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万見
- PDB-8ofb: Crystal Structure of T. maritima reverse gyrase with a minimal la... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ofb
タイトルCrystal Structure of T. maritima reverse gyrase with a minimal latch, hexagonal form
要素Reverse gyrase
キーワードHYDROLASE / TOPOISOMERASE / DNA SUPERCOILING / ARCHAEA / HELICASE
機能・相同性
機能・相同性情報


reverse gyrase activity / Isomerases; Isomerases altering macromolecular conformation; Enzymes altering nucleic acid conformation / DNA negative supercoiling activity / DNA topological change / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding ...reverse gyrase activity / Isomerases; Isomerases altering macromolecular conformation; Enzymes altering nucleic acid conformation / DNA negative supercoiling activity / DNA topological change / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Reverse gyrase, zinc finger / Reverse gyrase zinc finger / Reverse gyrase / Reverse gyrase, TOPRIM domain / Zinc finger reverse gyrase N-terminal-type profile. / Zinc finger reverse gyrase C-terminal-type profile. / Topoisomerase I; domain 4 / Topoisomerase I, domain 4 / Topoisomerase (Topo) IA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IA, domain 2 ...Reverse gyrase, zinc finger / Reverse gyrase zinc finger / Reverse gyrase / Reverse gyrase, TOPRIM domain / Zinc finger reverse gyrase N-terminal-type profile. / Zinc finger reverse gyrase C-terminal-type profile. / Topoisomerase I; domain 4 / Topoisomerase I, domain 4 / Topoisomerase (Topo) IA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IA, domain 2 / DNA topoisomerase, type IA, DNA-binding domain / DNA topoisomerase, type IA, central / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 1 / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 3 / DNA topoisomerase, type IA, core domain / DNA topoisomerase / Bacterial DNA topoisomeraes I ATP-binding domain / Bacterial DNA topoisomerase I DNA-binding domain / TOPRIM / Toprim domain / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Klostermeier, D. / Rasche, R. / Mhaindarkar, V. / Kummel, D. / Rudolph, M.G.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
F. Hoffmann-La Roche LTD スイス
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Structure of reverse gyrase with a minimal latch that supports ATP-dependent positive supercoiling without specific interactions with the topoisomerase domain.
著者: Mhaindarkar, V.P. / Rasche, R. / Kummel, D. / Rudolph, M.G. / Klostermeier, D.
履歴
登録2023年3月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年6月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reverse gyrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,31211
ポリマ－121,3471
非ポリマー96410
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area46410 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)90.833, 90.833, 571.878
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1268-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Reverse gyrase


分子量: 121347.352 Da / 分子数: 1 / 変異: deletion of residues 389-459 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
遺伝子: rgy, topR, TM_0173 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O51934, DNA helicase, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)

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非ポリマー , 5種, 120分子

#2: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.17 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 54 microM protein in 50mM Tris/HCl, pH7.5, 500mM NaCl, 10mM MgCl2, 100 microM ZnCl2, 2mM BME mixed 1:1 with 0.1M Tris/HCl pH7.5, 19% PEG3350 0.29 M Ammonium Sulfate, total volume 400nL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→78.66 Å / Num. obs: 45491 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 18.7 % / Biso Wilson estimate: 42.71 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.293 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.301 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible allMean I/σ(I) obs
2.39-2.5920.31.98622760.680.4492.03767.4
7.44-78.6615.50.07222740.9990.0180.07499.918.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
Aimless0.7.9データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.39→75.85 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2724 2275 5.03 %RANDOM
Rwork0.2432 42919 --
obs0.2447 45194 79.36 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 219.62 Å2 / Biso mean: 64.3624 Å2 / Biso min: 16.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.39→75.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8521 0 48 110 8679
Biso mean--76.05 40.31 -
残基数----1040
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.39-2.440.214840.325981023
2.45-2.50.3241210.318840042112
2.5-2.560.3993560.34131009106531
2.56-2.630.3317770.3461723180052
2.63-2.710.38051410.35012370251172
2.71-2.80.3331690.32873076324593
2.8-2.90.38591740.31453299347399
2.9-3.020.31311530.301433483501100
3.02-3.150.34091720.301433483520100
3.15-3.320.32082020.285732913493100
3.32-3.530.29561840.261233783562100
3.53-3.80.25381750.225233993574100
3.8-4.180.25971790.209534003579100
4.18-4.790.21051870.182434643651100
4.79-6.030.24141960.213335063702100
6.03-75.850.21781850.215938103995100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.07630.39611.29483.075-0.51394.8713-0.21970.6308-0.1371-1.67940.085-0.29490.1497-0.14740.05571.27710.00930.21660.7750.10150.38950.0981-20.9968-38.4398
24.9598-3.5343-4.59769.03634.37316.1017-0.57080.3755-1.221-0.61170.1190.0191.3293-0.2580.3611.0008-0.27330.00160.86110.08650.5196-8.5919-35.1192-28.8629
32.30780.1707-0.00944.2102-0.86323.4137-0.0060.03980.013-0.40590.26550.78530.1228-0.6098-0.14190.2665-0.1478-0.12820.38670.1060.3098-37.8374-14.4813-16.227
45.2174-4.05791.29843.3387-1.28570.42030.27550.63130.2284-0.5463-0.4256-0.2176-0.00180.29850.16430.3504-0.0301-0.00620.32480.0760.2493-12.4267-14.4885-18.9208
51.9533-0.93640.53911.5731-0.38592.07350.02060.28070.0982-0.2039-0.097-0.41910.10390.39940.05850.2043-0.02370.02770.2970.09840.372410.4522-24.8047-5.4537
63.1780.1152-2.99590.27220.54613.0196-0.1624-0.69080.09570.35670.148-0.00990.3270.42880.05970.69670.2484-0.13260.62740.06790.311-1.8801-35.761133.7982
70.9252-0.0374-0.53640.64470.63922.3929-0.1157-0.21580.01460.28370.135-0.03440.24640.0114-0.01430.29690.0544-0.03450.15830.02510.1274-16.3556-22.251921.3058
83.02561.0827-0.90894.3803-1.39883.1184-0.3111-0.31210.15390.48420.2224-0.676-0.00020.5840.08980.3840.1376-0.07940.3714-0.09770.385313.4879-29.33616.7768
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 225 )A2 - 225
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 226 through 286 )A226 - 286
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 287 through 456 )A287 - 456
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 457 through 526 )A457 - 526
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 527 through 683 )A527 - 683
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 684 through 735 )A684 - 735
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 736 through 953 )A736 - 953
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 954 through 1041 )A954 - 1041

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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