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- PDB-8jzm: The inhibitor of Toll-like receptor signaling o-vanillin binds co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jzm
タイトルThe inhibitor of Toll-like receptor signaling o-vanillin binds covalently to MAL/TIRAP Lys-210
要素Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Toll-like receptor (TLR) signalling the cytoplasmic TIR (Toll/interleukin-1 receptor) domains
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of interleukin-15 production / TIRAP-dependent toll-like receptor 4 signaling pathway / cellular response to bacterial lipopeptide / regulation of interferon-beta production / positive regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / Toll-like receptor 4 binding / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / Toll-like receptor 2 binding / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway ...positive regulation of interleukin-15 production / TIRAP-dependent toll-like receptor 4 signaling pathway / cellular response to bacterial lipopeptide / regulation of interferon-beta production / positive regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / Toll-like receptor 4 binding / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / Toll-like receptor 2 binding / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / myeloid cell differentiation / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / regulation of innate immune response / cellular response to lipoteichoic acid / endocytic vesicle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / positive regulation of B cell proliferation / signaling adaptor activity / positive regulation of interleukin-12 production / protein kinase C binding / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of interleukin-6 production / ruffle membrane / positive regulation of tumor necrosis factor production / ER-Phagosome pathway / protein-macromolecule adaptor activity / response to lipopolysaccharide / molecular adaptor activity / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / innate immune response / cell surface / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Toll-interleukin 1 receptor domain-containing adaptor protein, Tirap / TIR domain / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Rahaman, M.H. / Jia, X. / Maxwell, M.J. / Mobli, M. / Kobe, B.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)FL180100109 オーストラリア
引用ジャーナル: J Enzyme Inhib Med Chem / 年: 2024
タイトル: o-Vanillin binds covalently to MAL/TIRAP Lys-210 but independently inhibits TLR2.
著者: Rahaman, M.H. / Thygesen, S.J. / Maxwell, M.J. / Kim, H. / Mudai, P. / Nanson, J.D. / Jia, X. / Vajjhala, P.R. / Hedger, A. / Vetter, I. / Haselhorst, T. / Robertson, A.A.B. / Dymock, B. / ...著者: Rahaman, M.H. / Thygesen, S.J. / Maxwell, M.J. / Kim, H. / Mudai, P. / Nanson, J.D. / Jia, X. / Vajjhala, P.R. / Hedger, A. / Vetter, I. / Haselhorst, T. / Robertson, A.A.B. / Dymock, B. / Ve, T. / Mobli, M. / Stacey, K.J. / Kobe, B.
履歴
登録2023年7月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0311
ポリマ－16,0311
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, NOE derived H-H distances
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein / TIR domain-containing adapter protein / Adaptor protein Wyatt / MyD88 adapter-like protein / MyD88-2


分子量: 16031.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIRAP, MAL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P58753

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
151isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
161isotropic13D 1H-15N NOESY
171isotropic13D HNCA
181isotropic13D HN(CO)CA
191isotropic13D HN(CA)CB
1101isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1111isotropic13D CBCA(CO)NH
1121isotropic13D HBHA(CO)NH
1131isotropic13D HNCO

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 106 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] MAL-TIR, 10 mM sodium chloride, 10 mM HEPES, 5 % v/v [U-100% 2H] D2O, 95 % v/v H2O, 95% H2O/5% D2O
詳細: 10 mM NaCl, 10 mM HEPES, pH 7.5, 5% D2O / Label: MAL-TIR / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
106 uMMAL-TIR[U-100% 13C; U-100% 15N]1
10 mMsodium chloridenatural abundance1
10 mMHEPESnatural abundance1
5 % v/vD2O[U-100% 2H]1
95 % v/vH2Onatural abundance1
試料状態詳細: 10 mM NaCl, 10 mM HEPES, pH 7.5, 2 mM DTT / イオン強度: 10 mM / Label: conditions_1 / pH: 7.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CcpNmr AnalysisVranken WF, Boucher W, Stevens TJ, Fogh RH, Pajon A, Llinas M, Ulrich EL, Markley JL, Ionides J, and Laue ED.chemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CcpNmr AnalysisVranken WF, Boucher W, Stevens TJ, Fogh RH, Pajon A, Llinas M, Ulrich EL, Markley JL, Ionides J, and Laue ED.peak picking
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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