[English] 日本語
Yorodumi- PDB-8jzg: C. glutamicum S-adenosylmethionine synthase co-crystallized with ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8jzg | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | C. glutamicum S-adenosylmethionine synthase co-crystallized with Adenosine, triphosphate, and SAM | ||||||
Components | S-adenosylmethionine synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / S-adenosylmethionine synthase / complex / SAM | ||||||
Function / homology | Function and homology information methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / one-carbon metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.39 Å | ||||||
Authors | Lee, S. / Kim, K.J. | ||||||
Funding support | Korea, Republic Of, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J.Agric.Food Chem. / Year: 2023 Title: Structural and Biochemical Studies on Product Inhibition of S-Adenosylmethionine Synthetase from Corynebacterium glutamicum . Authors: Lee, S. / Kim, S. / Kim, I.K. / Kim, K.J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8jzg.cif.gz | 318.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8jzg.ent.gz | 256.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8jzg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8jzg_validation.pdf.gz | 9.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8jzg_full_validation.pdf.gz | 9.6 MB | Display | |
Data in XML | 8jzg_validation.xml.gz | 61.3 KB | Display | |
Data in CIF | 8jzg_validation.cif.gz | 83.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/8jzg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/8jzg | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8jzhC 8jziC 3tdeS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 44225.434 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: His-tag: LEHHHHHH (410-417) invisible region chain A : 102 -125 invisible region chain B : 103 -126 invisible region chain C : 102 -126 invisible region chain D : 103 -125 Source: (gene. exp.) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (bacteria) Strain: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025 Gene: metK, Cgl1603, cg1806 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q9K5E4, methionine adenosyltransferase |
---|
-Non-polymers , 8 types, 310 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ADN / #3: Chemical | ChemComp-3PO / #4: Chemical | ChemComp-SAM / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-POP / | #7: Chemical | ChemComp-MG / #8: Chemical | ChemComp-K / #9: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Details
Has ligand of interest | Y |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.5 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: PEG 3350, Sodium phosphate monobasic monohydrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 7A (6B, 6C1) / Wavelength: 0.97934 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Oct 22, 2022 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.39→50 Å / Num. obs: 62235 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 3.6 % / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 1.888 / Net I/σ(I): 11.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3TDE Resolution: 2.39→32.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 11.18 / SU ML: 0.248 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.511 / ESU R Free: 0.292 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.026 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.39→32.63 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|