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- PDB-8k6v: LnaB-Actin-PRUb ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k6v
タイトルLnaB-Actin-PRUb ternary complex
要素
  • Actin gamma 1
  • LnaB
  • Ubiquitin
キーワードTOXIN / AMPylation / Legionella effector
機能・相同性
機能・相同性情報


basal body patch / tight junction assembly / profilin binding / regulation of transepithelial transport / morphogenesis of a polarized epithelium / protein localization to bicellular tight junction / regulation of stress fiber assembly / symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / sarcomere organization / regulation of focal adhesion assembly ...basal body patch / tight junction assembly / profilin binding / regulation of transepithelial transport / morphogenesis of a polarized epithelium / protein localization to bicellular tight junction / regulation of stress fiber assembly / symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / sarcomere organization / regulation of focal adhesion assembly / apical junction complex / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / positive regulation of wound healing / virus tail / myofibril / filamentous actin / regulation of synaptic vesicle endocytosis / phagocytic vesicle / calyx of Held / structural constituent of cytoskeleton / cellular response to type II interferon / Schaffer collateral - CA1 synapse / angiogenesis / positive regulation of cell migration / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / extracellular exosome / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin ...Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Chem-AR6 / Actin gamma 1 / Tail fiber
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Chen, T.T. / Ouyang, S.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2025
タイトル: Structure and mechanism of an actin-dependent bacterial phosphoryl AMPylase.
著者: Chen, T.T. / Lu, Q. / Zheng, S.R. / Fu, J. / Chen, J. / Kang, L. / Wu, J. / Luo, J. / Tong, J. / Li, S. / Li, X. / Li, S. / Li, J. / Wang, S. / Feng, Y. / Luo, Z.Q. / Ouyang, S.
履歴
登録2023年7月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _citation.country ..._chem_comp.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin gamma 1
B: LnaB
C: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,1045
ポリマ－91,0393
非ポリマー1,0662
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)215.964, 55.044, 79.747
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Actin gamma 1


分子量: 41838.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A8C6VAB1
#2: タンパク質 LnaB


分子量: 40622.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Legionella (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 8576.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG47

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非ポリマー , 3種, 128分子

#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE / Adenosine-5-Diphosphoribose


分子量: 559.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.75 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: Magnesium acetate, MOPS, PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.979191 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2023年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979191 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→79.75 Å / Num. obs: 30202 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11 % / CC1/2: 0.915 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Num. unique obs: 2918 / CC1/2: 0.693

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-2000データ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→79.75 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3069 1511 5.02 %
Rwork0.2527 --
obs0.2555 30085 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→79.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6252 0 67 126 6445
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0166447
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5988728
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3092445
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.115979
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091111
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.680.41591370.38082520X-RAY DIFFRACTION99
2.68-2.780.35371360.30962550X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.890.34241420.27252565X-RAY DIFFRACTION100
2.89-3.020.35221190.30562559X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.180.37691370.28842569X-RAY DIFFRACTION100
3.18-3.380.30531250.27372586X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.640.37131260.28492584X-RAY DIFFRACTION100
3.64-4.010.34571360.25932603X-RAY DIFFRACTION100
4.01-4.590.26561460.19922624X-RAY DIFFRACTION100
4.59-5.780.25631460.21472631X-RAY DIFFRACTION100
5.78-79.750.23151610.20162783X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.536 Å / Origin y: 11.9357 Å / Origin z: 38.7402 Å
111213212223313233
T0.2436 Å20.015 Å20.0422 Å2-0.1994 Å2-0.0179 Å2--0.2456 Å2
L0.2426 °20.0215 °2-0.0591 °2-0.0366 °2-0.1443 °2--0.5604 °2
S0.0264 Å °-0.0143 Å °0.0164 Å °0.011 Å °-0.0023 Å °0.0148 Å °0.0149 Å °-0.0376 Å °-0.0312 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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