PDB-8kgw: Molecular mechanism of prostaglandin transporter SLCO2A1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8kgw

タイトル

Molecular mechanism of prostaglandin transporter SLCO2A1

要素

Solute carrier organic anion transporter family member 2A1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / SLCO family

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective SLCO2A1 causes primary, autosomal recessive hypertrophic osteoarthropathy 2 (PHOAR2) / Transport of organic anions / sodium-independent organic anion transport / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / prostaglandin transport / prostaglandin transmembrane transporter activity / lipid transporter activity / lipid transport / basal plasma membrane / basolateral plasma membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å

データ登録者

Li, Y.H. / Qu, Q.H. / Zhu, Z.N. / Chao, Y.L. / Zhou, Z.X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular mechanism of prostaglandin transporter SLCO2A1
著者: Li, Y.H. / Qu, Q.H.

履歴

登録	2023年8月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年9月4日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年9月4日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年9月4日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年9月4日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年9月4日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年9月4日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年9月4日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年9月4日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年9月4日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 2.0	2025年7月2日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Data processing / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_site / em_3d_reconstruction ...atom_site / em_3d_reconstruction / em_admin / em_imaging / em_software / pdbx_contact_author / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_torsion / refine_ls_restr / struct_conf / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _em_3d_reconstruction.num_particles / _em_3d_reconstruction.resolution / _em_admin.last_update / _em_imaging.microscope_model / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 / _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id / _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine_ls_restr.dev_ideal / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_sheet_order.range_id_1 / _struct_sheet_order.range_id_2 / _struct_sheet_order.sheet_id 解説: Ligand geometry / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 1.1	2025年7月2日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata Group: Data collection / Data processing / Experimental summary Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata カテゴリ: em_3d_reconstruction / em_admin ...em_3d_reconstruction / em_admin / em_imaging / em_software Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata Item: _em_3d_reconstruction.num_particles / _em_3d_reconstruction.resolution ..._em_3d_reconstruction.num_particles / _em_3d_reconstruction.resolution / _em_admin.last_update / _em_imaging.microscope_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8kgw.cif.gz	104.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8kgw.ent.gz	76.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8kgw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8kgw_validation.pdf.gz	433.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8kgw_full_validation.pdf.gz	437.3 KB	表示
XML形式データ	8kgw_validation.xml.gz	11.7 KB	表示
CIF形式データ	8kgw_validation.cif.gz	18 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/8kgw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/8kgw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	37234MC 37222C 37233C 8kgiC 8kgvC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (3) #46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (3) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (3) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (3) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (3)
#46 - 2003年10月
トリプシン (Trypsin)
類似性 (3)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (3)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (3)
#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Solute carrier organic anion transporter family member 2A1

ヘテロ分子

70.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Solute carrier organic anion transporter family member 2A1 / SLCO2A1 / OATP2A1 / PHOAR2 / Prostaglandin transporter / PGT / Solute carrier family 21 member 2 / SLC21A2 分子量: 70103.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLCO2A1, OATP2A1, SLC21A2 発現宿主: Mammalian expression vector EGFP-MCS-pcDNA3.1 (その他) 参照: UniProt: Q92959
#2: 化合物	ChemComp-P2E / (Z)-7-[(1R,2R,3R)-3-hydroxy-2-[(E,3S)-3-hydroxyoct-1-enyl]-5-oxo-cyclopentyl]hept-5-enoic acid / Prostaglandin E2 / プロスタグランジンE₂ 分子量: 352.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Membrane Protein sample / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Mammalian expression vector Flag-EGFP-MCS-pcDNA3.1 (その他)
緩衝液	pH: 7.3
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC		粒子像選択
2	PHENIX	1.19.2_4158:	モデル精密化
13	cryoSPARC		３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 295880 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	4138
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.583	5630
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	7.033	574
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.042	661
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	699

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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