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- PDB-8kdz: DENGUE 3 NS5 METHYLTRANSFERASE BOUND TO S-Adenosyl-L-homocysteine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8kdz
タイトルDENGUE 3 NS5 METHYLTRANSFERASE BOUND TO S-Adenosyl-L-homocysteine and Caffeic acid phenethyl ester
要素methyltransferase
キーワードVIRAL PROTEIN / Inhibitor / Methyltransferase / Dengue 3 / Antiviral
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QAP / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種dengue virus type 3 (デング熱ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Bhutkar, M. / Kumar, A. / Tomar, S. / Kumar, P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Indian Council of Medical Research インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Deciphering Antiviral Mechanisms of Herbacetin and Caffeic acid phenethyl ester against Chikungunya and Dengue virus, with insights into Dengue methyltransferase-CAPE crystal structure
著者: Bhutkar, M. / Kumar, A. / Tomar, S. / Kumar, P.
履歴
登録2023年8月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: methyltransferase
B: methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5536
ポリマ－64,2162
非ポリマー1,3374
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.648, 60.722, 184.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 7 - 262 / Label seq-ID: 26 - 281

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

#1: タンパク質 methyltransferase / Genome polyprotein


分子量: 32107.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) dengue virus type 3 (デング熱ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: C1KBQ3
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-QAP / 2-phenylethyl (2E)-3-(3,4-dihydroxyphenyl)prop-2-enoate / 3,4-ジヒドロキシけい皮酸フェネチル


分子量: 284.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H16O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4122386 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.041695 % / 解説: Square Shaped
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 8000 100 mM Tris 200 mM NaCl 20 mM Trisodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→23.056 Å / Num. obs: 108535 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6 % / Rrim(I) all: 0.188 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Num. unique obs: 18527 / Rrim(I) all: 0.421 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
CrysalisProデータ削減
CrysalisProデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4R8R

4r8r


解像度: 2.6→23.056 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.894 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.852 / SU B: 14.568 / SU ML: 0.305 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 2.222 / ESU R Free: 0.358 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2727 924 5.004 %
Rwork0.231 17543 -
all0.233 --
obs-108535 99.328 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 28.803 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.711 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.122 Å20 Å2
3---4.833 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→23.056 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4086 0 94 124 4304
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0124274
X-RAY DIFFRACTIONr_ext_dist_refined_d0.3370.168107
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5581.6525764
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8435510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.51620.545220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.25915784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6611538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023202
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.21941
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.22882
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.280.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2650.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5012.7422052
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4894.1092558
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1363.032222
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.324.4383206
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.097101.26470623
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1170.058368
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.117360.05008
12BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.117360.05008
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.6680.309570.3061276X-RAY DIFFRACTION98.8139
2.668-2.7410.405750.2981243X-RAY DIFFRACTION100
2.741-2.820.331600.2941198X-RAY DIFFRACTION99.9206
2.82-2.9070.333540.2651203X-RAY DIFFRACTION99.9205
2.907-3.0020.277780.2451110X-RAY DIFFRACTION100
3.002-3.1070.316560.2481106X-RAY DIFFRACTION100
3.107-3.2250.307570.261101X-RAY DIFFRACTION99.9137
3.225-3.3560.294390.2521031X-RAY DIFFRACTION99.8134
3.356-3.5060.287500.24988X-RAY DIFFRACTION99.8077
3.506-3.6770.243480.228957X-RAY DIFFRACTION99.7024
3.677-3.8750.327680.224902X-RAY DIFFRACTION99.897
3.875-4.110.176450.208851X-RAY DIFFRACTION99.4451
4.11-4.3940.231390.197823X-RAY DIFFRACTION98.74
4.394-4.7460.243330.187754X-RAY DIFFRACTION98.7453
4.746-5.1980.226450.188696X-RAY DIFFRACTION98.9319
5.198-5.8120.285410.224635X-RAY DIFFRACTION99.8523
5.812-6.7090.251230.226588X-RAY DIFFRACTION99.1883
6.709-8.2150.194230.194481X-RAY DIFFRACTION98.8235
8-100.271130.232205X-RAY DIFFRACTION83.5249
8.215-11.6060.19200.151395X-RAY DIFFRACTION97.8774

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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