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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8kg4 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of M- and C-Domains of the shaft pilin LrpA from Ligilactobacillus ruminis - orthorhombic form | ||||||
要素 | LPXTG-motif cell wall anchor domain protein | ||||||
キーワード | CELL ADHESION / Backbone pilin / isopeptide bond / pili / gut bacteria / probiotic | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Ligilactobacillus ruminis ATCC 25644 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Prajapati, A. / Palva, A. / von Ossowski, I. / Krishnan, V. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2024 タイトル: The crystal structure of the N-terminal domain of the backbone pilin LrpA reveals a new closure-and-twist motion for assembling dynamic pili in Ligilactobacillus ruminis. 著者: Prajapati, A. / Palva, A. / von Ossowski, I. / Krishnan, V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8kg4.cif.gz | 121.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8kg4.ent.gz | 91.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8kg4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8kg4_validation.pdf.gz | 7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8kg4_full_validation.pdf.gz | 7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8kg4_validation.xml.gz | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8kg4_validation.cif.gz | 18.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/8kg4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/8kg4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 28740.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: A truncated form of Shaft pilin LrpA produced by limited proteolysis with subtilisin 由来: (組換発現) Ligilactobacillus ruminis ATCC 25644 (バクテリア) 遺伝子: HMPREF0542_11612 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: E7FRT5 |
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-非ポリマー , 5種, 207分子
#2: 化合物 | ChemComp-IOD / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.02 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 25% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9803 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9803 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→39.71 Å / Num. obs: 84143 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.223 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.779 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique obs: 4207 / CC1/2: 0.888 / Rpim(I) all: 0.292 / Rrim(I) all: 0.834 / % possible all: 94.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→39.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 1.115 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 8.752 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.2→39.71 Å
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拘束条件 |
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