153 )	C	C	127 - 153	42 - 68
21	21	chain 'C' and (resid 154 through 173 )	C	C	154 - 173	69 - 88
22	22	chain 'C' and (resid 174 through 181 )	C	C	174 - 181	89 - 96
23	23	chain 'C' and (resid 182 through 212 )	C	C	182 - 212	97 - 127
24	24	chain 'C' and (resid 213 through 235 )	C	C	213 - 235	128 - 150
25	25	chain 'D' and (resid 86 through 105 )	D	D	86 - 105	1 - 20
26	26	chain 'D' and (resid 106 through 114 )	D	D	106 - 114	21 - 29
27	27	chain 'D' and (resid 115 through 126 )	D	D	115 - 126	30 - 41
28	28	chain 'D' and (resid 127 through 143 )	D	D	127 - 143	42 - 58
29	29	chain 'D' and (resid 144 through 153 )	D	D	144 - 153	59 - 68
30	30	chain 'D' and (resid 154 through 173 )	D	D	154 - 173	69 - 88
31	31	chain 'D' and (resid 174 through 181 )	D	D	174 - 181	89 - 96
32	32	chain 'D' and (resid 182 through 192 )	D	D	182 - 192	97 - 107
33	33	chain 'D' and (resid 193 through 221 )	D	D	193 - 221	108 - 136
34	34	chain 'D' and (resid 222 through 235 )	D	D	222 - 235	137 - 150
35	35	chain 'E' and (resid 86 through 126 )	E	E	86 - 126	1 - 41
36	36	chain 'E' and (resid 127 through 181 )	E	E	127 - 181	42 - 96
37	37	chain 'E' and (resid 182 through 212 )	E	E	182 - 212	97 - 127
38	38	chain 'E' and (resid 213 through 235 )	E	E	213 - 235	128 - 150
39	39	chain 'F' and (resid 86 through 153 )	F	F	86 - 153	1 - 68
40	40	chain 'F' and (resid 154 through 192 )	F	F	154 - 192	69 - 107
41	41	chain 'F' and (resid 193 through 235 )	F	F	193 - 235	108 - 150

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)