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万見
- PDB-8khn: Crystal structure of human methionine aminopeptidase 12 (MAP12) i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8khn
タイトルCrystal structure of human methionine aminopeptidase 12 (MAP12) in complex with two cobalt ions
要素Methionine aminopeptidase 1D, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / Methionine aminopeptidase / Metal-activated proteases / Mitochondrial-targeted protein
機能・相同性
機能・相同性情報


N-terminal protein amino acid modification / peptidyl-methionine modification / initiator methionyl aminopeptidase activity / methionyl aminopeptidase / metalloexopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / mitochondrion / proteolysis / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methionine aminopeptidase subfamily 1 signature. / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 1 / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / TRIETHYLENE GLYCOL / Methionine aminopeptidase 1D, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Lee, Y. / Lee, E. / Hahn, H. / Kim, H. / Heo, Y. / Jang, D.M. / Kim, H.J. / Kim, H.S.
資金援助 韓国, 5件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2023-00207997 韓国
Other governmentICR-21-05
Other governmentICR-22-05
Other privateNCC-2210390
Other privateNCC-2210730
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Structural insights into N-terminal methionine cleavage by the human mitochondrial methionine aminopeptidase, MetAP1D.
著者: Lee, Y. / Kim, H. / Lee, E. / Hahn, H. / Heo, Y. / Jang, D.M. / Kwak, K. / Kim, H.J. / Kim, H.S.
履歴
登録2023年8月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine aminopeptidase 1D, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6534
ポリマ－34,3851
非ポリマー2683
水5,729318
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area280 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area12220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.916, 80.978, 49.033
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.21, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Methionine aminopeptidase 1D, mitochondrial / MAP 1D / MetAP 1D / Methionyl aminopeptidase type 1D / mitochondrial / Peptidase M 1D


分子量: 34384.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METAP1D, MAP1D / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6UB28, methionyl aminopeptidase
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.76 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M HEPES pH 7.2, 0.1M Carboxylic acids, 17% (v/v) MPD, 17% (w/v) PEG 1000, 17% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97957 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→27.35 Å / Num. obs: 46575 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 8.61
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.51-1.60.92273480.6791.0711
1.6-1.710.6171000.8360.7081
1.71-1.850.36165800.9270.4211
1.85-2.030.20261260.9760.2381
2.03-2.260.13154990.9880.1521
2.26-2.610.0948800.9920.1051
2.61-3.190.0640950.9950.0711
3.19-4.480.04331210.9960.0511
4.48-27.350.03518260.9970.0421

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.51→27.35 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2136 2266 4.87 %
Rwork0.1926 --
obs0.1936 46567 98.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→27.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2210 0 12 318 2540
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072299
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8853135
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.957314
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061350
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007414
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.51-1.540.37361320.38532541X-RAY DIFFRACTION92
1.54-1.580.41431380.35592828X-RAY DIFFRACTION100
1.58-1.620.3371450.31742763X-RAY DIFFRACTION100
1.62-1.660.30331440.30162804X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.710.30021390.27122779X-RAY DIFFRACTION100
1.71-1.770.30011520.24432782X-RAY DIFFRACTION100
1.77-1.830.25461620.22692750X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.90.25481450.21632761X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.990.21271210.19452824X-RAY DIFFRACTION99
1.99-2.10.21331500.1782784X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.230.21061350.17412790X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.40.20941400.17772780X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.640.23291230.18522815X-RAY DIFFRACTION100
2.64-3.020.21761500.17032779X-RAY DIFFRACTION99
3.02-3.80.15391370.15982704X-RAY DIFFRACTION96
3.81-27.350.16281530.15982817X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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