- PDB-8oe5: Structure of P167S BlaC from Mycobacterium tuberculosis at pH 6.3 -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 8oe5
タイトル
Structure of P167S BlaC from Mycobacterium tuberculosis at pH 6.3
要素
Beta-lactamase
キーワード
HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報
: / : / beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase/transpeptidase-like 類似検索 - ドメイン・相同性
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.8→53.64 Å / Num. obs: 39659 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル
解像度: 1.8→1.84 Å / Num. unique obs: 2372 / CC1/2: 0.864 / % possible all: 94.9
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.8.0403
精密化
DIALS
データ削減
Aimless
データスケーリング
MOLREP
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→38.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 2.871 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.18724
1349
3.4 %
RANDOM
Rwork
0.15918
-
-
-
obs
0.16032
38298
95.98 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK