[日本語] English
万見
- PDB-8w7s: Yeast replisome in state IV -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w7s
タイトルYeast replisome in state IV
要素
  • (DNA polymerase ...) x 2
  • (DNA replication complex GINS protein ...) x 4
  • (DNA replication licensing factor ...) x 5
  • Cell division control protein 45
  • DNA (71-mer)
  • Minichromosome maintenance protein 5
キーワードREPLICATION / replisome / complex / DNA replication
機能・相同性
機能・相同性情報


: / establishment of sister chromatid cohesion / DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / Unwinding of DNA / replication fork protection complex / DNA replication initiation / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / epsilon DNA polymerase complex / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex ...: / establishment of sister chromatid cohesion / DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / Unwinding of DNA / replication fork protection complex / DNA replication initiation / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / epsilon DNA polymerase complex / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / nuclear DNA replication / MCM complex binding / premeiotic DNA replication / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / CMG complex / nuclear pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / single-stranded DNA helicase activity / MCM complex / mitotic DNA replication initiation / mitotic DNA replication / silent mating-type cassette heterochromatin formation / mitotic sister chromatid cohesion / double-strand break repair via break-induced replication / DNA strand elongation involved in DNA replication / nuclear chromosome / nuclear replication fork / DNA replication origin binding / Dual incision in TC-NER / subtelomeric heterochromatin formation / error-prone translesion synthesis / DNA replication initiation / 3'-5' DNA helicase activity / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / helicase activity / replication fork / DNA helicase activity / transcription elongation by RNA polymerase II / DNA-templated DNA replication / mitotic cell cycle / nucleosome assembly / peroxisome / single-stranded DNA binding / heterochromatin formation / DNA helicase / DNA replication / chromosome, telomeric region / hydrolase activity / DNA repair / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / metal ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase epsilon, subunit B / : / : / DNA polymerase alpha-binding protein Ctf4, C-terminal domain / DNA polymerase epsilon subunit 2-like, OB-fold domain / Minichromosome loss protein Mcl1, middle region / Minichromosome loss protein, Mcl1, middle region / : / PSF2 N-terminal domain / : ...DNA polymerase epsilon, subunit B / : / : / DNA polymerase alpha-binding protein Ctf4, C-terminal domain / DNA polymerase epsilon subunit 2-like, OB-fold domain / Minichromosome loss protein Mcl1, middle region / Minichromosome loss protein, Mcl1, middle region / : / PSF2 N-terminal domain / : / : / PSF3 N-terminal domain / PSF1 C-terminal domain / DNA replication complex GINS protein Psf2 / GINS complex, subunit Psf3 / CDC45 family / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain / CDC45 / DNA replication complex GINS protein SLD5 C-terminus / GINS complex subunit Sld5 / GINS subunit, domain A / GINS complex protein helical bundle domain / GINS complex, subunit Psf1 / GINS, helical bundle-like domain superfamily / : / MCM3 winged helix domain / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / : / MCM5, C-terminal domain / DNA replication licensing factor MCM7, winged helix / DNA replication licensing factor Mcm5 / MCM4, winged helix domain / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / DNA replication licensing factor Mcm3 / : / MCM3-like, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family C-terminal AAA(+) ATPase domain (MCM-CTD) profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA replication licensing factor MCM2 / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA polymerase epsilon subunit B / Minichromosome maintenance protein 5 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication licensing factor MCM6 ...DNA / DNA (> 10) / DNA replication licensing factor MCM2 / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA polymerase epsilon subunit B / Minichromosome maintenance protein 5 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication licensing factor MCM6 / DNA polymerase alpha-binding protein / DNA replication complex GINS protein SLD5 / Cell division control protein 45 / DNA replication complex GINS protein PSF3 / DNA replication complex GINS protein PSF1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.39 Å
データ登録者Dang, S. / Zhai, Y. / Feng, J. / Yu, D.
資金援助 香港, 8件
組織認可番号国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)GRF16104617 香港
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)GRF16103918 香港
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)GRF17112119 香港
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)GRF17101720 香港
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)C7028-19GF 香港
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)C7009-20GF 香港
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)ECS26101919 香港
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)GRF16103321 香港
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Synergism between CMG helicase and leading strand DNA polymerase at replication fork.
著者: Zhichun Xu / Jianrong Feng / Daqi Yu / Yunjing Huo / Xiaohui Ma / Wai Hei Lam / Zheng Liu / Xiang David Li / Toyotaka Ishibashi / Shangyu Dang / Yuanliang Zhai /
要旨: The replisome that replicates the eukaryotic genome consists of at least three engines: the Cdc45-MCM-GINS (CMG) helicase that separates duplex DNA at the replication fork and two DNA polymerases, ...The replisome that replicates the eukaryotic genome consists of at least three engines: the Cdc45-MCM-GINS (CMG) helicase that separates duplex DNA at the replication fork and two DNA polymerases, one on each strand, that replicate the unwound DNA. Here, we determined a series of cryo-electron microscopy structures of a yeast replisome comprising CMG, leading-strand polymerase Polε and three accessory factors on a forked DNA. In these structures, Polε engages or disengages with the motor domains of the CMG by occupying two alternative positions, which closely correlate with the rotational movement of the single-stranded DNA around the MCM pore. During this process, the polymerase remains stably coupled to the helicase using Psf1 as a hinge. This synergism is modulated by a concerted rearrangement of ATPase sites to drive DNA translocation. The Polε-MCM coupling is not only required for CMG formation to initiate DNA replication but also facilitates the leading-strand DNA synthesis mediated by Polε. Our study elucidates a mechanism intrinsic to the replisome that coordinates the activities of CMG and Polε to negotiate any roadblocks, DNA damage, and epigenetic marks encountered during translocation along replication forks.
履歴
登録2023年8月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
2: DNA replication licensing factor MCM2
3: DNA replication licensing factor MCM3
4: DNA replication licensing factor MCM4
5: Minichromosome maintenance protein 5
6: DNA replication licensing factor MCM6
7: DNA replication licensing factor MCM7
A: DNA replication complex GINS protein PSF1
B: DNA replication complex GINS protein PSF2
C: DNA replication complex GINS protein PSF3
D: DNA replication complex GINS protein SLD5
E: Cell division control protein 45
F: DNA polymerase alpha-binding protein
G: DNA polymerase alpha-binding protein
H: DNA polymerase alpha-binding protein
I: DNA (71-mer)
N: DNA polymerase epsilon subunit B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,200,17616
ポリマ－1,200,17616
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
DNA replication licensing factor ... , 5種, 5分子 23467

#1: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM2


分子量: 98911.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM2 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q1S9
#2: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM3 / Minichromosome maintenance protein 3


分子量: 107653.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM3 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P24279, DNA helicase
#3: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM4 / Cell division control protein 54


分子量: 105138.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM4 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30665, DNA helicase
#5: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM6 / Minichromosome maintenance protein 6


分子量: 113110.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM6 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53091, DNA helicase
#6: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM7 / Cell division control protein 47 / Minichromosome maintenance protein 7


分子量: 95049.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM7 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38132, DNA helicase

-
タンパク質 , 2種, 2分子 5E

#4: タンパク質 Minichromosome maintenance protein 5 / Cell division control protein 46


分子量: 86505.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM5 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P29496, DNA helicase
#11: タンパク質 Cell division control protein 45


分子量: 74324.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CDC45 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q08032

-
DNA replication complex GINS protein ... , 4種, 4分子 ABCD

#7: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF1


分子量: 24230.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PSF1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12488
#8: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF2


分子量: 25096.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PSF2 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40359
#9: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF3


分子量: 21977.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PSF3 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12146
#10: タンパク質 DNA replication complex GINS protein SLD5


分子量: 33983.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SLD5 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03406

-
DNA polymerase ... , 2種, 4分子 FGHN

#12: タンパク質 DNA polymerase alpha-binding protein


分子量: 104543.391 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CTF4 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q01454
#14: タンパク質 DNA polymerase epsilon subunit B


分子量: 78425.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DPB2 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P24482

-
DNA鎖 , 1種, 1分子 I

#13: DNA鎖 DNA (71-mer)


分子量: 22138.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: replisome complex in state IV / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 1.70 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.6
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMsodium potassiumKCl1
225 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acidHEPES1
34 mMmagnesium chlorideMgCl21
40.5 mMAdenosine 5'-O-(3-thio)triphosphateATP-gamma-S1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K
詳細: blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging.

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4.5 sec. / 電子線照射量: 53 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 21776
詳細: Images were collected in movie-mode containing 40 frames.
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 5760 / 縦: 4092

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatchv0.56粒子像選択
2EPU2.10.0画像取得
4Gctfv1.18CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10Cootモデル精密化
11cryoSPARCv3.0.1初期オイラー角割当
12cryoSPARCv2.15.0初期オイラー角割当
13cryoSPARCv3.0.1最終オイラー角割当
14cryoSPARCv2.15.0最終オイラー角割当
16cryoSPARCv3.0.1３次元再構成
17cryoSPARCv2.15.0３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 7.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 7939 / アルゴリズム: EXACT BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6SKL

6skl


Accession code: 6SKL / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01151883
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.24970232
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.39619503
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.1198034
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0068949

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る