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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8kbm | ||||||
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タイトル | Structure of AcrIIA7 complexed with cGG | ||||||
![]() | Inhibitor of Type II CRISPR-Cas system | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | Protein of unknown function DUF2829 / Protein of unknown function (DUF2829) / Chem-C2E / Inhibitor of Type II CRISPR-Cas system![]() | ||||||
生物種 | metagenome (メタゲノム) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xiao, Y. / Feng, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of AcrIIA7 complexed with cGG 著者: Xiao, Y. / Feng, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12016.822 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 遺伝子: acrIIA7 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.39 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1.0 M Lithium chloride, 20% w/v Polyethylene glycol 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.38→19.77 Å / Num. obs: 97761 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 26.4 % / Rrim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 1.38→1.45 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4952 / Rrim(I) all: 1.718 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.38→19.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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