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- PDB-8of1: Structure of ALDH5F1 from moss Physcomitrium patens in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8of1
タイトルStructure of ALDH5F1 from moss Physcomitrium patens in complex with NAD+ in the contracted conformation
要素Succinate-semialdehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / NAD+ binding / Succinate-semialdehyde dehydrogenase / ALDH5
機能・相同性
機能・相同性情報


succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD+) / succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD+) activity / gamma-aminobutyric acid catabolic process / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Succinate semialdehyde dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Succinate-semialdehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Physcomitrium patens (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Morera, S. / Kopecny, D. / Vigouroux, A.
資金援助 チェコ, 3件
組織認可番号国
Czech Science Foundation21-07661S チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicCZ.02.1.01/0.0/0.0/16_019/0000827 チェコ
Palacky University in OlomoucJG_2020_001 チェコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A study on abiotic stress responses of aldehyde dehydrogenase (ALDH) superfamilies in moss and barley focused on members linked to the GABA shunt pathway
著者: Kopecny, D.J. / Belicek, J. / Vigouroux, A. / Luptakova, E. / Koncitikova, R. / von Schwartzenberg, K. / Cavar Zeljkovic, S. / Supikova, k. / Gruz, J. / Valarik, m. / Bergougnoux, V. / ...著者: Kopecny, D.J. / Belicek, J. / Vigouroux, A. / Luptakova, E. / Koncitikova, R. / von Schwartzenberg, K. / Cavar Zeljkovic, S. / Supikova, k. / Gruz, J. / Valarik, m. / Bergougnoux, V. / Kopecny, D. / Morera, S. / Kopecna, M.
履歴
登録2023年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Succinate-semialdehyde dehydrogenase
B: Succinate-semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,31930
ポリマ－109,3772
非ポリマー3,94128
水13,313739
1
A: Succinate-semialdehyde dehydrogenase
B: Succinate-semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Succinate-semialdehyde dehydrogenase
B: Succinate-semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,63860
ポリマ－218,7554
非ポリマー7,88356
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_445x-y-1/3,-y-2/3,-z+1/31
Buried area37270 Å2
ΔGint-305 kcal/mol
Surface area61240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)212.505, 212.505, 186.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Succinate-semialdehyde dehydrogenase


分子量: 54688.727 Da / 分子数: 2 / 変異: None / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Physcomitrium patens (植物) / 遺伝子: PHYPA_030493
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A2K1ICJ7

-
非ポリマー , 6種, 767分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 739 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.84 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.7M LiSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→106.25 Å / Num. obs: 77952 / % possible obs: 53.4 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.81→106.25 Å / Rmerge(I) obs: 1.561 / Num. unique obs: 3898 / CC1/2: 0.838

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHASER位相決定
BUSTER精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.81→20.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU R Cruickshank DPI: 0.327 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.177 / SU Rfree Blow DPI: 0.145 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.143
詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH FULL OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1941 3989 5.12 %RANDOM
Rwork0.1722 ---
obs0.1733 77836 53.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6169 Å20 Å20 Å2
2--1.6169 Å20 Å2
3----3.2338 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→20.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7542 0 247 739 8528
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00915896HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0728842HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4775SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2475HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it15896HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.08
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1018SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14843SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.81→1.92 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2323 103 6.62 %
Rwork0.2267 1454 -
all0.2271 1557 -
obs--6.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.24430.1222-0.07430.2543-0.11220.780.08970.03460.12970.03130.0480.0917-0.2453-0.2249-0.1377-0.0450.08320.0332-0.02010.0423-0.075-35.062-42.65230.668
20.286-0.09860.0710.3531-0.07260.72210.06160.1280.0831-0.0914-0.0644-0.1392-0.0660.33120.0027-0.1009-0.04320.04730.1260.0213-0.12855.316-55.32812.998
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|-12-492 }A-12 - 492
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|501-504 }A501 - 504
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|-9-492 }B-9 - 492
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|501-503 }B501 - 503

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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