PDB-8k40: mercuric reductase,GbsMerA, - FAD bound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8k40

タイトル

mercuric reductase,GbsMerA, - FAD bound

要素

NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase

キーワード

TRANSFERASE / Mercuric reductase / Gelidibacter salicanalis PAMC21136 / Hg resistance / Heavy metal detoxification

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Gelidibacter salicanalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Do, H.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Biochemical and structural basis of mercuric reductase, GbsMerA, from Gelidibacter salicanalis PAMC21136.
著者: Pardhe, B.D. / Lee, M.J. / Lee, J.H. / Do, H. / Oh, T.J.

履歴

登録	2023年7月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8k40.cif.gz	192.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8k40.ent.gz	145.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8k40.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8k40_validation.pdf.gz	951.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8k40_full_validation.pdf.gz	959 KB	表示
XML形式データ	8k40_validation.xml.gz	31.9 KB	表示
CIF形式データ	8k40_validation.cif.gz	43.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/8k40 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/8k40	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8k41C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (6) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase

B: NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase

ヘテロ分子

101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.190, 105.820, 126.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase 分子量: 49953.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gelidibacter salicanalis (バクテリア) 遺伝子: JEM65_00875 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A934NG65
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.16 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.6 M sodium phosphate monobasic/0.4 M potassium phosphate dibasic, 0.1 M sodium phosphate dibasic/citric acid (pH 4.2)]

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→29.38 Å / Num. obs: 33032 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 2.6→2.72 Å / R_merge(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3967 / CC_1/2: 0.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→29.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 14.984 / SU ML: 0.306 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.847 / ESU R Free: 0.354 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2818	2000	6.055 %
R_work	0.2192	31028	-
all	0.223	-	-
obs	-	33028	99.885 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 78.656 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.021 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.034 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.013 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6798	0	106	33	6937

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	7051
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6688
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.502	1.645	9545
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.221	1.578	15566
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.057	5	878
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.062	23.475	305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.732	15	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.865	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	964
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7749
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	1270
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	6066
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	3325
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	3154
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	135
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.185	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.24	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.355	8.214	3524
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.355	8.214	3523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.228	12.313	4398
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.227	12.313	4399
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.806	8.663	3527
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.805	8.664	3524
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.857	12.758	5147
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.856	12.757	5148
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.614	156.996	28315
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.615	157.006	28311

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.668	0.353	145	0.296	2244	X-RAY DIFFRACTION	100
2.668-2.741	0.401	142	0.327	2212	X-RAY DIFFRACTION	100
2.741-2.82	0.417	138	0.334	2147	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.907	0.362	135	0.301	2085	X-RAY DIFFRACTION	100
2.907-3.002	0.324	132	0.307	2040	X-RAY DIFFRACTION	99.954
3.002-3.107	0.353	125	0.28	1955	X-RAY DIFFRACTION	100
3.107-3.224	0.315	121	0.255	1867	X-RAY DIFFRACTION	99.9497
3.224-3.356	0.333	118	0.276	1826	X-RAY DIFFRACTION	99.9486
3.356-3.504	0.281	113	0.247	1763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.504-3.675	0.341	108	0.258	1684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.675-3.874	0.293	104	0.231	1598	X-RAY DIFFRACTION	99.9413
3.874-4.108	0.307	99	0.22	1533	X-RAY DIFFRACTION	100
4.108-4.391	0.193	91	0.176	1424	X-RAY DIFFRACTION	100
4.391-4.741	0.245	86	0.183	1323	X-RAY DIFFRACTION	100
4.741-5.192	0.265	80	0.177	1254	X-RAY DIFFRACTION	100
5.192-5.802	0.279	73	0.193	1121	X-RAY DIFFRACTION	100
5.802-6.694	0.284	66	0.189	1016	X-RAY DIFFRACTION	100
6.694-8.184	0.21	54	0.162	859	X-RAY DIFFRACTION	100
8.184-11.516	0.191	45	0.152	690	X-RAY DIFFRACTION	100
11.516-23.399	0.31	25	0.283	387	X-RAY DIFFRACTION	92.3767

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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