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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8kd0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SAR11_0769 from 'Candidatus Pelagibacter ubique' HTCC1062 bound to a co-purified ligand, beta-galactopyranose | ||||||
要素 | Probable binding protein component of ABC sugar transporter | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / glucose transporter / periplasmic binding protein / solute-binding protein | ||||||
機能・相同性 | Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / periplasmic space / beta-D-galactopyranose / Probable binding protein component of ABC sugar transporter 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Candidatus Pelagibacter ubique HTCC1062 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.675 Å | ||||||
データ登録者 | Clifton, B.E. / Laurino, P. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2024 タイトル: The ultra-high affinity transport proteins of ubiquitous marine bacteria. 著者: Clifton, B.E. / Alcolombri, U. / Uechi, G.I. / Jackson, C.J. / Laurino, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8kd0.cif.gz | 212.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8kd0.ent.gz | 129.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8kd0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8kd0_validation.pdf.gz | 794.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8kd0_full_validation.pdf.gz | 795.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8kd0_validation.xml.gz | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8kd0_validation.cif.gz | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/8kd0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/8kd0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8hqqSC 8hqrC 8wchC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44926.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Candidatus Pelagibacter ubique HTCC1062 (バクテリア) 株: HTCC1062 / 遺伝子: SAR11_0769 / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle T7 Express / 参照: UniProt: Q4FMK2 |
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#2: 糖 | ChemComp-GAL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.58 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 20% (v/v) 2-propanol, 0.1 M MES pH 6.5, 23% (w/v) PEG 1500. 1.2 uL protein + 1.2 uL precipitant. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.67→46.936 Å / Num. obs: 43960 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rrim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 11.08 |
反射 シェル | 解像度: 1.67→1.78 Å / 冗長度: 11.37 % / Rmerge(I) obs: 1.608 / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / Num. unique obs: 6771 / CC1/2: 0.864 / Rrim(I) all: 1.683 / % possible all: 97.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 8HQQ 解像度: 1.675→38.029 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / WRfactor Rfree: 0.23 / WRfactor Rwork: 0.197 / SU B: 7.858 / SU ML: 0.106 / Average fsc free: 0.9499 / Average fsc work: 0.9563 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.105 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.44 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.675→38.029 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 0.229 Å / Origin y: 8.0484 Å / Origin z: 28.2114 Å
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精密化 TLSグループ | Selection: ALL |