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- PDB-7fsf: CRYSTAL STRUCTURE OF T. MARITIMA REVERSE GYRASE ACTIVE SITE VARIA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fsf
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF T. MARITIMA REVERSE GYRASE ACTIVE SITE VARIANT Y851F
要素Reverse gyrase
キーワードHydrolase / Isomerase / TOPOISOMERASE / DNA SUPERCOILING / ARCHAEA / HELICASE
機能・相同性
機能・相同性情報


reverse gyrase activity / Isomerases; Isomerases altering macromolecular conformation; Enzymes altering nucleic acid conformation / DNA negative supercoiling activity / DNA topological change / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding ...reverse gyrase activity / Isomerases; Isomerases altering macromolecular conformation; Enzymes altering nucleic acid conformation / DNA negative supercoiling activity / DNA topological change / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 - #80 / Reverse gyrase, zinc finger / Reverse gyrase zinc finger / Reverse gyrase / Reverse gyrase, TOPRIM domain / Zinc finger reverse gyrase N-terminal-type profile. / Zinc finger reverse gyrase C-terminal-type profile. / Topoisomerase I; domain 4 / Topoisomerase I, domain 4 / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 ...Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 - #80 / Reverse gyrase, zinc finger / Reverse gyrase zinc finger / Reverse gyrase / Reverse gyrase, TOPRIM domain / Zinc finger reverse gyrase N-terminal-type profile. / Zinc finger reverse gyrase C-terminal-type profile. / Topoisomerase I; domain 4 / Topoisomerase I, domain 4 / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 / Topoisomerase (Topo) IA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IA, domain 2 / DNA topoisomerase, type IA, DNA-binding domain / DNA topoisomerase, type IA, central / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 1 / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 3 / DNA topoisomerase, type IA, core domain / DNA topoisomerase / Bacterial DNA topoisomeraes I ATP-binding domain / Bacterial DNA topoisomerase I DNA-binding domain / TOPRIM / Toprim domain / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Rasche, R. / Kummel, D. / Rudolph, M.G. / Klostermeier, D.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
F. Hoffmann-La Roche スイス
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Structure of reverse gyrase with a minimal latch that supports ATP-dependent positive supercoiling without specific interactions with the topoisomerase domain.
著者: Mhaindarkar, V.P. / Rasche, R. / Kummel, D. / Rudolph, M.G. / Klostermeier, D.
履歴
登録2023年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月24日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32023年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reverse gyrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,5933
ポリマ－128,4631
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, elutes as a monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)183.930, 103.260, 95.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.820, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Reverse gyrase


分子量: 128462.594 Da / 分子数: 1 / 変異: Y851F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
遺伝子: rgy, topR, TM_0173 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O51934, DNA helicase, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 165 microM protein in 50mM Tris/HCl, pH7.5, 500mM NaCl, 10mM MgCl2, 100 microM ZnCl2, 2mM BME mixed 1:1 with 0.1M HEPES/NaOH pH 7.0, 30% Jeffamine ED-2001, total volume 200nL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: EIGER 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.77→85.38 Å / Num. obs: 40789 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.592 % / Biso Wilson estimate: 66.33 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.351 / Rrim(I) all: 0.367 / Χ2: 0.688 / Net I/σ(I): 4.68 / Num. measured all: 472832
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.77-2.8411.9965.9210.4835867299329900.1796.18299.9
2.84-2.9211.9814.6770.6435128294229320.2244.88499.7
2.92-311.8883.8910.8234262288628820.3154.06499.9
3-3.111.7622.9671.0932123273827310.4373.10199.7
3.1-3.211.5592.3021.4131035269226850.5452.40899.7
3.2-3.3111.1781.8641.7628682257025660.651.95399.8
3.31-3.4311.3991.3112.528839253625300.7991.37299.8
3.43-3.5711.931.0323.2428643240424010.8611.07899.9
3.57-3.7311.7140.7654.1727130231723160.9110.8100
3.73-3.9211.4730.6074.9325401222822140.9450.63599.4
3.92-4.1311.4990.4316.3324481213121290.970.45199.9
4.13-4.3811.6270.3337.8422916197419710.9790.34899.8
4.38-4.6811.2890.278.7321224188718800.9850.28399.6
4.68-5.0611.0240.2449.2819391176717590.9850.25699.5
5.06-5.5411.8890.2579.1719094161016060.9830.26999.8
5.54-6.1911.8690.2429.3317412147214670.9870.25399.7
6.19-7.1511.4510.20410.1114680128612820.9860.21499.7
7.15-8.7610.8140.14312.7112004111511100.9920.15199.6
8.76-12.3810.8860.10416.3492538558500.9950.10999.4
12.38-51.8610.7930.10516.3852674984880.9920.11198

