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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jz1 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of a single-chain monellin mutant C41V | |||||||||
要素 | Monellin chain B,Monellin chain A | |||||||||
キーワード | PLANT PROTEIN (植物) / Sweet protein (甘味) | |||||||||
機能・相同性 | Monellin, A chain / Monellin, A chain superfamily / Monellin, B chain / モネリン / モネリン / Cystatin superfamily / Monellin chain A / Monellin chain B 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Dioscoreophyllum cumminsii (植物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.239 Å | |||||||||
データ登録者 | Yasui, N. / Ohnuma, K. / Yamashita, A. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Protein J. / 年: 2023 タイトル: Investigating the Effect of Substituting a Single Cysteine Residue on the Thermal Stability of an Engineered Sweet Protein, Single-Chain Monellin. 著者: Ohnuma, K. / Yamashita, A. / Yasui, N. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jz1.cif.gz | 61.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jz1.ent.gz | 42.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jz1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/8jz1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/8jz1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8jz0C 1molS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11223.744 Da / 分子数: 2 / 変異: C41V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dioscoreophyllum cumminsii (植物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02882, UniProt: P02881 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.98 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 6.0, 35% (w/v) PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.239→50 Å / Num. obs: 81703 / % possible obs: 84.6 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 19.04 |
反射 シェル | 解像度: 1.24→1.3 Å / Num. unique obs: 6581 / CC1/2: 0.878 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1MOL 解像度: 1.239→46 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 21.25 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.239→46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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