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- PDB-8kah: Crystal structure of SpyCas9-crRNA-tracrRNA complex bound to 18nt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8kah
タイトルCrystal structure of SpyCas9-crRNA-tracrRNA complex bound to 18nt target DNA
要素
  • CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
  • DNA (26-MER)
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*TP*TP*G)-3')
  • RNA (34-MER)
  • RNA (65-MER)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / Nuclease / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated endonuclease Cas9, PAM-interacting domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9, bridge helix / CRISPR-associated endonuclease Cas9, REC lobe / REC lobe of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Bridge helix of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / PAM-interacting domain of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Cas9 RuvC domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / HNH endonuclease / Cas9-type HNH domain ...CRISPR-associated endonuclease Cas9, PAM-interacting domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9, bridge helix / CRISPR-associated endonuclease Cas9, REC lobe / REC lobe of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Bridge helix of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / PAM-interacting domain of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Cas9 RuvC domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / HNH endonuclease / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile. / HNH nuclease / Ribonuclease H superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Chen, Y. / Chen, J. / Liu, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32022047 中国
引用ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2024
タイトル: Trans-nuclease activity of Cas9 activated by DNA or RNA target binding.
著者: Chen, J. / Chen, Y. / Huang, L. / Lin, X. / Chen, H. / Xiang, W. / Liu, L.
履歴
登録2023年8月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (34-MER)
B: CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
C: DNA (26-MER)
D: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*TP*TP*G)-3')
E: RNA (34-MER)
F: CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
G: DNA (26-MER)
H: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*TP*TP*G)-3')
I: RNA (65-MER)
J: RNA (65-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)403,47010
ポリマ－403,47010
非ポリマー00
水00
1
A: RNA (34-MER)
B: CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
C: DNA (26-MER)
D: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*TP*TP*G)-3')
I: RNA (65-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,7355
ポリマ－201,7355
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19760 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area81190 Å2
手法PISA
2
E: RNA (34-MER)
F: CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
G: DNA (26-MER)
H: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*TP*TP*G)-3')
J: RNA (65-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,7355
ポリマ－201,7355
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19030 Å2
ΔGint-163 kcal/mol
Surface area81840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.214, 130.605, 148.734
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.075, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24
15
25

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111AAGG(chain 'A' and resid 3 through 34)AA3 - 343 - 34
221AAGGchain 'E'EE3 - 343 - 34
132LYSLYSSERSER(chain 'B' and (resid 4 through 99 or (resid 100...BB4 - 2044 - 204
142ASPASPSERSER(chain 'B' and (resid 4 through 99 or (resid 100...BB207 - 213207 - 213
152ARGARGASPASP(chain 'B' and (resid 4 through 99 or (resid 100...BB220 - 261220 - 261
162SERSERSERSER(chain 'B' and (resid 4 through 99 or (resid 100...BB267 - 714267 - 714
172GLYGLYARGARG(chain 'B' and (resid 4 through 99 or (resid 100...BB717 - 765717 - 765
182ASNASNGLNGLN(chain 'B' and (resid 4 through 99 or (resid 100...BB776 - 844776 - 844
192ASPASPASPASP(chain 'B' and (resid 4 through 99 or (resid 100...BB849 - 1012849 - 1012
1102LYSLYSTYRTYR(chain 'B' and (resid 4 through 99 or (resid 100...BB1014 - 10161014 - 1016
1112VALVALLYSLYS(chain 'B' and (resid 4 through 99 or (resid 100...BB1018 - 10201018 - 1020
1122PHEPHELEULEU(chain 'B' and (resid 4 through 99 or (resid 100...BB1038 - 10521038 - 1052
1132LYSLYSGLNGLN(chain 'B' and (resid 4 through 99 or (resid 100...BB1059 - 13641059 - 1364
2142LYSLYSSERSER(chain 'F' and (resid 4 through 305 or (resid 306...FF4 - 2044 - 204
2152ASPASPSERSER(chain 'F' and (resid 4 through 305 or (resid 306...FF207 - 213207 - 213
2162ARGARGASPASP(chain 'F' and (resid 4 through 305 or (resid 306...FF220 - 261220 - 261
2172SERSERSERSER(chain 'F' and (resid 4 through 305 or (resid 306...FF267 - 714267 - 714
2182GLYGLYARGARG(chain 'F' and (resid 4 through 305 or (resid 306...FF717 - 765717 - 765
2192ASNASNGLNGLN(chain 'F' and (resid 4 through 305 or (resid 306...FF776 - 844776 - 844
2202ASPASPVALVAL(chain 'F' and (resid 4 through 305 or (resid 306...FF849 - 1015849 - 1015
2212VALVALLYSLYS(chain 'F' and (resid 4 through 305 or (resid 306...FF1018 - 10201018 - 1020
2222PHEPHELEULEU(chain 'F' and (resid 4 through 305 or (resid 306...FF1038 - 10521038 - 1052
2232LYSLYSGLNGLN(chain 'F' and (resid 4 through 305 or (resid 306...FF1059 - 13641059 - 1364
1243DCDCDTDTchain 'C'CC1 - 261 - 26
2253DCDCDTDTchain 'G'GG1 - 261 - 26
1264DTDTDGDGchain 'D'DD2 - 121 - 11
2274DTDTDGDGchain 'H'HH2 - 121 - 11
1285GGUUchain 'I'II36 - 982 - 64
2295GGUUchain 'J'JJ36 - 982 - 64

