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- PDB-8jyw: Cryo-EM structure of the gasdermin pore from Trichoplax adhaerens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jyw
タイトルCryo-EM structure of the gasdermin pore from Trichoplax adhaerens
要素Gasdermin pore forming domain-containing protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Pyroptosis / Ggasdermin / Pore-forming
機能・相同性Gasdermin-E / Gasdermin, pore forming domain / Gasdermin pore forming domain / programmed cell death / Gasdermin pore forming domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Trichoplax adhaerens (センモウヒラムシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Hou, Y.J. / Sun, Q. / Zeng, H. / Ding, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Cleavage-independent activation of ancient eukaryotic gasdermins and structural mechanisms.
著者: Yueyue Li / Yanjie Hou / Qi Sun / Huan Zeng / Fanyi Meng / Xiang Tian / Qun He / Feng Shao / Jingjin Ding /
要旨: Gasdermins (GSDMs) are pore-forming proteins that execute pyroptosis for immune defense. GSDMs are two-domain proteins activated by proteolytic removal of the inhibitory domain. In this work, we ...Gasdermins (GSDMs) are pore-forming proteins that execute pyroptosis for immune defense. GSDMs are two-domain proteins activated by proteolytic removal of the inhibitory domain. In this work, we report two types of cleavage-independent GSDM activation. First, GSDM, a pore-forming domain-only protein from the basal metazoan , is a disulfides-linked autoinhibited dimer activated by reduction of the disulfides. The cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure illustrates the assembly mechanism for the 44-mer GSDM pore. Second, RCD-1-1 and RCD-1-2, encoded by the polymorphic () gene in filamentous fungus , are also pore-forming domain-only GSDMs. RCD-1-1 and RCD-1-2, when encountering each other, form pores and cause pyroptosis, underlying allorecognition in . The cryo-EM structure reveals a pore of 11 RCD-1-1/RCD-1-2 heterodimers and a heterodimerization-triggered pore assembly mechanism. This study shows mechanistic diversities in GSDM activation and indicates versatile functions of GSDMs.
履歴
登録2023年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Gasdermin pore forming domain-containing protein
B: Gasdermin pore forming domain-containing protein
C: Gasdermin pore forming domain-containing protein
D: Gasdermin pore forming domain-containing protein
E: Gasdermin pore forming domain-containing protein
F: Gasdermin pore forming domain-containing protein
G: Gasdermin pore forming domain-containing protein
H: Gasdermin pore forming domain-containing protein
I: Gasdermin pore forming domain-containing protein
J: Gasdermin pore forming domain-containing protein
K: Gasdermin pore forming domain-containing protein
L: Gasdermin pore forming domain-containing protein
M: Gasdermin pore forming domain-containing protein
N: Gasdermin pore forming domain-containing protein
O: Gasdermin pore forming domain-containing protein
P: Gasdermin pore forming domain-containing protein
Q: Gasdermin pore forming domain-containing protein
R: Gasdermin pore forming domain-containing protein
S: Gasdermin pore forming domain-containing protein
T: Gasdermin pore forming domain-containing protein
V: Gasdermin pore forming domain-containing protein
W: Gasdermin pore forming domain-containing protein
X: Gasdermin pore forming domain-containing protein
Y: Gasdermin pore forming domain-containing protein
Z: Gasdermin pore forming domain-containing protein
AA: Gasdermin pore forming domain-containing protein
BA: Gasdermin pore forming domain-containing protein
CA: Gasdermin pore forming domain-containing protein
DA: Gasdermin pore forming domain-containing protein
EA: Gasdermin pore forming domain-containing protein
FA: Gasdermin pore forming domain-containing protein
GA: Gasdermin pore forming domain-containing protein
HA: Gasdermin pore forming domain-containing protein
IA: Gasdermin pore forming domain-containing protein
JA: Gasdermin pore forming domain-containing protein
KA: Gasdermin pore forming domain-containing protein
LA: Gasdermin pore forming domain-containing protein
MA: Gasdermin pore forming domain-containing protein
NA: Gasdermin pore forming domain-containing protein
OA: Gasdermin pore forming domain-containing protein
PA: Gasdermin pore forming domain-containing protein
QA: Gasdermin pore forming domain-containing protein
RA: Gasdermin pore forming domain-containing protein
SA: Gasdermin pore forming domain-containing protein
TA: Gasdermin pore forming domain-containing protein
UA: Gasdermin pore forming domain-containing protein
VA: Gasdermin pore forming domain-containing protein
WA: Gasdermin pore forming domain-containing protein
XA: Gasdermin pore forming domain-containing protein
YA: Gasdermin pore forming domain-containing protein
ZA: Gasdermin pore forming domain-containing protein
AB: Gasdermin pore forming domain-containing protein
BB: Gasdermin pore forming domain-containing protein
CB: Gasdermin pore forming domain-containing protein
DB: Gasdermin pore forming domain-containing protein
EB: Gasdermin pore forming domain-containing protein
FB: Gasdermin pore forming domain-containing protein
GB: Gasdermin pore forming domain-containing protein
HB: Gasdermin pore forming domain-containing protein
IB: Gasdermin pore forming domain-containing protein
JB: Gasdermin pore forming domain-containing protein
KB: Gasdermin pore forming domain-containing protein
LB: Gasdermin pore forming domain-containing protein
MB: Gasdermin pore forming domain-containing protein
NB: Gasdermin pore forming domain-containing protein
OB: Gasdermin pore forming domain-containing protein
PB: Gasdermin pore forming domain-containing protein
QB: Gasdermin pore forming domain-containing protein
RB: Gasdermin pore forming domain-containing protein
SB: Gasdermin pore forming domain-containing protein
TB: Gasdermin pore forming domain-containing protein
UB: Gasdermin pore forming domain-containing protein
VB: Gasdermin pore forming domain-containing protein
WB: Gasdermin pore forming domain-containing protein
XB: Gasdermin pore forming domain-containing protein
YB: Gasdermin pore forming domain-containing protein
ZB: Gasdermin pore forming domain-containing protein
AC: Gasdermin pore forming domain-containing protein
BC: Gasdermin pore forming domain-containing protein
CC: Gasdermin pore forming domain-containing protein
DC: Gasdermin pore forming domain-containing protein
EC: Gasdermin pore forming domain-containing protein
FC: Gasdermin pore forming domain-containing protein
GC: Gasdermin pore forming domain-containing protein
HC: Gasdermin pore forming domain-containing protein
IC: Gasdermin pore forming domain-containing protein
JC: Gasdermin pore forming domain-containing protein
KC: Gasdermin pore forming domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,394,77588
ポリマ－2,394,77588
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Gasdermin pore forming domain-containing protein


分子量: 27213.355 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichoplax adhaerens (センモウヒラムシ)
遺伝子: TRIADDRAFT_52857 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B3RMM6

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Gasdermin pore from Trichoplax adhaerens / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Trichoplax adhaerens (センモウヒラムシ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度式Buffer-ID
120 mMHEPES1
2150 mMNaCl1
30.5 % (w/v)DDM1
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 49 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: D44 (2回x44回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 52901 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 8JYV

8jyv


Accession code: 8JYV / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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