[日本語] English
万見
- PDB-8k6q: Crystal structure of HOIL-1L LTM domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k6q
タイトルCrystal structure of HOIL-1L LTM domain
要素RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / HOIL-1L / LTM
機能・相同性
機能・相同性情報


protein linear polyubiquitination / LUBAC complex / RBR-type E3 ubiquitin transferase / cytoplasmic sequestering of protein / ubiquitin ligase activator activity / negative regulation of necroptotic process / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / TNFR1-induced proapoptotic signaling / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein sequestering activity ...protein linear polyubiquitination / LUBAC complex / RBR-type E3 ubiquitin transferase / cytoplasmic sequestering of protein / ubiquitin ligase activator activity / negative regulation of necroptotic process / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / TNFR1-induced proapoptotic signaling / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein sequestering activity / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / ubiquitin binding / Regulation of TNFR1 signaling / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / T cell receptor signaling pathway / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription coactivator activity / defense response to bacterium / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. / Zinc finger domain / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger RanBP2-type signature. ...: / : / : / Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. / Zinc finger domain / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Yan, Z. / Pan, L.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91753113 中国
引用
ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2023
タイトル: Mechanistic insights into the homo-dimerization of HOIL-1L and SHARPIN.
著者: Zhang, Y. / Xu, X. / Wang, Y. / Wang, Y. / Zhou, X. / Pan, L.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of HOIL-1L LTM domain
著者: Yan, Z. / Pan, L.F.
履歴
登録2023年7月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1
D: RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1
A: RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1
C: RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6644
ポリマ－24,6644
非ポリマー00
水2,558142
1
B: RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1
D: RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3322
ポリマ－12,3322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area6650 Å2
手法PISA
2
A: RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1
C: RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3322
ポリマ－12,3322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area6880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.584, 36.706, 54.581
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.251, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1 / HBV-associated factor 4 / Heme-oxidized IRP2 ubiquitin ligase 1 / HOIL-1 / Hepatitis B virus X- ...HBV-associated factor 4 / Heme-oxidized IRP2 ubiquitin ligase 1 / HOIL-1 / Hepatitis B virus X-associated protein 4 / RING finger protein 54 / RING-type E3 ubiquitin transferase HOIL-1 / Ubiquitin-conjugating enzyme 7-interacting protein 3


分子量: 6166.103 Da / 分子数: 4 / 断片: LTM domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBCK1, C20orf18, RNF54, UBCE7IP3, XAP3, XAP4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BYM8, RBR-type E3 ubiquitin transferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.79 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM sodium acetate, 1 M di-ammonium hydrogen phosphate (pH 4.5).

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→44.4 Å / Num. obs: 21915 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 20.77 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.59→1.65 Å / Num. unique obs: 1379 / CC1/2: 0.879

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.59→44.4 Å / SU ML: 0.1767 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.2254
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2058 1011 4.61 %
Rwork0.1801 20904 -
obs0.1813 21915 92.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→44.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1571 0 0 142 1713
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00581599
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75442148
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0448248
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051275
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.361625
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.59-1.680.27081130.23511951X-RAY DIFFRACTION62.02
1.68-1.780.25441330.20662756X-RAY DIFFRACTION85.93
1.78-1.920.24181350.18593230X-RAY DIFFRACTION99.94
1.92-2.120.2131550.18163212X-RAY DIFFRACTION99.94
2.12-2.420.21341640.16363214X-RAY DIFFRACTION100
2.42-3.050.19071600.18763245X-RAY DIFFRACTION99.74
3.05-44.40.19391510.17443296X-RAY DIFFRACTION99.25

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る