+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8kbg | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of CbTad1 complexed with 2',3'-cGAMP | ||||||
![]() | Thoeris anti-defense 1 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | nucleotide binding / cGAMP / Thoeris anti-defense 1![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xiao, Y. / Feng, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of CbTad1 complexed with 2',3'-cGAMP 著者: Xiao, Y. / Feng, Y. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 164.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 131.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
---|
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14244.002 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: tad1 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-1SY / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.62 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MIB pH 6.0, 55% v/v MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.37→35.57 Å / Num. obs: 33894 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.174 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 230965 |
反射 シェル | 解像度: 2.37→2.43 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.4 / Num. measured all: 17590 / Num. unique obs: 2488 / CC1/2: 0.552 / Rpim(I) all: 0.567 / Rrim(I) all: 1.512 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I) obs: 1.8 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.37→31.47 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|