PDB-8kfa: Cryo-EM structure of HSV-1 gB with D48 Fab complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8kfa

タイトル

Cryo-EM structure of HSV-1 gB with D48 Fab complex

要素

D48 heavy chain
D48 light chain
Envelope glycoprotein B

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HSV-1 gB / fab / neutralizing antibody / complex / Cryo-EM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell Golgi membrane / host cell endosome membrane / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å

データ登録者

Yang, J. / Sun, C. / Fang, X. / Zeng, M. / Liu, Z.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: hlife / 年: 2023
タイトル: The structure of HSV-1 gB bound to a potent neutralizing antibody reveals a conservative antigenic domain across herpesviruses
著者: Sun, C. / Yang, J.W. / Xie, C. / Fang, X.Y. / Bu, G.L. / Zhao, G.X. / Dai, D.L. / Liu, Z. / Zeng, M.S.

履歴

登録	2023年8月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年1月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8kfa.cif.gz	433.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8kfa.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8kfa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8kfa_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8kfa_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8kfa_validation.xml.gz	82.4 KB	表示
CIF形式データ	8kfa_validation.cif.gz	122.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/8kfa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/8kfa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	37203MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: D48 heavy chain

L: D48 light chain

A: Envelope glycoprotein B

D: D48 heavy chain

F: D48 light chain

B: Envelope glycoprotein B

E: D48 heavy chain

G: D48 light chain

C: Envelope glycoprotein B

356 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: 抗体	D48 heavy chain 分子量: 24742.861 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	D48 light chain 分子量: 23476.164 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質	Envelope glycoprotein B / gB 分子量: 70337.844 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human herpesvirus 1 (strain KOS) (ヘルペスウイルス) 遺伝子: gB, UL27 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06437

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: Cryo-EM structure of HSV-1 gB with D48 Fab complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT

由来(天然)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
2	1	Homo sapiens (ヒト)	9606
3	1	Human herpesvirus 1 (strain KOS) (ヘルペスウイルス)	10306

由来(組換発現)

生物種:

Homo sapiens (ヒト)

緩衝液

pH: 7.4

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

急速凍結

凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影	電子線照射量: 1.56 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 168888 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	19529
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.526	26563
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	4.025	2709
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.041	2901
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.003	3452

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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