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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8kd8 | ||||||
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タイトル | N(5)-hydroxyornithine:cis-anhydromevalonyl coenzyme A-N(5)-transacylase sidF N-terminal domain | ||||||
要素 | N(5)-hydroxyornithine:cis-anhydromevalonyl coenzyme A-N(5)-transacylase sidF | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / GNAT / SidF / Aspergillus fumigatus / siderophore / acetyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N',N'',N'''-triacetylfusarinine C biosynthetic process / N-acyltransferase activity / siderophore biosynthetic process / ergosterol biosynthetic process / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aspergillus fumigatus (カビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.581 Å | ||||||
データ登録者 | Poonsiri, T. / Demitri, N. / Benini, S. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: N(5)-hydroxyornithine:cis-anhydromevalonyl coenzyme A-N(5)-transacylase sidF N-terminal domain 著者: Poonsiri, T. / Demitri, N. / Benini, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8kd8.cif.gz | 81.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8kd8.ent.gz | 59.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8kd8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8kd8_validation.pdf.gz | 431.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8kd8_full_validation.pdf.gz | 432.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8kd8_validation.xml.gz | 8.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8kd8_validation.cif.gz | 11.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/8kd8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/8kd8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22325.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (strain ATCC MYA-4609 / CBS 101355 / FGSC A1100 / Af293) (カビ) 遺伝子: sidF, AFUA_3G03400 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q4WF55, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.14 % / 解説: Rod shape |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: batch mode 詳細: 0.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 20% w/v polyethylene glycol 3350, cryoprotected with 40% Morpheus precipitant mix 3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.58→29.438 Å / Num. obs: 7832 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 49.5 Å2 / CC1/2: 0.998 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 4.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.58→2.7 Å / 冗長度: 12.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique obs: 927 / CC1/2: 0.942 / Χ2: 0.8 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.581→29.438 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 8.651 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.402 / ESU R Free: 0.27 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.123 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.581→29.438 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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