PDB-8oem: Crystal structure of FutA bound to Fe(II)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oem

タイトル

Crystal structure of FutA bound to Fe(II)

要素

Putative iron ABC transporter, substrate binding protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Periplasmic iron-binding protein / metal ion binding / iron homeostasis

機能・相同性

Bacterial extracellular solute-binding protein / Ferric binding protein / iron ion transport / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding / : / Putative iron ABC transporter, substrate binding protein

機能・相同性情報

生物種

Prochlorococcus marinus subsp. pastoris str. CCMP1986 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Bolton, R. / Tews, I.

資金援助

2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: A redox switch allows binding of Fe(II) and Fe(III) ions in the cyanobacterial iron-binding protein FutA from Prochlorococcus.
著者: Bolton, R. / Machelett, M.M. / Stubbs, J. / Axford, D. / Caramello, N. / Catapano, L. / Maly, M. / Rodrigues, M.J. / Cordery, C. / Tizzard, G.J. / MacMillan, F. / Engilberge, S. / von ...

履歴

登録	2023年3月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oem.cif.gz	83.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oem.ent.gz	58.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oem.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8oem_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8oem_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8oem_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	8oem_validation.cif.gz	19.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/8oem ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/8oem	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8c4yC 8oeiC 8oggC 8rk1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative iron ABC transporter, substrate binding protein

ヘテロ分子

35.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.361, 78.011, 47.994
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.226, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Putative iron ABC transporter, substrate binding protein 分子量: 35219.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Prochlorococcus marinus subsp. pastoris str. CCMP1986 (バクテリア) 遺伝子: futA,sfuA, idiA, PMM1164 / プラスミド: pET- 24b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7V0T9
#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.72 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: batch mode 詳細: Purified protein and crystallisation buffer were mixed at a 1:1 ratio. Crystallisation buffer was 20% PEG 3350, 200 mM sodium thiocyanate.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 294 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→47.5 Å / Num. obs: 30881 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 65.4 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.053 / R_pim(I) all: 0.009 / R_rim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 71.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
9-47.5	56.7	0.026	175.1	232	1	0.005	0.026	99.8
1.7-1.73	42.1	0.403	11.6	1369	0.986	0.085	0.412	83.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→47.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 1.752 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.095 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1804	1588	5.148 %
R_work	0.1532	29259	-
all	0.155	-	-
obs	-	30847	97.67 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.081 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.013 Å²	0 Å²	-0.217 Å²
2-	-	0.464 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.398 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2464	0	1	117	2582

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2613
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2561
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.879	1.642	3539
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.516	1.59	5915
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.054	5	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.871	22.901	131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.341	15	495
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.149	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	345
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3019
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	605
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	533
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	2301
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1251
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.086	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.09	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.167	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.218	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.001	1.651	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.994	1.652	1309
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.711	2.475	1658
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.711	2.475	1659
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.657	2.16	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.655	2.16	1303
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.735	3.022	1881
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.734	3.022	1882
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.702	20.155	2932
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.708	20.074	2914

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.744	0.262	103	0.201	1852	X-RAY DIFFRACTION	85.111
1.744-1.792	0.227	108	0.176	2040	X-RAY DIFFRACTION	93.6764
1.792-1.844	0.167	125	0.153	2046	X-RAY DIFFRACTION	98.6818
1.844-1.901	0.211	93	0.157	1998	X-RAY DIFFRACTION	97.2106
1.901-1.963	0.218	103	0.162	1905	X-RAY DIFFRACTION	97.9512
1.963-2.032	0.192	103	0.159	1883	X-RAY DIFFRACTION	99.1018
2.032-2.108	0.183	95	0.148	1803	X-RAY DIFFRACTION	98.342
2.108-2.194	0.182	83	0.162	1792	X-RAY DIFFRACTION	98.6842
2.194-2.292	0.18	96	0.154	1692	X-RAY DIFFRACTION	99.7211
2.292-2.404	0.18	80	0.154	1621	X-RAY DIFFRACTION	99.4737
2.404-2.533	0.205	78	0.16	1544	X-RAY DIFFRACTION	99.5092
2.533-2.687	0.194	78	0.169	1455	X-RAY DIFFRACTION	99.7398
2.687-2.872	0.176	79	0.169	1382	X-RAY DIFFRACTION	100
2.872-3.102	0.243	68	0.164	1269	X-RAY DIFFRACTION	100
3.102-3.398	0.17	76	0.161	1188	X-RAY DIFFRACTION	100
3.398-3.798	0.182	62	0.146	1063	X-RAY DIFFRACTION	100
3.798-4.383	0.119	44	0.12	969	X-RAY DIFFRACTION	100
4.383-5.364	0.118	44	0.119	793	X-RAY DIFFRACTION	100
5.364-7.569	0.183	48	0.15	613	X-RAY DIFFRACTION	100
7.569-47.5	0.162	22	0.144	351	X-RAY DIFFRACTION	97.9003

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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