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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8kde | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of an intermediate-state complex during the process of photosystem II repair | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS / monomeric Photosystem II / PSII repair | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosystem II repair / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / chlorophyll binding ...photosystem II repair / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / protein stabilization / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Li, A. / Wang, Y. / Liu, Z. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structural basis for an early stage of the photosystem II repair cycle in Chlamydomonas reinhardtii. 著者: Anjie Li / Tingting You / Xiaojie Pang / Yidi Wang / Lijin Tian / Xiaobo Li / Zhenfeng Liu / 要旨: Photosystem II (PSII) catalyzes water oxidation and plastoquinone reduction by utilizing light energy. It is highly susceptible to photodamage under high-light conditions and the damaged PSII needs ...Photosystem II (PSII) catalyzes water oxidation and plastoquinone reduction by utilizing light energy. It is highly susceptible to photodamage under high-light conditions and the damaged PSII needs to be restored through a process known as the PSII repair cycle. The detailed molecular mechanism underlying the PSII repair process remains mostly elusive. Here, we report biochemical and structural features of a PSII-repair intermediate complex, likely arrested at an early stage of the PSII repair process in the green alga Chlamydomonas reinhardtii. The complex contains three protein factors associated with a damaged PSII core, namely Thylakoid Enriched Factor 14 (TEF14), Photosystem II Repair Factor 1 (PRF1), and Photosystem II Repair Factor 2 (PRF2). TEF14, PRF1 and PRF2 may facilitate the release of the manganese-stabilizing protein PsbO, disassembly of peripheral light-harvesting complexes from PSII and blockage of the Q site, respectively. Moreover, an α-tocopherol quinone molecule is located adjacent to the heme group of cytochrome b, potentially fulfilling a photoprotective role by preventing the generation of reactive oxygen species. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8kde.cif.gz | 507 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8kde.ent.gz | 421.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8kde.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8kde_validation.pdf.gz | 3.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8kde_full_validation.pdf.gz | 3.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8kde_validation.xml.gz | 98.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8kde_validation.cif.gz | 132.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/8kde ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/8kde | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 37133MC 8zeeC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Photosystem II ... , 14種, 14分子 BDHIKLMTVZ3CA1
#1: タンパク質 | 分子量: 56089.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A0A218N8S0 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 39474.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: P06007, photosystem II |
#5: タンパク質 | 分子量: 9445.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: P22666 |
#6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4245.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: P59763 |
#7: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5062.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: P18263 |
#8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4431.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: P32974 |
#9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3762.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: P92277 |
#10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3639.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: P37256 |
#11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3333.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: P50370 |
#13: タンパク質 | 分子量: 6565.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: P92276 |
#15: タンパク質 | 分子量: 13340.966 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A0A2K3DWM2 |
#16: タンパク質 | 分子量: 50680.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: P10898 |
#17: タンパク質 | 分子量: 39066.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: P07753, photosystem II |
#18: タンパク質 | 分子量: 12002.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A8HNG8 |
-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 2分子 EF
#3: タンパク質 | 分子量: 9312.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: P48268 |
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#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4986.013 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: Q08363 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 XG
#12: タンパク質 | 分子量: 9894.716 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A8I846 |
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#14: タンパク質 | 分子量: 20601.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A8HY43 |
-糖 , 1種, 3分子
#27: 糖 |
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-非ポリマー , 11種, 69分子
#19: 化合物 | ChemComp-CLA / #20: 化合物 | ChemComp-BCR / #21: 化合物 | ChemComp-LMG / #22: 化合物 | ChemComp-LHG / #23: 化合物 | ChemComp-PL9 / | #24: 化合物 | #25: 化合物 | ChemComp-HEM / | #26: 化合物 | ChemComp-VTQ / | #28: 化合物 | ChemComp-SQD / | #29: 化合物 | ChemComp-BCT / | #30: 化合物 | ChemComp-FE2 / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of an intermediate-state complex during the process of photosystem II repair タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#18 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) Organelle: chloroplast |
緩衝液 | pH: 6.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 510932 / 対称性のタイプ: POINT |