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- PDB-8k7d: Crystal structure of human lysosomal alpha-galactosidase A in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k7d
タイトルCrystal structure of human lysosomal alpha-galactosidase A in complex with (2R,3R,4S,5R)-2-(aminomethyl)-5-(hydroxymethyl)pyrrolidine-3,4-diol
要素Alpha-galactosidase A
キーワードHYDROLASE / alpha-galactosidase / glycosidase / iminosugar
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosylceramide catabolic process / negative regulation of nitric-oxide synthase activity / alpha-galactosidase / alpha-galactosidase activity / glycosphingolipid catabolic process / oligosaccharide metabolic process / glycoside catabolic process / galactoside binding / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / Glycosphingolipid catabolism ...glycosylceramide catabolic process / negative regulation of nitric-oxide synthase activity / alpha-galactosidase / alpha-galactosidase activity / glycosphingolipid catabolic process / oligosaccharide metabolic process / glycoside catabolic process / galactoside binding / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / Glycosphingolipid catabolism / catalytic activity / lysosomal lumen / azurophil granule lumen / lysosome / hydrolase activity / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha galactosidase A, C-terminal beta-sandwich domain / Alpha galactosidase A C-terminal beta sandwich domain / Alpha galactosidase A / Glycoside hydrolase, family 27 / Glycoside hydrolase family 27/36, conserved site / Alpha-galactosidase signature. / Glycosyl hydrolase, all-beta / Aldolase-type TIM barrel / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Alpha-galactosidase A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Li, H.Y. / Huang, K.F. / Ko, T.P. / Cheng, W.C.
資金援助 台湾, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan) 台湾
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Jacs Au / 年: 2024
タイトル: Mechanistic Insights into Dibasic Iminosugars as pH-Selective Pharmacological Chaperones to Stabilize Human alpha-Galactosidase.
著者: Li, H.Y. / Lin, H.Y. / Chang, S.K. / Chiu, Y.T. / Hou, C.C. / Ko, T.P. / Huang, K.F. / Niu, D.M. / Cheng, W.C.
履歴
登録2023年7月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-galactosidase A
B: Alpha-galactosidase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,85515
ポリマ－90,7892
非ポリマー3,06613
水7,422412
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5960 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area30130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.571, 90.571, 216.659
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 32 through 421 or resid 500 through 502))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 32 through 421 or resid 502 through 503))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11LEULEUMETMETAA32 - 4211 - 390
d_12NAGNAGNAGNAGAF501
d_13NAGNAGNAGNAGCC1
d_14NAGNAGNAGNAGDD2
d_15VLNVLNVLNVLNAG502
d_21LEULEUMETMETBB32 - 4211 - 390
d_22NAGNAGNAGNAGEE1
d_23NAGNAGNAGNAGEE2
d_24NAGNAGNAGNAGBL502
d_25VLNVLNVLNVLNBM503

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.972869876563, 0.228561999138, 0.0358275847069), (0.225528532698, 0.902406295946, 0.367150865417), (0.051585697777, 0.365270159727, -0.929471154043)ベクター: -88. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.972869876563, 0.228561999138, 0.0358275847069), (0.225528532698, 0.902406295946, 0.367150865417), (0.051585697777, 0.365270159727, -0.929471154043)
ベクター: -88.6561327748, 19.7524718541, -48.5087925643)

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alpha-galactosidase A / Alpha-D-galactosidase A / Alpha-D-galactoside galactohydrolase / ...Alpha-D-galactosidase A / Alpha-D-galactoside galactohydrolase / Galactosylgalactosylglucosylceramidase GLA / Melibiase


分子量: 45394.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06280, alpha-galactosidase

-
糖 , 3種, 6分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 419分子

#5: 化合物 ChemComp-VLN / (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(aminomethyl)-5-(hydroxymethyl)pyrrolidine-3,4-diol


分子量: 162.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 100 mM NaOAc pH 4.5, 25% PEG4000 and 200 mM ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2022年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→30 Å / Num. obs: 31820 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 44.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.61→2.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 3102

