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万見
- PDB-8of4: Nucleosome Bound human SIRT6 (Composite) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8of4
タイトルNucleosome Bound human SIRT6 (Composite)
要素
  • (DNA (145-MER)) x 2
  • Histone H2A type 1
  • Histone H2B
  • Histone H3.2
  • Histone H4
  • NAD-dependent protein deacylase sirtuin-6
キーワードGENE REGULATION / Transferase / Deacetylase / Histone H3 deacetylation
機能・相同性
機能・相同性情報


ketone biosynthetic process / protein delipidation / NAD+-protein-lysine ADP-ribosyltransferase activity / regulation of lipid catabolic process / chromosome, subtelomeric region / positive regulation of protein localization to chromatin / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / DNA damage sensor activity ...ketone biosynthetic process / protein delipidation / NAD+-protein-lysine ADP-ribosyltransferase activity / regulation of lipid catabolic process / chromosome, subtelomeric region / positive regulation of protein localization to chromatin / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / DNA damage sensor activity / positive regulation of stem cell differentiation / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / positive regulation of chondrocyte proliferation / transposable element silencing / cardiac muscle cell differentiation / protein acetyllysine N-acetyltransferase / histone H3K14 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K9 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H4K16 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K18 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K56 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K4 deacetylase activity, NAD-dependent / pericentric heterochromatin formation / histone deacetylase activity, NAD-dependent / protein deacetylation / negative regulation of D-glucose import / protein localization to site of double-strand break / positive regulation of blood vessel branching / histone H3K9 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / negative regulation of glycolytic process / negative regulation of protein localization to chromatin / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / TORC2 complex binding / histone deacetylase regulator activity / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of protein import into nucleus / positive regulation of double-strand break repair / lncRNA binding / regulation of protein secretion / DNA repair-dependent chromatin remodeling / positive regulation of stem cell proliferation / negative regulation of gene expression, epigenetic / positive regulation of stem cell population maintenance / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere maintenance / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / site of DNA damage / regulation of lipid metabolic process / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / negative regulation of cellular senescence / NAD+ binding / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of gluconeogenesis / subtelomeric heterochromatin formation / pericentric heterochromatin / regulation of protein localization to plasma membrane / response to UV / nucleosome binding / enzyme regulator activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / positive regulation of protein export from nucleus / determination of adult lifespan / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / protein destabilization / base-excision repair / positive regulation of insulin secretion / chromatin DNA binding / Pre-NOTCH Transcription and Translation / positive regulation of fibroblast proliferation / protein import into nucleus / transcription corepressor activity / structural constituent of chromatin / nucleosome / glucose homeostasis / heterochromatin formation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / double-strand break repair / nucleosome assembly / site of double-strand break / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Processing of DNA double-strand break ends / damaged DNA binding / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / Histone, subunit A / Histone, subunit A / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / : / Histone H2B signature. ...Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / Histone, subunit A / Histone, subunit A / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / : / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H2B / Histone H2A type 1 / Histone H4 / Histone H3.2 / NAD-dependent protein deacylase sirtuin-6
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Smirnova, E. / Bignon, E. / Schultz, P. / Papai, G. / Ben-Shem, A.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Other private フランス
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Binding to nucleosome poises human SIRT6 for histone H3 deacetylation.
著者: Ekaterina Smirnova / Emmanuelle Bignon / Patrick Schultz / Gabor Papai / Adam Ben Shem /
要旨: Sirtuin 6 (SIRT6) is an NAD-dependent histone H3 deacetylase that is prominently found associated with chromatin, attenuates transcriptionally active promoters and regulates DNA repair, metabolic ...Sirtuin 6 (SIRT6) is an NAD-dependent histone H3 deacetylase that is prominently found associated with chromatin, attenuates transcriptionally active promoters and regulates DNA repair, metabolic homeostasis and lifespan. Unlike other sirtuins, it has low affinity to free histone tails but demonstrates strong binding to nucleosomes. It is poorly understood how SIRT6 docking on nucleosomes stimulates its histone deacetylation activity. Here, we present the structure of human SIRT6 bound to a nucleosome determined by cryogenic electron microscopy. The zinc finger domain of SIRT6 associates tightly with the acidic patch of the nucleosome through multiple arginine anchors. The Rossmann fold domain binds to the terminus of the looser DNA half of the nucleosome, detaching two turns of the DNA from the histone octamer and placing the NAD binding pocket close to the DNA exit site. This domain shows flexibility with respect to the fixed zinc finger and moves with, but also relative to, the unwrapped DNA terminus. We apply molecular dynamics simulations of the histone tails in the nucleosome to show that in this mode of interaction, the active site of SIRT6 is perfectly poised to catalyze deacetylation of the H3 histone tail and that the partial unwrapping of the DNA allows even lysines close to the H3 core to reach the enzyme.
#1: ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Binding to nucleosome poises SIRT6 for histone H3 de-acetylation
著者: Smirnova, E. / Bignon, E. / Schultz, P. / Papai, G. / Ben-Shem, A.
履歴
登録2023年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / em_3d_fitting_list
Item: _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone H3.2
B: Histone H4
C: Histone H2A type 1
D: Histone H2B
E: Histone H3.2
F: Histone H4
G: Histone H2A type 1
H: Histone H2B
I: DNA (145-MER)
J: DNA (145-MER)
L: NAD-dependent protein deacylase sirtuin-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,53512
ポリマ－238,46911
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 5種, 9分子 AEBFCGDHL

