PDB-8jz0: Crystal structure of a single-chain monellin mutant C41A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jz0

タイトル

Crystal structure of a single-chain monellin mutant C41A

要素

Monellin chain B,Monellin chain A

キーワード

PLANT PROTEIN (植物) /

Sweet protein (甘味)

機能・相同性

Monellin, A chain /

Monellin, A chain superfamily /

Monellin, B chain /

モネリン /

モネリン / Cystatin superfamily / Monellin chain A / Monellin chain B

機能・相同性情報

生物種

Dioscoreophyllum cumminsii (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.229 Å

データ登録者

Yasui, N. / Ohnuma, K. / Yamashita, A.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Protein J. / 年: 2023
タイトル: Investigating the Effect of Substituting a Single Cysteine Residue on the Thermal Stability of an Engineered Sweet Protein, Single-Chain Monellin.
著者: Ohnuma, K. / Yamashita, A. / Yasui, N.

履歴

登録	2023年7月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jz0.cif.gz	56 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jz0.ent.gz	38.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jz0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/8jz0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/8jz0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jz1C 1molS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Monellin chain B,Monellin chain A

B: Monellin chain B,Monellin chain A

22.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Monellin chain B,Monellin chain A

登録者が定義した集合体
11.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Monellin chain B,Monellin chain A

登録者が定義した集合体
11.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.695, 39.748, 44.410
Angle α, β, γ (deg.)	106.22, 109.25, 103.35
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Monellin chain B,Monellin chain A / Monellin chain II / Monellin chain I 分子量: 11195.691 Da / 分子数: 2 / 変異: C41A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dioscoreophyllum cumminsii (植物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02882, UniProt: P02881
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 5.0, and 35% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.229→50 Å / Num. obs: 84210 / % possible obs: 78.5 % / 冗長度: 1.785 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 11.02
反射シェル	解像度: 1.23→1.3 Å / Num. unique obs: 5776 / CC_1/2: 0.858

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1MOL

1mol

解像度: 1.229→35.66 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 32.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2399	4263	5.06 %
R_work	0.2126	-	-
obs	0.214	84196	78.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.229→35.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1493	0	0	186	1679

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1541
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.917	2077
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.817	599
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	211
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	269

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.229-1.2429	0.3806	44	0.3311	833	X-RAY DIFFRACTION	25
1.2429-1.2575	0.3798	47	0.3352	936	X-RAY DIFFRACTION	28
1.2575-1.2729	0.3488	65	0.3182	1148	X-RAY DIFFRACTION	34
1.2729-1.289	0.3566	74	0.3163	1306	X-RAY DIFFRACTION	40
1.289-1.306	0.3669	65	0.3099	1543	X-RAY DIFFRACTION	44
1.306-1.3239	0.3143	110	0.2987	1741	X-RAY DIFFRACTION	52
1.3239-1.3428	0.3478	99	0.2869	2098	X-RAY DIFFRACTION	62
1.3428-1.3628	0.3109	151	0.2883	2705	X-RAY DIFFRACTION	80
1.3628-1.3841	0.3276	172	0.289	2866	X-RAY DIFFRACTION	86
1.3841-1.4068	0.2905	147	0.2953	2995	X-RAY DIFFRACTION	88
1.4068-1.4311	0.2858	175	0.283	3007	X-RAY DIFFRACTION	90
1.4311-1.4571	0.3451	138	0.2825	3079	X-RAY DIFFRACTION	90
1.4571-1.4851	0.3325	161	0.2827	3081	X-RAY DIFFRACTION	91
1.4851-1.5154	0.3354	173	0.263	3054	X-RAY DIFFRACTION	90
1.5154-1.5484	0.2995	185	0.2493	3039	X-RAY DIFFRACTION	91
1.5484-1.5844	0.3029	194	0.2453	3112	X-RAY DIFFRACTION	91
1.5844-1.624	0.3156	137	0.2623	3053	X-RAY DIFFRACTION	91
1.624-1.6679	0.2692	170	0.2377	3154	X-RAY DIFFRACTION	92
1.6679-1.717	0.2578	145	0.2348	3114	X-RAY DIFFRACTION	92
1.717-1.7724	0.2508	149	0.2411	3132	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7724-1.8358	0.3043	151	0.242	3083	X-RAY DIFFRACTION	91
1.8358-1.9093	0.2356	157	0.2248	3123	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9093-1.9961	0.2473	163	0.216	3155	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9961-2.1014	0.2393	153	0.2112	3143	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1014-2.233	0.2167	173	0.1962	3145	X-RAY DIFFRACTION	93
2.233-2.4054	0.2504	175	0.1993	3080	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4054-2.6474	0.2258	162	0.2031	3186	X-RAY DIFFRACTION	93
2.6474-3.0303	0.2328	219	0.1937	3096	X-RAY DIFFRACTION	94
3.0303-3.8172	0.1933	155	0.1778	3109	X-RAY DIFFRACTION	92
3.8172-35.66	0.1921	154	0.1863	2817	X-RAY DIFFRACTION	83

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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