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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8kfu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ZmMOC1 in complex with a nicked Holliday junction soaked in Mn2+ for 180 seconds | ||||||
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![]() | HYDROLASE / MOC1 / Holliday junction / Time-resolved crystallography | ||||||
機能・相同性 | Holliday junction resolvase MOC1-like / crossover junction DNA endonuclease activity / metal ion binding / : / DNA / DNA (> 10) / Holliday junction resolvase MOC1, chloroplastic![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, D. / Luo, Z. / Lin, Z. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: MOC1 cleaves Holliday junctions through a cooperative nick and counter-nick mechanism mediated by metal ions. 著者: Zhang, D. / Xu, S. / Luo, Z. / Lin, Z. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 134.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 84.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 462.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 462.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 17616.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 3種, 3分子 CDE
#2: DNA鎖 | 分子量: 10137.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 7665.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
#4: DNA鎖 | 分子量: 2426.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 3種, 205分子 ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-MN / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.01 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 詳細: 6% Isopropyl alcohol, 0.1 M Sodium acetate pH5.0, 35% Polyethylene glycol monomethyl ether 550 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 23115 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.971 / Rmerge(I) obs: 0.0903 / Net I/σ(I): 3.04 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.4078 / Mean I/σ(I) obs: 3.31 / Num. unique obs: 2739 / CC1/2: 0.6 / % possible all: 91 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.07 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→43.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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