PDB-8jzi: Mutant S-adenosylmethionine synthase from C. glutamicum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jzi

タイトル

Mutant S-adenosylmethionine synthase from C. glutamicum

要素

S-adenosylmethionine synthase

キーワード

TRANSFERASE / S-adenosylmethionine synthase / complex / SAM

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / one-carbon metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Lee, S. / Kim, K.J.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2023
タイトル: Structural and Biochemical Studies on Product Inhibition of S-Adenosylmethionine Synthetase from Corynebacterium glutamicum .
著者: Lee, S. / Kim, S. / Kim, I.K. / Kim, K.J.

履歴

登録	2023年7月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jzi.cif.gz	327.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jzi.ent.gz	260.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jzi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jzi_validation.pdf.gz	493.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jzi_full_validation.pdf.gz	509.3 KB	表示
XML形式データ	8jzi_validation.xml.gz	66.4 KB	表示
CIF形式データ	8jzi_validation.cif.gz	97.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/8jzi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/8jzi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jzgC 8jzhC 3tdeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: S-adenosylmethionine synthase

B: S-adenosylmethionine synthase

C: S-adenosylmethionine synthase

D: S-adenosylmethionine synthase

ヘテロ分子

178 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.404, 125.436, 116.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 128.91, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	S-adenosylmethionine synthase / AdoMet synthase / MAT / Methionine adenosyltransferase 分子量: 44167.398 Da / 分子数: 4 / 変異: E68A / 由来タイプ: 組換発現詳細: His-tag: LEHHHHHH (410-407) invisible region chain A : 103 - 126 invisible region chain B : 104 - 131 invisible region chain C : 103 - 128 invisible region chain D : 103 - 127 由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア) 株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025 遺伝子: metK, Cgl1603, cg1806 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K5E4, methionine adenosyltransferase

#1: タンパク質

S-adenosylmethionine synthase / AdoMet synthase / MAT / Methionine adenosyltransferase

分子量: 44167.398 Da / 分子数: 4 / 変異: E68A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: His-tag: LEHHHHHH (410-407) invisible region chain A : 103 - 126 invisible region chain B : 104 - 131 invisible region chain C : 103 - 128 invisible region chain D : 103 - 127
由来: (組換発現)

Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: metK, Cgl1603, cg1806 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K5E4, methionine adenosyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 1234分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.2 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 20000, MES pH 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2023年4月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97934 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 164669 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.814 / CC star: 0.947 / R_merge(I) obs: 0.226 / R_pim(I) all: 0.137 / R_rim(I) all: 0.265 / Χ²: 15.62 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 605841

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.76-1.79	3.1	0.345	7832	0.812	0.947	0.225	0.414	3.165	94.9
1.79-1.82	3.6	0.349	8200	0.85	0.959	0.215	0.411	3.527	99.5
1.82-1.86	3.7	0.346	8253	0.832	0.953	0.209	0.404	4.005	99.6
1.86-1.9	3.7	0.32	8215	0.87	0.965	0.193	0.374	4.643	99.6
1.9-1.94	3.7	0.291	8225	0.864	0.963	0.175	0.34	5.321	99.7
1.94-1.98	3.7	0.276	8252	0.885	0.969	0.166	0.323	5.935	99.8
1.98-2.03	3.7	0.26	8255	0.874	0.966	0.157	0.304	7.256	99.8
2.03-2.09	3.8	0.245	8280	0.88	0.968	0.147	0.286	7.83	99.8
2.09-2.15	3.8	0.239	8214	0.872	0.965	0.143	0.279	8.926	99.9
2.15-2.22	3.8	0.235	8258	0.877	0.967	0.14	0.274	10.071	99.9
2.22-2.3	3.8	0.231	8286	0.879	0.967	0.137	0.269	11.586	100
2.3-2.39	3.8	0.226	8263	0.88	0.967	0.135	0.264	12.904	100
2.39-2.5	3.8	0.229	8272	0.87	0.964	0.136	0.266	14.529	100
2.5-2.63	3.8	0.225	8286	0.88	0.968	0.134	0.262	15.63	100
2.63-2.79	3.8	0.22	8286	0.89	0.971	0.131	0.256	17.889	100
2.79-3.01	3.8	0.219	8280	0.856	0.96	0.13	0.254	21.643	100
3.01-3.31	3.8	0.216	8295	0.891	0.971	0.129	0.252	28.474	100
3.31-3.79	3.7	0.218	8310	0.833	0.953	0.131	0.255	38.701	99.7
3.79-4.78	3.5	0.218	8195	0.824	0.95	0.135	0.256	47.239	98.5
4.78-50	3.4	0.216	8212	0.807	0.945	0.136	0.256	46.185	97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PDB_EXTRACT		データ抽出
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TDE

3tde

解像度: 1.76→31.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 2.33 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2178	8140	4.9 %	RANDOM
R_work	0.18216	-	-	-
obs	0.18393	156528	99.19 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.862 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.36 Å²	0 Å²	0.35 Å²
2-	-	0.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.76→31.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11691	0	56	1222	12969

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	11944
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	11425
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.684	1.641	16221
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.438	1.58	26249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.662	5	1521
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.662	21.473	638
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.477	15	1948
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.055	15	103
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	13590
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2648
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.773	1.895	6108
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.772	1.894	6107
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.501	2.831	7621
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.501	2.831	7622
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.511	2.189	5836
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.51	2.189	5837
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.772	3.178	8601
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.48	23.854	13396
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.381	23.458	13133
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.76→1.805 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.281	595	-
R_work	0.225	10923	-
obs	-	-	94.06 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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