PDB-8k6p: Crystal structure of SHARPIN LTM motif

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8k6p

タイトル

Crystal structure of SHARPIN LTM motif

要素

Sharpin

キーワード

PROTEIN BINDING / SHARPIN / LTM / homodimer

機能・相同性

機能・相同性情報

apoptotic nuclear changes / regulation of CD40 signaling pathway / protein linear polyubiquitination / LUBAC complex / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Neurexins and neuroligins / TNFR1-induced proapoptotic signaling / keratinization / polyubiquitin modification-dependent protein binding / ubiquitin binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Yan, Z. / Pan, L.F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2023
タイトル: Mechanistic insights into the homo-dimerization of HOIL-1L and SHARPIN.
著者: Zhang, Y. / Xu, X. / Wang, Y. / Wang, Y. / Zhou, X. / Pan, L.

履歴

登録	2023年7月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8k6p.cif.gz	67.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8k6p.ent.gz	47.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8k6p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/8k6p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/8k6p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8k6qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (6) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (4) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Sharpin

B: Sharpin

C: Sharpin

14.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sharpin

B: Sharpin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
9.96 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Sharpin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
9.96 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.380, 39.240, 31.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.041, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質・ペプチド	Sharpin / Shank-associated RH domain-interacting protein / Shank-interacting protein-like 1 / hSIPL1 分子量: 4979.568 Da / 分子数: 3 / 断片: LTM motif / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHARPIN, SIPL1, PSEC0216 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H0F6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.35 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M sodium acetate trihydrate, and 2.0 M ammonium sulfate (pH 4.5).

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年4月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→36.46 Å / Num. obs: 9723 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 32.17 Å² / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 1.86→1.92 Å / Num. unique obs: 866 / CC_1/2: 0.622 / % possible all: 87

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.86→25.2 Å / SU ML: 0.2539 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 43.4
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2772	458	4.71 %
R_work	0.218	9265	-
obs	0.2208	9723	95.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→25.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	978	0	0	12	990

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0053	990
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6654	1334
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0432	159
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0039	180
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	33.0258	365

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.86-2.13	0.4325	133	0.3099	2926	X-RAY DIFFRACTION	91.42
2.13-2.68	0.3163	155	0.26	3138	X-RAY DIFFRACTION	97.17
2.69-25.2	0.2468	170	0.1913	3201	X-RAY DIFFRACTION	97.74

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.90423231611	0.267211861617	-0.032021768379	8.76590817134	-2.05244252002	8.14977111993	-0.00467504422431	1.47991189467	0.138121039299	-0.355670957853	0.172147404122	-0.325214763096	-0.833402048326	-0.305424320848	-0.19497809592	0.259389731208	0.0270475846925	0.0174474699132	0.45759209057	0.0203974602053	0.32612345412	15.2319594696	-7.69182853759	3.61130499882
2	8.50005133442	-2.90247907817	-3.16811000322	7.10982144878	6.07003251004	9.16767341065	0.320944755724	0.486385918243	-1.20832128663	-0.0790196243808	-0.254944804658	0.171049203058	0.531674047877	-0.346838472779	0.0449567674673	0.267497355956	0.0219422123573	-0.0393110640818	0.270022574525	-0.0318827317431	0.489705296107	10.8231261696	-17.1581573366	6.625462485
3	2.22565166613	4.11642412445	2.73509775765	8.5876592618	5.77085029901	3.83917394655	-0.516579578354	1.02285666555	-0.162493812459	-0.717886362626	0.422367991531	0.0599172656257	-0.338431592409	1.42591494769	0.408382647625	0.449483186935	0.215418364168	0.0433965589778	1.01054064002	0.0191561531814	0.513110669699	22.8524816896	-14.2212304327	3.22326600676
4	9.3201297971	1.90304975182	-6.23688785159	6.85559729688	-1.85431142491	4.2562962901	0.317830666769	1.90061744442	0.732965801089	-0.733159277697	-0.037537896961	-0.916349584115	-0.549500940996	0.376816166217	-0.247475497999	0.479690691238	0.0446913882097	-0.00833313370293	0.707402062046	0.0726033585252	0.44025802169	36.4908004404	-21.2456835711	13.0976539329
5	5.85597613981	-1.30837187528	5.85171046626	6.49004573673	-1.82533807041	5.98286521295	0.173921998313	0.764915682662	-0.892852684228	0.159205548259	-0.195559759756	-0.00780488598586	0.170358560356	0.337058852182	-0.0549575446563	0.333963500601	0.0583160651311	0.0228752363951	0.556617653903	-0.0897970562089	0.598154070057	24.3352933885	-20.7641376589	9.0320726828
6	9.38468271127	1.82842884231	5.56668667656	9.00299647371	4.77522064335	4.92574252105	0.645215364355	0.484543449316	-2.22943064294	0.0344917631364	0.0248188992819	-0.138345196893	0.662179620716	-0.327402080561	-0.836155113221	0.373084424377	0.00513772295794	-0.0272242465472	0.383267756183	-0.129231567286	0.702072446145	15.5046292684	-22.0460262073	10.3788961188
7	7.78185435586	2.01151237251	-3.88540697988	6.82131590166	-4.40231757089	5.9435285808	-0.433363168079	0.901869979655	-0.00429807663172	-0.158148794355	0.147552125184	-0.989504467336	-0.547205893938	0.567682962244	0.167965905002	0.38519553466	-0.104652477671	-0.00357394697588	0.434005183551	-0.0505799830289	0.444661784514	21.4377978653	-10.8599373314	9.99297735238
8	2.90357386486	2.28427118084	2.57240563449	8.89755133465	-0.383151081513	3.12150858467	-0.20386623111	0.352402781123	0.583610264777	-0.0205371353629	-0.0695462757881	-1.48463764099	-1.65850828382	1.97735681683	0.462405946426	0.597463609453	-0.278051777825	-0.0646617537613	0.943186328855	0.070014202571	0.527215643581	15.7252748575	0.348466826658	8.37793816281
9	8.67927440954	1.41356205264	5.26891797266	6.64763215227	1.53506840473	3.32221550983	-0.0685770149321	0.481248751475	0.448949448709	-0.0414480547082	-0.107826242262	-0.262908133562	-0.478013954617	1.03315333068	0.181568955624	0.27208756899	-0.0206695920613	0.0320996804279	0.400148494039	0.00937603398472	0.324311161971	7.4673775894	-5.58077464761	1.47207680408
10	8.8074611068	-3.3850413047	-0.513031232897	7.22698169819	-0.716704187048	9.0712067954	0.17877600206	0.352736587354	-0.556512913151	-0.0823091720165	-0.455287392626	0.000898864652731	0.617525853268	0.68674120318	0.1258969448	0.229667993886	-0.0195620784173	-0.0117679863138	0.399842902295	0.00762295366263	0.331488911355	3.52833897715	-13.4983560964	2.10433209277
11	8.83053595977	-4.05009410595	2.96310700392	8.49271159667	-3.91597873795	2.51687380343	0.132273580253	-0.0903647049757	0.669953177267	0.298224759131	0.249836185032	0.243781018175	-0.748898253505	0.541826951441	0.2961228229	0.39872796985	-0.0488402013227	0.00758311306392	0.423038441421	-0.0375546415034	0.349066462868	-1.74986635815	-1.06962016868	2.18508295227

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 168 through 185 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 186 through 200 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 201 through 210 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 163 through 170 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 171 through 185 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 186 through 201 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 202 through 210 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 166 through 170 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 171 through 185 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 186 through 201 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 202 through 210 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)