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万見
- PDB-8jy8: Structure of TbAQP2 in complex with anti-trypanosomatid drug pent... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jy8
タイトルStructure of TbAQP2 in complex with anti-trypanosomatid drug pentamidine
要素Aquaglyceroporin 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Aquaporin
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol channel activity / urea transmembrane transporter activity / urea transmembrane transport / glycerol transmembrane transport / water transport / water channel activity / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
1,5-BIS(4-AMIDINOPHENOXY)PENTANE / Aquaglyceroporin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Chen, W. / Wang, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural insights into drug transport by an aquaglyceroporin.
著者: Wanbiao Chen / Rongfeng Zou / Yi Mei / Jiawei Li / Yumi Xuan / Bing Cui / Junjie Zou / Juncheng Wang / Shaoquan Lin / Zhe Zhang / Chongyuan Wang /
要旨: Pentamidine and melarsoprol are primary drugs used to treat the lethal human sleeping sickness caused by the parasite Trypanosoma brucei. Cross-resistance to these two drugs has recently been linked ...Pentamidine and melarsoprol are primary drugs used to treat the lethal human sleeping sickness caused by the parasite Trypanosoma brucei. Cross-resistance to these two drugs has recently been linked to aquaglyceroporin 2 of the trypanosome (TbAQP2). TbAQP2 is the first member of the aquaporin family described as capable of drug transport; however, the underlying mechanism remains unclear. Here, we present cryo-electron microscopy structures of TbAQP2 bound to pentamidine or melarsoprol. Our structural studies, together with the molecular dynamic simulations, reveal the mechanisms shaping substrate specificity and drug permeation. Multiple amino acids in TbAQP2, near the extracellular entrance and inside the pore, create an expanded conducting tunnel, sterically and energetically allowing the permeation of pentamidine and melarsoprol. Our study elucidates the mechanism of drug transport by TbAQP2, providing valuable insights to inform the design of drugs against trypanosomiasis.
履歴
登録2023年7月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aquaglyceroporin 2
B: Aquaglyceroporin 2
C: Aquaglyceroporin 2
D: Aquaglyceroporin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,8208
ポリマ－134,4594
非ポリマー1,3624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Aquaglyceroporin 2


分子量: 33614.645 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: aqp2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6ZXT3
#2: 化合物
ChemComp-PNT / 1,5-BIS(4-AMIDINOPHENOXY)PENTANE / ペンタミジン


分子量: 340.419 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H24N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗菌剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TbAQP2 complex with pentamidine / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 71 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
10cryoSPARCV2初期オイラー角割当
11cryoSPARCV2最終オイラー角割当
13cryoSPARCv2３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 539330 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0037624
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.52810396
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.5871060
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0381148
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061308

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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