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- PDB-8k0c: Cryo-EM structure of conformation 1 of complex of Nipah virus att... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k0c
タイトルCryo-EM structure of conformation 1 of complex of Nipah virus attachment glycoprotein G with 1E5 neutralizing antibody
要素
  • (Glycoprotein G) x 2
  • Heavy chain of 1E5 Fab fragments
  • Light chain of 1E5 Fab fragments
キーワードVIRAL PROTEIN / Henipavirus / Attachment glycoprotein tetramer complex / neutralizing antibody / dynamic structures
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / exo-alpha-sialidase activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
Nipah virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Sun, M.M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDB0490000 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A potent Henipavirus cross-neutralizing antibody reveals a dynamic fusion-triggering pattern of the G-tetramer.
著者: Pengfei Fan / Mengmeng Sun / Xinghai Zhang / Huajun Zhang / Yujiao Liu / Yanfeng Yao / Ming Li / Ting Fang / Bingjie Sun / Zhengshan Chen / Xiangyang Chi / Li Chen / Cheng Peng / Zhen Chen / ...著者: Pengfei Fan / Mengmeng Sun / Xinghai Zhang / Huajun Zhang / Yujiao Liu / Yanfeng Yao / Ming Li / Ting Fang / Bingjie Sun / Zhengshan Chen / Xiangyang Chi / Li Chen / Cheng Peng / Zhen Chen / Guanying Zhang / Yi Ren / Zixuan Liu / Yaohui Li / Jianmin Li / Entao Li / Wuxiang Guan / Shanshan Li / Rui Gong / Kaiming Zhang / Changming Yu / Sandra Chiu /
要旨: The Hendra and Nipah viruses (HNVs) are highly pathogenic pathogens without approved interventions for human use. In addition, the interaction pattern between the attachment (G) and fusion (F) ...The Hendra and Nipah viruses (HNVs) are highly pathogenic pathogens without approved interventions for human use. In addition, the interaction pattern between the attachment (G) and fusion (F) glycoproteins required for virus entry remains unclear. Here, we isolate a panel of Macaca-derived G-specific antibodies that cross-neutralize HNVs via multiple mechanisms. The most potent antibody, 1E5, confers adequate protection against the Nipah virus challenge in female hamsters. Crystallography demonstrates that 1E5 has a highly similar binding pattern to the receptor. In cryo-electron microscopy studies, the tendency of 1E5 to bind to the upper or lower heads results in two distinct quaternary structures of G. Furthermore, we identify the extended outer loop β1S2-β1S3 of G and two pockets on the apical region of fusion (F) glycoprotein as the essential sites for G-F interactions. This work highlights promising drug candidates against HNVs and contributes deeper insights into the viruses.
履歴
登録2023年7月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月1日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月1日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月1日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年5月1日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update
改定 1.32025年7月23日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Heavy chain of 1E5 Fab fragments
F: Light chain of 1E5 Fab fragments
A: Glycoprotein G
C: Glycoprotein G
G: Heavy chain of 1E5 Fab fragments
H: Light chain of 1E5 Fab fragments
B: Glycoprotein G
D: Glycoprotein G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,1018
ポリマ－223,1018
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, Sample particle shape and size
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: 抗体 Heavy chain of 1E5 Fab fragments


分子量: 26120.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Light chain of 1E5 Fab fragments


分子量: 23078.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Glycoprotein G


分子量: 56350.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nipah virus (ウイルス) / 遺伝子: G / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9IH62
#4: タンパク質 Glycoprotein G


分子量: 6001.876 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nipah virus (ウイルス) / 遺伝子: G / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9IH62
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of conformation 1 of complex of Nipah virus attachment glycoprotein G with 1E5 neutralizing antibody
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量単位: KILODALTONS/NANOMETER
由来(天然)生物種: Nipah virus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.16 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 51 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
画像スキャン横: 4092 / 縦: 5760

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.2.0粒子像選択
8PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21868 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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