PDB-8k41: mercuric reductase,GbsMerA, - FAD bound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8k41

タイトル

mercuric reductase,GbsMerA, - FAD bound

要素

NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase

キーワード

TRANSFERASE / Mercuric reductase / Gelidibacter salicanalis PAMC21136 / Hg resistance / Heavy metal detoxification

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Gelidibacter salicanalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.39 Å

データ登録者

Do, H.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Biochemical and structural basis of mercuric reductase, GbsMerA, from Gelidibacter salicanalis PAMC21136.
著者: Pardhe, B.D. / Lee, M.J. / Lee, J.H. / Do, H. / Oh, T.J.

履歴

登録	2023年7月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8k41.cif.gz	109.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8k41.ent.gz	77.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8k41.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8k41_validation.pdf.gz	993 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8k41_full_validation.pdf.gz	996.1 KB	表示
XML形式データ	8k41_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	8k41_validation.cif.gz	23.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/8k41 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/8k41	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8k40C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (6) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#153 - 2012年9月
ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex)
類似性 (6)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (6)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (2)
#34 - 2002年10月
ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase

ヘテロ分子

51.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase

ヘテロ分子

A: NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.330, 102.330, 108.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase 分子量: 49953.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gelidibacter salicanalis (バクテリア) 遺伝子: JEM65_00875 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A934NG65
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.6 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10% w/v PEG 4000, 20% v/v glycerol, 0.12M of ethylene glycol, 0.1M bicine/Trizma pH8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2022年4月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.39→29.57 Å / Num. obs: 26169 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 20.1 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 27.8
反射シェル	解像度: 2.39→2.48 Å / Num. unique obs: 2695 / CC_1/2: 0.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.39→29.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 9.268 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.296 / ESU R Free: 0.25 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2711	1295	4.949 %
R_work	0.209	24874	-
all	0.212	-	-
obs	-	26169	98.676 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.006 Å²	0.003 Å²	0 Å²
2-	-	0.006 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.39→29.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3448	0	101	13	3562

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	3628
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3412
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.573	1.649	4921
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.171	1.579	7948
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.915	5	446
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.447	23.548	155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.323	15	632
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.507	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	498
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3973
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	698
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	713
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	3081
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1625
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.087	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.125	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.237	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.069	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.139	5.511	1787
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.134	5.51	1786
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.617	8.273	2232
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.617	8.274	2233
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.184	5.943	1840
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.185	5.945	1837
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.171	8.712	2688
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.169	8.711	2689
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.856	63.63	3865
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.855	63.626	3866

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.39-2.452	0.397	94	0.323	1785	X-RAY DIFFRACTION	97.8646
2.452-2.519	0.356	93	0.296	1744	X-RAY DIFFRACTION	97.8689
2.519-2.592	0.317	75	0.276	1730	X-RAY DIFFRACTION	98.1512
2.592-2.672	0.324	87	0.268	1688	X-RAY DIFFRACTION	98.8307
2.672-2.759	0.361	100	0.267	1613	X-RAY DIFFRACTION	98.903
2.759-2.856	0.28	66	0.248	1576	X-RAY DIFFRACTION	98.2057
2.856-2.964	0.282	59	0.216	1527	X-RAY DIFFRACTION	98.9395
2.964-3.085	0.351	102	0.231	1445	X-RAY DIFFRACTION	98.9763
3.085-3.222	0.272	85	0.235	1394	X-RAY DIFFRACTION	98.7976
3.222-3.379	0.322	80	0.222	1348	X-RAY DIFFRACTION	99.2356
3.379-3.561	0.23	63	0.213	1296	X-RAY DIFFRACTION	98.8364
3.561-3.777	0.252	76	0.196	1204	X-RAY DIFFRACTION	98.9181
3.777-4.037	0.254	66	0.201	1148	X-RAY DIFFRACTION	99.102
4.037-4.36	0.269	57	0.171	1081	X-RAY DIFFRACTION	99.3886
4.36-4.775	0.201	46	0.151	995	X-RAY DIFFRACTION	99.6172
4.775-5.337	0.245	45	0.176	928	X-RAY DIFFRACTION	99.5906
5.337-6.158	0.309	26	0.216	812	X-RAY DIFFRACTION	99.1716
6.158-7.533	0.361	21	0.2	716	X-RAY DIFFRACTION	99.4602
7.533-10.616	0.204	38	0.143	533	X-RAY DIFFRACTION	98.6183
10.616-29.57	0.142	16	0.256	311	X-RAY DIFFRACTION	91.8539

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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