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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k9g | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Crt-SPARTA-gRNA-tDNA dimer (conformation-1) | ||||||
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![]() | DNA/RNA/CELL INVASION / Ago / DNA/RNA / Dimer / ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gao, X. / Shang, K. / Zhu, K. / Wang, L. / Mu, Z. / Fu, X. / Yu, X. / Qin, B. / Zhu, H. / Ding, W. / Cui, S. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Nucleic-acid-triggered NADase activation of a short prokaryotic Argonaute. 著者: Xiaopan Gao / Kun Shang / Kaixiang Zhu / Linyue Wang / Zhixia Mu / Xingke Fu / Xia Yu / Bo Qin / Hongtao Zhu / Wei Ding / Sheng Cui / ![]() 要旨: Argonaute (Ago) proteins mediate RNA- or DNA-guided inhibition of nucleic acids. Although the mechanisms used by eukaryotic Ago proteins and long prokaryotic Ago proteins (pAgos) are known, that used ...Argonaute (Ago) proteins mediate RNA- or DNA-guided inhibition of nucleic acids. Although the mechanisms used by eukaryotic Ago proteins and long prokaryotic Ago proteins (pAgos) are known, that used by short pAgos remains elusive. Here we determined the cryo-electron microscopy structures of a short pAgo and the associated TIR-APAZ proteins (SPARTA) from Crenotalea thermophila (Crt): a free-state Crt-SPARTA; a guide RNA-target DNA-loaded Crt-SPARTA; two Crt-SPARTA dimers with distinct TIR organization; and a Crt-SPARTA tetramer. These structures reveal that Crt-SPARTA is composed of a bilobal-fold Ago lobe that connects with a TIR lobe. Whereas the Crt-Ago contains a MID and a PIWI domain, Crt-TIR-APAZ has a TIR domain, an N-like domain, a linker domain and a trigger domain. The bound RNA-DNA duplex adopts a B-form conformation that is recognized by base-specific contacts. Nucleic acid binding causes conformational changes because the trigger domain acts as a 'roadblock' that prevents the guide RNA 5' ends and the target DNA 3' ends from reaching their canonical pockets; this disorders the MID domain and promotes Crt-SPARTA dimerization. Two RNA-DNA-loaded Crt-SPARTA dimers form a tetramer through their TIR domains. Four Crt-TIR domains assemble into two parallel head-to-tail-organized TIR dimers, indicating an NADase-active conformation, which is supported by our mutagenesis study. Our results reveal the structural basis of short-pAgo-mediated defence against invading nucleic acids, and provide insights for optimizing the detection of SPARTA-based programmable DNA sequences. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 373.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 297.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 36986MC ![]() 8isyC ![]() 8iszC ![]() 8it0C ![]() 8it1C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 13721.869 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: RNA鎖 | 分子量: 6812.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: タンパク質 | 分子量: 58304.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: SAMN05660895_1671 / 発現宿主: ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 53256.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: SAMN05660895_1670 / 発現宿主: ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: The dimer of prokaryotic Argonaute System with DNA and RNA タイプ: COMPLEX / Entity ID: #3-#4, #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 66 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成![]() | 解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 614651 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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