#1: タンパク質 Histone H3.2


分子量: 15421.101 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84233
#2: タンパク質 Histone H4


分子量: 11394.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62799
#3: タンパク質 Histone H2A type 1


分子量: 14093.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06897
#4: タンパク質 Histone H2B


分子量: 13979.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: LOC108704303 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8J0U496
#7: タンパク質 NAD-dependent protein deacylase sirtuin-6 / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-6 / Protein mono-ADP-ribosyltransferase sirtuin-6 / ...NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-6 / Protein mono-ADP-ribosyltransferase sirtuin-6 / Regulatory protein SIR2 homolog 6 / hSIRT6 / SIR2-like protein 6


分子量: 39180.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT6, SIR2L6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8N6T7, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの, protein acetyllysine N-acetyltransferase, 転移酵素; ...参照: UniProt: Q8N6T7, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの, protein acetyllysine N-acetyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの

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DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#5: DNA鎖 DNA (145-MER)


分子量: 44520.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#6: DNA鎖 DNA (145-MER)


分子量: 44991.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 1種, 1分子

#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Human Sirtuin 6 in complex with the nucleosomeCOMPLEX#1-#70RECOMBINANT
2SIRT6COMPLEX#71RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
22
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Xenopus laevis (アフリカツメガエル)8355
32Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Escherichia coli (大腸菌)562
32Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
EM imaging

加速電圧: 300 kV / C2レンズ絞り径: 50 µm / 凍結剤: NITROGEN / 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 照射モード: FLOOD BEAM / モデル: TFS KRIOS / モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER / Specimen-ID: 1

IDアライメント法Cs (mm)倍率（公称値） (X)
1COMA FREE2.7270000
2ZEMLIN TABLEAU0.01180000
撮影
IDImaging-ID電子線照射量 (e/Å2)フィルム・検出器のモデル
1150FEI FALCON IV (4k x 4k)
2255GATAN K3 (6k x 4k)
電子光学装置
エネルギーフィルター名称IDImaging-IDエネルギーフィルタースリット幅 (eV)
TFS Selectris X1110
GIF Quantum LS2220

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリImaging-ID
1crYOLO粒子像選択
3EPU画像取得1
5cryoSPARCCTF補正
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
11cryoSPARC初期オイラー角割当
13cryoSPARC最終オイラー角割当
15RELION分類
17cryoSPARC３次元再構成
19PHENIXモデル精密化
20ISOLDEモデル精密化
21SerialEM画像取得2
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2033169
3次元再構成解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 439796 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
13LZ0

3lz0

13LZ01PDBexperimental model
25X16

5x16

15X162PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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