PDB-8kd0: Crystal structure of SAR11_0769 from 'Candidatus Pelagibacter ubi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8kd0

タイトル

Crystal structure of SAR11_0769 from 'Candidatus Pelagibacter ubique' HTCC1062 bound to a co-purified ligand, beta-galactopyranose

要素

Probable binding protein component of ABC sugar transporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / glucose transporter / periplasmic binding protein / solute-binding protein

機能・相同性

: / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / periplasmic space / beta-D-galactopyranose / Probable sugar-binding periplasmic protein

機能・相同性情報

生物種

Candidatus Pelagibacter ubique HTCC1062 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.675 Å

データ登録者

Clifton, B.E. / Laurino, P.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: The ultra-high affinity transport proteins of ubiquitous marine bacteria.
著者: Clifton, B.E. / Alcolombri, U. / Uechi, G.I. / Jackson, C.J. / Laurino, P.

履歴

登録	2023年8月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年9月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8kd0.cif.gz	212.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8kd0.ent.gz	129.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8kd0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8kd0_validation.pdf.gz	794.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8kd0_full_validation.pdf.gz	795.2 KB	表示
XML形式データ	8kd0_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	8kd0_validation.cif.gz	22.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/8kd0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/8kd0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8hqqSC 8hqrC 8wchC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (2) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (2) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (1)
#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (2)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (2)
#243 - 2020年3月
電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Probable binding protein component of ABC sugar transporter

ヘテロ分子

45.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.879, 43.879, 328.555
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質

Probable binding protein component of ABC sugar transporter

分子量: 44926.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Candidatus Pelagibacter ubique HTCC1062 (バクテリア)
株: HTCC1062 / 遺伝子: SAR11_0769 / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle T7 Express / 参照: UniProt: Q4FMK2

#2: 糖

ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGalpb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
b-D-galactopyranose	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-Galp	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Gal	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 20% (v/v) 2-propanol, 0.1 M MES pH 6.5, 23% (w/v) PEG 1500. 1.2 uL protein + 1.2 uL precipitant.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.67→46.936 Å / Num. obs: 43960 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.2 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.135 / R_rim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 11.08
反射シェル	解像度: 1.67→1.78 Å / 冗長度: 11.37 % / R_merge(I) obs: 1.608 / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / Num. unique obs: 6771 / CC_1/2: 0.864 / R_rim(I) all: 1.683 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS	Jun 30, 2023	データ削減
XDS	Jun 30, 2023	データスケーリング
MOLREP	11.9.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8HQQ

8hqq

解像度: 1.675→38.029 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / WR_factor R_free: 0.23 / WR_factor R_work: 0.197 / SU B: 7.858 / SU ML: 0.106 / Average fsc free: 0.9499 / Average fsc work: 0.9563 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.105 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2288	2217	5.044 %
R_work	0.1937	41733	-
all	0.195	-	-
obs	-	43950	99.547 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.44 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.066 Å²	0.533 Å²	-0 Å²
2-	-	1.066 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.457 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.675→38.029 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2933	0	12	81	3026

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	3035
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2791
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.368	1.628	4128
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.484	1.573	6421
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.252	5	404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.328	5	7
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.653	10	466
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.733	10	128
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	448
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3611
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	682
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	649
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	2476
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	1548
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1596
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.118	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.208	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.139	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.864	2.62	1595
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.857	2.62	1595
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.368	4.699	1994
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.368	4.7	1995
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.664	2.85	1440
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.663	2.849	1441
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.909	5.126	2130
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.908	5.125	2131
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.404	24.964	3471
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.401	24.927	3462

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.675-1.718	0.355	142	0.329	2836	0.331	3165	0.873	0.886	94.0916	0.322
1.718-1.765	0.311	163	0.319	2975	0.318	3138	0.894	0.893	100	0.306
1.765-1.816	0.29	163	0.294	2877	0.294	3041	0.934	0.921	99.9671	0.276
1.816-1.872	0.284	97	0.25	2807	0.251	2905	0.939	0.949	99.9656	0.228
1.872-1.933	0.235	147	0.247	2718	0.246	2867	0.958	0.952	99.9302	0.221
1.933-2.001	0.244	173	0.218	2650	0.22	2825	0.953	0.963	99.9292	0.189
2.001-2.076	0.27	126	0.209	2489	0.211	2616	0.954	0.969	99.9618	0.182
2.076-2.161	0.207	131	0.186	2437	0.187	2568	0.972	0.976	100	0.163
2.161-2.257	0.254	139	0.2	2329	0.203	2470	0.957	0.973	99.919	0.178
2.257-2.366	0.229	140	0.192	2271	0.194	2411	0.969	0.977	100	0.173
2.366-2.494	0.223	109	0.185	2133	0.187	2242	0.967	0.978	100	0.171
2.494-2.644	0.21	100	0.176	2084	0.178	2184	0.964	0.981	100	0.164
2.644-2.826	0.237	84	0.194	1966	0.196	2050	0.963	0.976	100	0.189
2.826-3.051	0.236	117	0.206	1795	0.208	1912	0.965	0.973	100	0.205
3.051-3.34	0.262	89	0.215	1681	0.217	1770	0.961	0.971	100	0.217
3.34-3.731	0.222	86	0.192	1533	0.194	1619	0.976	0.979	100	0.205
3.731-4.301	0.194	72	0.158	1389	0.159	1461	0.974	0.985	100	0.178
4.301-5.251	0.17	48	0.146	1193	0.147	1243	0.984	0.987	99.8391	0.174
5.251-7.356	0.252	54	0.186	967	0.189	1021	0.973	0.982	100	0.227
7.356-38.029	0.195	37	0.188	603	0.188	640	0.974	0.979	100	0.255

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 0.229 Å / Origin y: 8.0484 Å / Origin z: 28.2114 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0342 Å²	-0.0061 Å²	0.0121 Å²	-	0.0236 Å²	0.0067 Å²	-	-	0.0542 Å²
L	0.9646 °²	-0.0956 °²	-0.1493 °²	-	0.6417 °²	0.3177 °²	-	-	5.5189 °²
S	-0.0269 Å °	-0.1086 Å °	0.005 Å °	0.1386 Å °	-0.0348 Å °	0.0371 Å °	0.1188 Å °	-0.1703 Å °	0.0617 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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