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万見
- PDB-8k6y: Serial femtosecond crystallography structure of photo dissociated... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k6y
タイトルSerial femtosecond crystallography structure of photo dissociated CO from ba3- type cytochrome c oxidase determined by extrapolation method
要素
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 2
  • Cytochrome c oxidase polypeptide 2A
キーワードELECTRON TRANSPORT / membrane protein / bioenergetics of cells / structural dynamics / serial femtosecond crystallography / time-resolved studies
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / cytochrome-c oxidase activity / : / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase polypeptide 2A / Cytochrome c oxidase polypeptide 2A, ba3 type / Cytochrome c oxidase subunit IIa family / Ba3-like heme-copper oxidase subunit I / Cytochrome C oxidase subunit IIa, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane / Ba3-like heme-copper oxidase subunit II, C-terminal / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily ...Cytochrome c oxidase polypeptide 2A / Cytochrome c oxidase polypeptide 2A, ba3 type / Cytochrome c oxidase subunit IIa family / Ba3-like heme-copper oxidase subunit I / Cytochrome C oxidase subunit IIa, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane / Ba3-like heme-copper oxidase subunit II, C-terminal / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-AS / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Cytochrome c oxidase polypeptide 2A / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Safari, C. / Ghosh, S. / Andersson, R. / Johannesson, J. / Donoso, A.V. / Zoric, D. / Sandelin, E. / Iwata, S. / Neutze, R. / Branden, G.
資金援助 スウェーデン, European Union, 日本, 6件
組織認可番号国
Swedish Research Council2017-06734 and 2021-05662 スウェーデン
Carl Trygger FoundationCTS 16:79 スウェーデン
European Research Council (ERC)789030European Union
Swedish Research Council2015-00560 スウェーデン
European CommissionMarie Curie Training Network X-probeEuropean Union
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101070 日本
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Time-resolved serial crystallography to track the dynamics of carbon monoxide in the active site of cytochrome c oxidase.
著者: Safari, C. / Ghosh, S. / Andersson, R. / Johannesson, J. / Bath, P. / Uwangue, O. / Dahl, P. / Zoric, D. / Sandelin, E. / Vallejos, A. / Nango, E. / Tanaka, R. / Bosman, R. / Borjesson, P. / ...著者: Safari, C. / Ghosh, S. / Andersson, R. / Johannesson, J. / Bath, P. / Uwangue, O. / Dahl, P. / Zoric, D. / Sandelin, E. / Vallejos, A. / Nango, E. / Tanaka, R. / Bosman, R. / Borjesson, P. / Dunevall, E. / Hammarin, G. / Ortolani, G. / Panman, M. / Tanaka, T. / Yamashita, A. / Arima, T. / Sugahara, M. / Suzuki, M. / Masuda, T. / Takeda, H. / Yamagiwa, R. / Oda, K. / Fukuda, M. / Tosha, T. / Naitow, H. / Owada, S. / Tono, K. / Nureki, O. / Iwata, S. / Neutze, R. / Branden, G.
履歴
登録2023年7月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase polypeptide 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,99523
ポリマ－85,8913
非ポリマー7,10420
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13720 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area26460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.850, 100.320, 96.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 126.760, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-765-

HOH

21B-334-

HOH

31B-368-

HOH

-
要素

-
Cytochrome c oxidase subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c ba(3) subunit I / Cytochrome c oxidase polypeptide I / Cytochrome cba3 subunit 1


分子量: 63540.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
遺伝子: cbaA, TTHA1135 / 発現宿主: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SJ79, cytochrome-c oxidase
#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c ba(3) subunit II / Cytochrome c oxidase polypeptide II / Cytochrome cba3 subunit 2


分子量: 18581.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
遺伝子: cbaB, ctaC, TTHA1134 / 発現宿主: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SJ80, cytochrome-c oxidase

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase polypeptide 2A / Cytochrome c ba(3) subunit IIA / Cytochrome c oxidase polypeptide IIA / Cytochrome cba3 subunit 2A


分子量: 3769.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
遺伝子: cbaD, TTHA1133 / 発現宿主: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P82543, cytochrome-c oxidase

-
非ポリマー , 7種, 198分子

#4: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#5: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#6: 化合物 ChemComp-HAS / HEME-AS


分子量: 920.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C54H64FeN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#8: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#9: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.3 / 詳細: 34-38 % PEG 400 (v/v), 1.4 M NaCl, pH 5.3

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→43.4 Å / Num. obs: 71307 / % possible obs: 94.78 % / 冗長度: 99.1 % / CC1/2: 0.91 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 2→2.071 Å / Num. unique obs: 6929 / CC1/2: 0.55

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACv8.0精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→37.151 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.805 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.754 / SU B: 23.934 / SU ML: 0.63 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.293 / ESU R Free: 0.273 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4354 1877 2.632 %
Rwork0.3961 69430 -
all0.397 --
obs-71307 94.783 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.109 Å2-0 Å20.515 Å2
2---0.684 Å20 Å2
3---0.011 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→37.151 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5910 0 386 178 6474
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0126493
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.841.6738845
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6995749
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.649548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.4210890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.68110228
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2969
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024927
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.23014
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.24310
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2410.2267
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1010.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1910.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2230.232
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2-2.0520.4911240.6150090.60755410.740.70492.63670.61
2.052-2.1080.6141520.57747000.57853620.5920.65990.48860.574
2.108-2.1690.5181210.51747090.51752330.8080.83192.29890.514
2.169-2.2350.4461180.44546840.44551020.8730.87194.120.445
2.235-2.3080.4951320.40645520.40949070.8380.89295.45550.407
2.308-2.3890.4531150.40445310.40548380.8490.89796.03140.413
2.389-2.4790.4351170.40642870.40745730.8550.89696.30440.418
2.479-2.580.4261040.38442000.38544650.8890.90296.39420.398
2.58-2.6940.4081050.38639790.38642380.8770.90296.36620.404
2.694-2.8240.4621050.39438070.39640740.8760.89696.02360.413
2.824-2.9760.453930.40736240.40838810.8830.89695.77430.439
2.976-3.1550.496950.40734410.40936980.8540.89695.61930.44
3.155-3.3720.431930.4431750.4434320.8890.87995.22150.487
3.372-3.6390.513750.38830250.39132420.8360.90595.620.437
3.639-3.9830.376790.3427530.34129620.9170.92895.61110.385
3.983-4.4460.37680.33525460.33627210.9220.92996.06760.37
4.446-5.1220.359650.31822380.31923750.9150.93496.96840.342
5.122-6.2440.382510.36118670.36120380.9130.91794.11190.402
6.244-8.7080.383380.37314620.37315930.560.72494.1620.404
8.708-37.1510.368270.3138410.3159420.7420.84692.14440.336

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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