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- PDB-8kfo: Crystal structure of BSA in complex with B3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8kfo
タイトルCrystal structure of BSA in complex with B3
要素Albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Albumin dimer / photo-sensitizer
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / extracellular space / DNA binding ...cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / extracellular space / DNA binding / extracellular region / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Chen, X. / Ge, Y.H. / Yang, H. / Fang, B. / Li, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21807088 中国
引用ジャーナル: Biomaterials / 年: 2025
タイトル: Albumins constrainting the conformation of mitochondria-targeted photosensitizers for tumor-specific photodynamic therapy.
著者: Fang, B. / Bai, H. / Zhang, J. / Wang, L. / Li, P. / Ge, Y. / Yang, H. / Wang, H. / Peng, B. / Hu, W. / Ma, H. / Chen, X. / Fu, L. / Li, L.
履歴
登録2023年8月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年3月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Albumin
B: Albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,9017
ポリマ－138,7932
非ポリマー2,1085
水00
1
A: Albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2403
ポリマ－69,3961
非ポリマー8432
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6614
ポリマ－69,3961
非ポリマー1,2653
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)146.821, 45.714, 209.668
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.02, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 Albumin / BSA


分子量: 69396.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: ALB / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02769
#2: 化合物
ChemComp-OP6 / 6-[(~{E})-2-[1-[2-[2-(2-methoxyethoxy)ethoxy]ethyl]pyridin-1-ium-4-yl]ethenyl]-~{N},~{N}-dimethyl-naphthalen-2-amine


分子量: 421.552 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H33N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.99 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2M CaAC2, 22% PEG3350, 0.1M Tris pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→132.77 Å / Num. obs: 16194 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 3.6→3.94 Å / Rmerge(I) obs: 1.037 / Num. unique obs: 3830 / CC1/2: 0.722 / Rpim(I) all: 0.588 / Rrim(I) all: 1.12

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.16_3549: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.6→56.169 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3158 834 5.16 %
Rwork0.2761 --
obs0.2783 16176 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→56.169 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8702 0 155 0 8857
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0049044
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57512290
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.2655464
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0371380
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051620
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6003-3.82580.39211330.36092568X-RAY DIFFRACTION100
3.8258-4.12110.36551460.3322525X-RAY DIFFRACTION100
4.1211-4.53570.38381170.30882533X-RAY DIFFRACTION100
4.5357-5.19160.3521420.29972518X-RAY DIFFRACTION99
5.1916-6.53930.39231340.32562581X-RAY DIFFRACTION99
6.5393-56.1690.24941620.22232617X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.1432 Å / Origin y: 0.4134 Å / Origin z: -27.5063 Å
111213212223313233
T1.3601 Å20.0408 Å2-0.0016 Å2-0.9924 Å20.0595 Å2--1.3615 Å2
L1.2064 °2-0.1459 °20.7677 °2-1.0038 °20.0905 °2--1.001 °2
S-0.1683 Å °-0.3179 Å °0.1048 Å °0.189 Å °0.2299 Å °0.1514 Å °-0.1447 Å °-0.2739 Å °-0.0498 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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