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

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要素

#1: RNA鎖 RNA (34-MER)


分子量: 10912.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: crRNA
由来: (合成) Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
#2: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1 / SpCas9 / SpyCas9


分子量: 158588.781 Da / 分子数: 2 / Mutation: A10D,A840H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
遺伝子: cas9, csn1, SPy_1046 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q99ZW2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7871.114 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TS
由来: (合成) Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*TP*TP*G)-3')


分子量: 3394.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: NTS
由来: (合成) Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
#5: RNA鎖 RNA (65-MER)


分子量: 20968.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: tracrRNA
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.73 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.0 M Sodium chloride, 0.1 M Sodium citrate pH 6.0, 13.25% PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.28→50 Å / Num. obs: 89919 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 62.32 Å2 / Rpim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 3.28→3.34 Å / 冗長度: 4.4 % / Num. unique obs: 4072 / Rpim(I) all: 0.457 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-30007.21データスケーリング
HKL-30007.21データ削減
Coot0.7.2.1モデル構築
PHENIX1.17.1_3660位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.36→48.23 Å / SU ML: 0.3706 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 23.6586
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2547 3090 3.44 %
Rwork0.2298 86829 -
obs0.2307 89919 59.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 81.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.36→48.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21427 5598 0 0 27025
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01228054
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.560639023
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1094509
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00934027
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.946111368
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.36-3.410.938800.385819X-RAY DIFFRACTION0.28
3.41-3.470.635830.260940X-RAY DIFFRACTION0.65
3.47-3.530.299680.2912249X-RAY DIFFRACTION3.8
3.53-3.590.311170.2633450X-RAY DIFFRACTION6.82
3.59-3.660.3285280.2813845X-RAY DIFFRACTION12.71
3.66-3.730.3099580.28461574X-RAY DIFFRACTION23.49
3.73-3.810.3158850.28692458X-RAY DIFFRACTION37.35
3.81-3.90.33121090.29233088X-RAY DIFFRACTION46.45
3.9-40.29541110.28373330X-RAY DIFFRACTION50.15
4-4.110.29971270.26233665X-RAY DIFFRACTION55.01
4.11-4.230.25621550.24424022X-RAY DIFFRACTION60.62
4.23-4.370.23411550.23324560X-RAY DIFFRACTION68.02
4.37-4.520.26491720.22815104X-RAY DIFFRACTION76.89
4.52-4.70.26451880.22015592X-RAY DIFFRACTION84.7
4.7-4.920.26742240.22166128X-RAY DIFFRACTION92.42
4.92-5.180.24732340.22296414X-RAY DIFFRACTION96.07
5.18-5.50.24892340.22326508X-RAY DIFFRACTION97.99
5.5-5.920.24152430.22676565X-RAY DIFFRACTION98.87
5.92-6.520.22152350.24336574X-RAY DIFFRACTION99.4
6.52-7.460.26522220.23576625X-RAY DIFFRACTION99.43
7.46-9.390.19032420.20396604X-RAY DIFFRACTION99.46
9.39-48.230.2662400.20166415X-RAY DIFFRACTION96.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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