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ddu

4ddu


解像度: 2.77→51.86 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 34.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2733 1475 4.98 %RANDOM
Rwork0.2191 28132 --
obs0.2219 29607 72.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 204.07 Å2 / Biso mean: 77.8057 Å2 / Biso min: 29.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.77→51.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9029 0 2 0 9031
Biso mean--74.87 --
残基数----1102
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.77-2.860.4761130.3421942076
2.86-2.960.3611400.343286890825
2.97-3.080.3603680.31831436150441
3.08-3.220.3824890.31252115220460
3.22-3.390.3651450.27952644278976
3.39-3.610.35031730.25283254342793
3.61-3.880.29121670.225635183685100
3.89-4.280.28441860.20235173703100
4.28-4.890.22481930.176234743667100
4.89-6.160.26521980.212435393737100
6.16-51.860.23112030.204935733776100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1679-0.1591-0.25282.5861-0.78573.5068-0.0653-0.3798-0.54630.2026-0.0462-0.19170.67630.0306-0.08820.7130.0225-0.1720.40860.14260.8073-6.9904-17.0995-32.6844
24.66866.1809-1.9738.1607-2.38156.68670.0104-0.1307-0.6358-0.10450.2548-1.0060.57891.352-0.10790.71360.3004-0.23510.90610.1360.792910.4345-9.527-27.4732
31.1331-0.5886-0.31931.72131.26322.8316-0.204-0.6559-0.33740.19110.18730.2574-0.27770.282-0.20920.6215-0.018-0.12240.71580.16550.5354-9.921712.2516-10.0575
47.72214.4333-3.49855.422-2.97793.5842-0.1593-0.64760.0825-0.07830.0602-0.3907-0.02130.4896-0.03850.82790.0155-0.18380.6878-0.08090.5366-0.572425.1717-7.4876
51.2218-1.1095-0.80392.95612.10324.45830.025-0.3705-0.04990.4044-0.03120.48650.143-0.34810.10530.53580.0571-0.12090.40090.12450.4057-17.346516.4306-17.2433
60.6946-0.2588-0.13941.8295-0.3190.81150.11570.0475-0.1114-0.2853-0.0971-0.21570.06530.11730.040.5805-0.0036-0.13470.37980.00340.5246-3.458415.7469-52.8302
70.8188-1.0536-0.03363.165-0.34220.4665-0.0623-0.22420.27-0.04220.075-0.1706-0.04190.10860.03230.5597-0.0146-0.20160.359-0.04840.5366-8.501144.8612-41.7325
85.70494.2657-0.67216.1181-1.86841.37760.08290.52190.1623-0.47850.1004-0.0291-0.1805-0.0293-0.18110.78950.1844-0.01680.3712-0.00350.4736-2.612828.2091-67.1537
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resid 2 through 194 ) or (resid 1202))A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 195 through 251 )A195 - 251
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 252 through 331 )A252 - 331
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 332 through 455 )A332 - 455
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 456 through 549 )A456 - 549
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and ((resid 550 through 790 ) or (resid 1201))A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 791 through 1013 )A791 - 1013
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 1014 through 1103 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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