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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8kg8 | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Yeast replisome in state II | |||||||||||||||||||||||||||
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![]() | REPLICATION / replisome / complex / DNA replication | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() establishment of sister chromatid cohesion / DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / gene conversion / Unwinding of DNA / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state ...establishment of sister chromatid cohesion / DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / gene conversion / Unwinding of DNA / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / MCM complex binding / GINS complex / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / nuclear DNA replication / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / premeiotic DNA replication / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / mitotic DNA replication / SUMO binding / Activation of the pre-replicative complex / CMG complex / nuclear pre-replicative complex / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / MCM complex / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic DNA replication checkpoint signaling / replication fork protection complex / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication initiation / single-stranded DNA helicase activity / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / silent mating-type cassette heterochromatin formation / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / mitotic sister chromatid cohesion / DNA replication proofreading / DNA strand elongation involved in DNA replication / nuclear chromosome / DNA unwinding involved in DNA replication / leading strand elongation / nuclear replication fork / DNA replication origin binding / Dual incision in TC-NER / DNA replication initiation / subtelomeric heterochromatin formation / error-prone translesion synthesis / DNA helicase activity / base-excision repair, gap-filling / replication fork / helicase activity / transcription elongation by RNA polymerase II / base-excision repair / heterochromatin formation / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / nucleosome assembly / mitotic cell cycle / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / double-stranded DNA binding / DNA helicase / chromosome, telomeric region / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / nucleotide binding / mRNA binding / DNA damage response / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.23 Å | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | Dang, S. / Zhai, Y. / Feng, J. / Yu, D. / Xu, Z. | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Synergism between CMG helicase and leading strand DNA polymerase at replication fork. 著者: Zhichun Xu / Jianrong Feng / Daqi Yu / Yunjing Huo / Xiaohui Ma / Wai Hei Lam / Zheng Liu / Xiang David Li / Toyotaka Ishibashi / Shangyu Dang / Yuanliang Zhai / ![]() 要旨: The replisome that replicates the eukaryotic genome consists of at least three engines: the Cdc45-MCM-GINS (CMG) helicase that separates duplex DNA at the replication fork and two DNA polymerases, ...The replisome that replicates the eukaryotic genome consists of at least three engines: the Cdc45-MCM-GINS (CMG) helicase that separates duplex DNA at the replication fork and two DNA polymerases, one on each strand, that replicate the unwound DNA. Here, we determined a series of cryo-electron microscopy structures of a yeast replisome comprising CMG, leading-strand polymerase Polε and three accessory factors on a forked DNA. In these structures, Polε engages or disengages with the motor domains of the CMG by occupying two alternative positions, which closely correlate with the rotational movement of the single-stranded DNA around the MCM pore. During this process, the polymerase remains stably coupled to the helicase using Psf1 as a hinge. This synergism is modulated by a concerted rearrangement of ATPase sites to drive DNA translocation. The Polε-MCM coupling is not only required for CMG formation to initiate DNA replication but also facilitates the leading-strand DNA synthesis mediated by Polε. Our study elucidates a mechanism intrinsic to the replisome that coordinates the activities of CMG and Polε to negotiate any roadblocks, DNA damage, and epigenetic marks encountered during translocation along replication forks. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 37213MC ![]() 8kg6C ![]() 8kg9C ![]() 8w7mC ![]() 8w7sC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA replication licensing factor ... , 5種, 5分子 23467
#1: タンパク質 | 分子量: 98911.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM2 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 107653.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM3 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 105138.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM4 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 113110.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM6 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 95049.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM7 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-タンパク質 , 3種, 5分子 5EFGH
#4: タンパク質 | 分子量: 86505.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM5 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#11: タンパク質 | 分子量: 74324.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CDC45 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#12: タンパク質 | 分子量: 104543.391 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CTF4 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-DNA replication complex GINS protein ... , 4種, 4分子 ABCD
#7: タンパク質 | 分子量: 24230.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PSF1 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#8: タンパク質 | 分子量: 25096.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PSF2 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 21977.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PSF3 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 33983.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SLD5 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#13: DNA鎖 | 分子量: 22138.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#14: DNA鎖 | 分子量: 18524.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
-DNA polymerase epsilon ... , 2種, 2分子 MN
#15: タンパク質 | 分子量: 255992.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: POL2 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#16: タンパク質 | 分子量: 78425.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DPB2 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 17分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/AGS.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/AGS.gif)
#17: 化合物 | ChemComp-ZN / #18: 化合物 | #19: 化合物 | ChemComp-MG / #20: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: replisome complex in state II / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#16 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 1.70 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.6 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K 詳細: blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 4.5 sec. / 電子線照射量: 53 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 21776 詳細: Images were collected in movie-mode containing 40 frames. |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 5760 / 縦: 4092 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 147795 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6SKL Accession code: 6SKL / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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