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R47

1r47


解像度: 2.61→28.23 Å / SU ML: 0.2572 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.8716
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2092 1510 5.03 %
Rwork0.1724 28530 -
obs0.1743 30040 93.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→28.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6261 0 195 420 6876
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00346625
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72958999
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045961
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00431146
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6332412
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.1998576763 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.61-2.690.281800.2261468X-RAY DIFFRACTION54.22
2.69-2.790.26641120.21792217X-RAY DIFFRACTION81.29
2.79-2.90.26431430.21712701X-RAY DIFFRACTION98.31
2.9-3.030.27521420.20872699X-RAY DIFFRACTION98.92
3.03-3.190.24231420.20052705X-RAY DIFFRACTION98.89
3.19-3.390.2241470.18162701X-RAY DIFFRACTION99.03
3.39-3.660.23181420.1662759X-RAY DIFFRACTION99.25
3.66-4.020.19071430.1522739X-RAY DIFFRACTION99.24
4.02-4.60.16311480.13322780X-RAY DIFFRACTION99.49
4.6-5.790.15941530.14982805X-RAY DIFFRACTION99.73
5.79-28.230.2171580.19182956X-RAY DIFFRACTION99.65
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.04697763631-0.6419348064580.1681460980170.4266004861110.4951774265520.672580028977-0.000517412638998-0.07387973838440.06532769489620.051407026165-0.0247508334299-0.0608386349016-0.131119951146-0.1926827552138.47670678966E-60.3231587176910.02885325829880.001435005037840.3379265982170.02132651435010.286580878315-64.134470341231.4124162411-31.1136467709
21.0596447395-0.136197078112-0.1170054235660.432643529899-0.01545216792991.312302382620.01624941944190.107982947528-0.0794699219378-0.0649254411241-0.121044592390.2581518509060.0582026533588-0.393288231814-1.51924155156E-50.311764109803-0.00959651134591-0.03370917864880.426836187336-0.0008410715856990.3872272653-71.201067214522.5428883047-40.7200000604
30.589057265665-0.34082421344-0.1790654476310.35982357426-0.1300682189150.4733058066220.0729755991614-0.0396117344606-0.0759259933764-0.044368575893-0.0458917200106-0.03555442478180.103424795701-0.06217100489839.11460755736E-60.297167085309-0.00276452489807-0.007882975298310.220895994230.008307145557530.265153917984-49.856236616420.7357748407-38.9963033397
40.24455206519-0.27500542953-0.1087034471490.205620085884-0.0204072385460.106482232559-0.00345348657115-0.032454092230.236734646789-0.0749273916517-0.04016013241670.0935816137528-0.1103942193480.05821619878021.16885475453E-50.2707388598780.02252025739650.006038748140590.3082537903330.01030489847530.320023633263-49.668818514234.3925809775-32.778329705
50.7834950528250.00873026170169-0.69070163940.02912423059270.04434122839470.431736412040.1200047829640.09130115892910.0207669958281-0.0875224205592-0.0572426614865-0.01477297372250.009792648097930.1182354793341.93300759881E-50.339377443193-0.001333895240310.01417311918250.2586610996410.008815739842590.278822033215-33.83373572325.3950080478-43.3582672736
60.2504215676690.0672888593707-0.1310149736870.4379953416770.2974950907620.175798499521-0.137753137944-0.2703370838250.2704966185320.09721218207360.084882065528-0.291055908418-0.4297134527260.276093445124-0.002432897699170.351431724964-0.05603508373690.01976947326260.3649030343960.00108020852770.33041719914-28.591001013831.8775320952-41.6125442741
70.9246322034040.750236902245-0.3452061033690.594300500988-0.4116875632360.322431042623-0.0188397382034-0.266501154805-0.08622193590220.0510118045658-0.282979286919-0.302395493135-0.1097048149210.436435819261-0.0007294346825750.31210652254-0.000488729493162-0.02112877311380.4359225711120.1177988365030.426465311787-20.216145932222.0332558906-11.5353015122
80.09242231363010.00871751805167-0.00204869252510.246820370861-0.237669681930.1824800402140.011900824843-0.3929604740880.08620885480830.0496587184415-0.376441057832-0.7181924071850.4056834670720.665340038324-0.004224766610130.3642006388330.00264665270671-0.005225910884030.7597288883970.1909300069660.621476493475-9.4201959598919.4141928985-9.09542182992
90.2535360227020.17627545475-0.2766808491540.344877863816-0.4505410364830.505960652422-0.370083224606-0.75325660002-0.400379427765-0.270832951128-0.348499852429-0.6155559948160.428900162490.952899707435-0.3906730466760.5331022512240.2533927588410.1114772251610.6224987237420.3582028443850.67609588164-16.47487096315.43954315138-4.92152358437
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 32 through 100 )AA32 - 1001 - 69
22chain 'A' and (resid 101 through 215 )AA101 - 21570 - 184
33chain 'A' and (resid 216 through 289 )AA216 - 289185 - 258
44chain 'A' and (resid 290 through 320 )AA290 - 320259 - 289
55chain 'A' and (resid 321 through 388 )AA321 - 388290 - 357
66chain 'A' and (resid 389 through 421 )AA389 - 421358 - 390
77chain 'B' and (resid 32 through 100 )BH32 - 1001 - 69
88chain 'B' and (resid 101 through 136 )BH101 - 13670 - 105
99chain 'B' and (resid 137 through 207 )BH137 - 207106 - 176
1010chain 'B' and (resid 208 through 227 )BH208 - 227177 - 196
1111chain 'B' and (resid 228 through 289 )BH228 - 289197 - 258
1212chain 'B' and (resid 290 through 320 )BH290 - 320259 - 289
1313chain 'B' and (resid 321 through 343 )BH321 - 343290 - 312
1414chain 'B' and (resid 344 through 388 )BH344 - 388313 - 357
1515chain 'B' and (resid 389 through 423 )BH389 - 423358 - 392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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