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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8kfs | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ZmMOC1/nicked Holliday junction complex at ground state | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / MOC1 / Holliday Junction / Time-resolved crystallography | ||||||
機能・相同性 | Holliday junction resolvase MOC1-like / crossover junction DNA endonuclease activity / metal ion binding / DNA / DNA (> 10) / Holliday junction resolvase MOC1, chloroplastic 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Zea mays (トウモロコシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, D. / Luo, Z. / Lin, Z. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: MOC1 cleaves Holliday junctions through a cooperative nick and counter-nick mechanism mediated by metal ions. 著者: Zhang, D. / Xu, S. / Luo, Z. / Lin, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8kfs.cif.gz | 128.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8kfs.ent.gz | 81.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8kfs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8kfs_validation.pdf.gz | 459.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8kfs_full_validation.pdf.gz | 463.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8kfs_validation.xml.gz | 15.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8kfs_validation.cif.gz | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/8kfs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/8kfs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17616.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: 100192759 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4FCI7 #2: DNA鎖 | | 分子量: 10137.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Zea mays (トウモロコシ) #3: DNA鎖 | | 分子量: 7665.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Zea mays (トウモロコシ) #4: DNA鎖 | | 分子量: 2426.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Zea mays (トウモロコシ) #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 6% Isopropyl alcohol, 0.1 M Sodium acetate pH5.0, 35% Polyethylene glycol monomethyl ether 550 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 28620 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 38.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 13.02 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.763 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 5689 / CC1/2: 0.837 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6JRG 解像度: 2.15→19.51 Å / SU ML: 0.2741 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.64 / 位相誤差: 24.3234 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.23 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→19.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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