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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k5h | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of the SARS-CoV-2 BA.1 spike with UT28-RD | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / Antibody / Spike protein / STRUCTURAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Chen, L. / Kita, S. / Anraku, Y. / Maenaka, K. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 日本, 5件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2024 タイトル: Rational in silico design identifies two mutations that restore UT28K SARS-CoV-2 monoclonal antibody activity against Omicron BA.1. 著者: Tatsuhiko Ozawa / Yoshiki Ikeda / Liuan Chen / Rigel Suzuki / Atsushi Hoshino / Akira Noguchi / Shunsuke Kita / Yuki Anraku / Emiko Igarashi / Yumiko Saga / Noriko Inasaki / Shunta Taminishi ...著者: Tatsuhiko Ozawa / Yoshiki Ikeda / Liuan Chen / Rigel Suzuki / Atsushi Hoshino / Akira Noguchi / Shunsuke Kita / Yuki Anraku / Emiko Igarashi / Yumiko Saga / Noriko Inasaki / Shunta Taminishi / Jiei Sasaki / Yuhei Kirita / Hideo Fukuhara / Katsumi Maenaka / Takao Hashiguchi / Takasuke Fukuhara / Kenichi Hirabayashi / Hideki Tani / Hiroyuki Kishi / Hideki Niimi / 要旨: SARS-CoV-2 rapidly mutates and acquires resistance to neutralizing antibodies. We report an in-silico-designed antibody that restores the neutralizing activity of a neutralizing antibody. Our ...SARS-CoV-2 rapidly mutates and acquires resistance to neutralizing antibodies. We report an in-silico-designed antibody that restores the neutralizing activity of a neutralizing antibody. Our previously generated antibody, UT28K, exhibited broad neutralizing activity against mutant variants; however, its efficacy against Omicron BA.1 was compromised by the mutation. Using previously determined structural information, we designed a modified-UT28K (V T28R/N57D), UT28K-RD targeting the mutation site. In vitro and in vivo experiments demonstrated the efficacy of UT28K-RD in neutralizing Omicron BA.1. Although the experimentally determined structure partially differed from the predicted model, our study serves as a successful case of antibody design, wherein the predicted amino acid substitution enhanced the recognition of the previously elusive Omicron BA.1. We anticipate that numerous similar cases will be reported, showcasing the potential of this approach for improving protein-protein interactions. Our findings will contribute to the development of novel therapeutic strategies for highly mutable viruses, such as SARS-CoV-2. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8k5h.cif.gz | 616.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8k5h.ent.gz | 477.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8k5h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8k5h_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8k5h_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8k5h_validation.xml.gz | 99.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8k5h_validation.cif.gz | 151.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/8k5h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/8k5h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 36906MC 8k5gC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 133229.938 Da / 分子数: 3 変異: F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2 #2: 抗体 | | 分子量: 27100.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | | 分子量: 25728.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 291 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 4161 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1146148 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 179684 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 85.79 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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